1aq4_MC

Residue conformations -------------------------------------------
R3 : A C3p_endo anti
R4 : U C3p_endo anti
R5 : G C3p_endo anti
R6 : A C2p_exo syn
R7 : G C3p_endo anti
R8 : G C3p_endo anti
R9 : A C3p_endo anti
R10 : U C2p_endo anti
R11 : U C2p_endo anti
R12 : A C2p_endo anti
R13 : C C3p_endo anti
R14 : C C3p_endo anti
R15 : C C3p_endo anti
R16 : A C3p_endo anti
R17 : U C3p_endo anti
R18 : G C4p_exo anti
S3 : A C3p_endo anti
S4 : U C3p_endo anti
S5 : G C3p_endo anti
S6 : A C2p_exo syn
S7 : G C3p_endo anti
S8 : G C3p_endo anti
S9 : A C3p_endo anti
S10 : U C2p_endo anti
S11 : U C2p_endo anti
S12 : A C2p_endo anti
S13 : C C3p_endo anti
S14 : C C3p_endo anti
S15 : C C3p_endo anti
S16 : A C3p_endo anti
A1 : ALA
A2 : SER
A3 : ASN
A4 : PHE
A5 : THR
A6 : GLN
A7 : PHE
A8 : VAL
A9 : LEU
A10 : VAL
A11 : ASP
A12 : ASN
A13 : GLY
A14 : GLY
A15 : THR
A16 : GLY
A17 : ASP
A18 : VAL
A19 : THR
A20 : VAL
A21 : ALA
A22 : PRO
A23 : SER
A24 : ASN
A25 : PHE
A26 : ALA
A27 : ASN
A28 : GLY
A29 : VAL
A30 : ALA
A31 : GLU
A32 : TRP
A33 : ILE
A34 : SER
A35 : SER
A36 : ASN
A37 : SER
A38 : ARG
A39 : SER
A40 : GLN
A41 : ALA
A42 : TYR
A43 : LYS
A44 : VAL
A45 : ALA
A46 : CYS
A47 : SER
A48 : VAL
A49 : ARG
A50 : GLN
A51 : SER
A52 : SER
A53 : ALA
A54 : GLN
A55 : ASN
A56 : ARG
A57 : LYS
A58 : TYR
A59 : THR
A60 : ILE
A61 : LYS
A62 : VAL
A63 : GLU
A64 : VAL
A65 : PRO
A66 : LYS
A67 : VAL
A68 : ALA
A69 : THR
A70 : GLN
A71 : THR
A72 : VAL
A73 : GLY
A74 : GLY
A75 : VAL
A76 : GLU
A77 : LEU
A78 : PRO
A79 : VAL
A80 : ALA
A81 : ALA
A82 : TRP
A83 : ARG
A84 : SER
A85 : TYR
A86 : LEU
A87 : ASN
A88 : MET
A89 : GLU
A90 : LEU
A91 : THR
A92 : ILE
A93 : PRO
A94 : ILE
A95 : PHE
A96 : ALA
A97 : THR
A98 : ASN
A99 : SER
A100 : ASP
A101 : CYS
A102 : GLU
A103 : LEU
A104 : ILE
A105 : VAL
A106 : LYS
A107 : ALA
A108 : MET
A109 : GLN
A110 : GLY
A111 : LEU
A112 : LEU
A113 : LYS
A114 : ASP
A115 : GLY
A116 : ASN
A117 : PRO
A118 : ILE
A119 : PRO
A120 : SER
A121 : ALA
A122 : ILE
A123 : ALA
A124 : ALA
A125 : ASN
A126 : SER
A127 : GLY
A128 : ILE
A129 : TYR
B1 : ALA
B2 : SER
B3 : ASN
B4 : PHE
B5 : THR
B6 : GLN
B7 : PHE
B8 : VAL
B9 : LEU
B10 : VAL
B11 : ASP
B12 : ASN
B13 : GLY
B14 : GLY
B15 : THR
B16 : GLY
B17 : ASP
B18 : VAL
B19 : THR
B20 : VAL
B21 : ALA
B22 : PRO
B23 : SER
B24 : ASN
B25 : PHE
B26 : ALA
B27 : ASN
B28 : GLY
B29 : VAL
B30 : ALA
B31 : GLU
B32 : TRP
B33 : ILE
B34 : SER
B35 : SER
B36 : ASN
B37 : SER
B38 : ARG
B39 : SER
B40 : GLN
B41 : ALA
B42 : TYR
B43 : LYS
B44 : VAL
B45 : ALA
B46 : CYS
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B48 : VAL
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B50 : GLN
B51 : SER
B52 : SER
B53 : ALA
B54 : GLN
B55 : ASN
B56 : ARG
B57 : LYS
B58 : TYR
B59 : THR
B60 : ILE
B61 : LYS
B62 : VAL
B63 : GLU
B64 : VAL
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B66 : LYS
B67 : VAL
B68 : ALA
B69 : THR
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B74 : GLY
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B76 : GLU
