ما هو علم الجينوم المقارن؟
جوهر تحليل الجينوم المقارن هو تأسيس المراسلات بين الجينات (تحليل علم الارثولوجيا) او الخصائص الجينومية الاخرى في الكائنات الحية المختلفة. هذي الخرائط بين الجينومات هي اللي تجعل من الممكن تتبع العمليات التطورية المسؤولة عن الاختلاف بين جينومين. عدد كبير من الأحداث التطورية التي تعمل على مستويات تنظيمية مختلفة تشكل تطور الجينوم. في أدنى مستوى، الطفرات النقطية تؤثر على النيوكليوتيدات الفردية. على مستوى أعلى، تجري شرائح الكروموسومات الكبيرة في التكرار، النقل الجانبي، الانعكاس، النقل، الحذف والإدراج. في النهاية، الجينومات كلها متورطة في عمليات التهجين والتكثيف والتكافل الداخلي، والتي غالباً ما تؤدي إلى التنوع السريع. تعقيد تطور الجينوم يطرح العديد من التحديات المثيرة لمطوري النماذج والخوارزميات الرياضية، الذين يلجأون إلى مجموعة من التقنيات الخوارزمية والإحصائية والرياضية، بدءاً من الخوارزميات الدقيقة والهيورستية والبارامتر الثابتة والتقدير للمشاكل القائمة على نماذج التكافؤ إلى خوارزميات سلسلة ماركوف مونتي كارلو للتحليل البايزي للمشاكل القائمة على نماذج احتمالية.  كثير من هذه الدراسات تستند على اكتشاف تسلسل متجانس لتعيين التسلسلات لعائلات البروتين.