شنو علم الجينوم المقارن؟
جوهر تحليل الجينوم المقارن هو تأسيس المراسلات بين الجينات (تحليل الارثولوجيا) او الخصائص الجينومية الاخرى في الكائنات الحية المختلفة. هذي الخرائط المشتركة بين الجينوم تجعل من الممكن تتبع العمليات التطورية المسؤولة عن الاختلاف بين جينومين. حوادث تطورية كثيرة تعمل على مختلف المستويات التنظيمية تشكل تطور الجينوم. على أدنى مستوى، الطفرات النقطية تؤثر على النوكليوتيدات الفردية. على مستوى اعلى، يمر شرائح الكروموسومات الكبيرة بنسخ، ونقل جانبي، وعكس، ونقل، وحذف، وإدراج. في النهاية، الجينومات الكاملة تشارك في عمليات التهجين والتكثيف والتكافل الداخلي، والتي غالباً ما تؤدي إلى التنوع السريع. تعقيد تطور الجينوم يطرح العديد من التحديات المثيرة لمطوري النماذج الرياضية والخوارزميات، الذين يستخدمون طيف من التقنيات الخوارزمية والإحصائية والرياضية، بدءاً من الخوارزميات الدقيقة والهيورستيكية والبارامتر الثابتة وخوارزميات التقريب للمشاكل القائمة على نماذج التكافؤ إلى خوارزميات ماركوف سلسلة مونتي كارلو لتحليل بايزي للمشاكل القائمة على نماذج احتمالية.  كثير من هذه الدراسات مبنية على اكتشاف تسلسل متجانس لتعيين التسلسلات لعائلات البروتين.