B77 : LEU
B78 : PRO
B79 : VAL
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B82 : TRP
B83 : ARG
B84 : SER
B85 : TYR
B86 : LEU
B87 : ASN
B88 : MET
B89 : GLU
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B97 : THR
B98 : ASN
B99 : SER
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B109 : GLN
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B112 : LEU
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B116 : ASN
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B118 : ILE
B119 : PRO
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B122 : ILE
B123 : ALA
B124 : ALA
B125 : ASN
B126 : SER
B127 : GLY
B128 : ILE
B129 : TYR
C1 : ALA
C2 : SER
C3 : ASN
C4 : PHE
C5 : THR
C6 : GLN
C7 : PHE
C8 : VAL
C9 : LEU
C10 : VAL
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C12 : ASN
C13 : GLY
C14 : GLY
C15 : THR
C16 : GLY
C17 : ASP
C18 : VAL
C19 : THR
C20 : VAL
C21 : ALA
C22 : PRO
C23 : SER
C24 : ASN
C25 : PHE
C26 : ALA
C27 : ASN
C28 : GLY
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C30 : ALA
C31 : GLU
C32 : TRP
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C35 : SER
C36 : ASN
C37 : SER
C38 : ARG
C39 : SER
C40 : GLN
C41 : ALA
C42 : TYR
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C45 : ALA
C46 : CYS
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C48 : VAL
C49 : ARG
C50 : GLN
C51 : SER
C52 : SER
C53 : ALA
C54 : GLN
C55 : ASN
C56 : ARG
C57 : LYS
C58 : TYR
C59 : THR
C60 : ILE
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C62 : VAL
C63 : GLU
C64 : VAL
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C70 : GLN
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C73 : GLY
C74 : GLY
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C81 : ALA
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C85 : TYR
C86 : LEU
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C88 : MET
C89 : GLU
C90 : LEU
C91 : THR
C92 : ILE
C93 : PRO
C94 : ILE
C95 : PHE
C96 : ALA
C97 : THR
C98 : ASN
C99 : SER
C100 : ASP
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C121 : ALA
C122 : ILE
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C124 : ALA
C125 : ASN
C126 : SER
C127 : GLY
C128 : ILE
C129 : TYR
R214 : HOH
R2059 : HOH
S166 : HOH
S169 : HOH
A130 : HOH
A131 : HOH
A132 : HOH
A133 : HOH
A134 : HOH
A135 : HOH
A136 : HOH
A137 : HOH
A138 : HOH
A139 : HOH
A140 : HOH
A141 : HOH
A142 : HOH
A143 : HOH
A144 : HOH
A145 : HOH
A146 : HOH
A147 : HOH
A148 : HOH
A149 : HOH
A150 : HOH
A151 : HOH
A152 : HOH
A153 : HOH
A154 : HOH
A155 : HOH
A156 : HOH
A157 : HOH
A158 : HOH
A159 : HOH
A160 : HOH
A161 : HOH
A162 : HOH
A163 : HOH
A164 : HOH
A165 : HOH
A166 : HOH
A167 : HOH
A168 : HOH
A169 : HOH
A170 : HOH
A171 : HOH
A172 : HOH
A173 : HOH
A174 : HOH
A175 : HOH
A176 : HOH
A177 : HOH
A178 : HOH
A179 : HOH
A180 : HOH
A181 : HOH
A182 : HOH
A183 : HOH
A184 : HOH
A185 : HOH
A186 : HOH
A187 : HOH
A188 : HOH
A189 : HOH
A190 : HOH
A191 : HOH
A192 : HOH
A193 : HOH
A194 : HOH
A195 : HOH
A196 : HOH
A197 : HOH
A198 : HOH
A199 : HOH
A200 : HOH
A201 : HOH
B130 : HOH
B131 : HOH
B132 : HOH
B133 : HOH
B134 : HOH
B135 : HOH
B136 : HOH
B137 : HOH
B138 : HOH
B139 : HOH
B140 : HOH
B141 : HOH
B142 : HOH
B143 : HOH
B144 : HOH
B145 : HOH
B146 : HOH
B147 : HOH
B148 : HOH
B149 : HOH
B150 : HOH
B151 : HOH
B152 : HOH
B153 : HOH
B154 : HOH
B155 : HOH
B156 : HOH
B157 : HOH
B158 : HOH
B159 : HOH
B160 : HOH
B161 : HOH
B162 : HOH
B163 : HOH
B164 : HOH
B165 : HOH
B166 : HOH
B167 : HOH
B168 : HOH
B169 : HOH
B170 : HOH
B171 : HOH
B172 : HOH
B173 : HOH
B174 : HOH
B175 : HOH
B176 : HOH
B177 : HOH
B178 : HOH
B179 : HOH
B180 : HOH
B181 : HOH
B182 : HOH
B183 : HOH
B184 : HOH
B185 : HOH
B186 : HOH
B187 : HOH
B188 : HOH
B189 : HOH
B190 : HOH
B191 : HOH
B192 : HOH
B193 : HOH
B194 : HOH
B195 : HOH
B196 : HOH
C130 : HOH
C131 : HOH
C132 : HOH
C133 : HOH
C134 : HOH
C135 : HOH
C136 : HOH
C137 : HOH
C138 : HOH
C139 : HOH
C140 : HOH
C141 : HOH
C142 : HOH
C143 : HOH
C144 : HOH
C145 : HOH
C146 : HOH
C147 : HOH
C148 : HOH
C149 : HOH
C150 : HOH
C151 : HOH
C152 : HOH
C153 : HOH
C154 : HOH
C155 : HOH
C156 : HOH
C157 : HOH
C158 : HOH
C159 : HOH
C160 : HOH
C161 : HOH
C162 : HOH
C163 : HOH
C164 : HOH
C165 : HOH
C166 : HOH
C167 : HOH
C168 : HOH
C169 : HOH
C170 : HOH
C171 : HOH
C172 : HOH
C173 : HOH
C174 : HOH
C175 : HOH
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C177 : HOH
C178 : HOH
C179 : HOH
C180 : HOH
C181 : HOH
C182 : HOH
C183 : HOH
C184 : HOH
C185 : HOH
C186 : HOH
C187 : HOH
C188 : HOH
C189 : HOH
C190 : HOH
C191 : HOH
C192 : HOH
C193 : HOH
C194 : HOH
C195 : HOH
C196 : HOH
C197 : HOH
C198 : HOH
C199 : HOH
C200 : HOH
Adjacent stackings ----------------------------------------------
R3-R4 : adjacent_5p upward 
R4-R5 : adjacent_5p upward 
R7-R8 : adjacent_5p upward 
R8-R9 : adjacent_5p upward 
R15-R16 : adjacent_5p upward 
R16-R17 : adjacent_5p upward 
S3-S4 : adjacent_5p upward 
S4-S5 : adjacent_5p upward 
S7-S8 : adjacent_5p upward 
S8-S9 : adjacent_5p upward 
S13-S14 : adjacent_5p upward 
Non-Adjacent stackings ------------------------------------------
R3-R18 : outward 
R5-R7 : upward 
R5-R16 : outward 
R9-R11 : upward 
S5-S7 : upward 
S5-S16 : outward 
S7-S15 : outward 
S9-S11 : upward 
S9-S13 : outward 
Number of stackings = 20
Number of adjacent stackings = 11
Number of non adjacent stackings = 9
Base-pairs ------------------------------------------------------
R3-R17 : A-U Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R4-R16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
R5-R15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R7-R14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
R8-R13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S4-S16 : U-A Ww/Ww pairing antiparallel cis XX 
S5-S15 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S7-S14 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX 
S8-S13 : G-C Ww/Ww pairing antiparallel cis XIX