ආහාර ජීර්ණ පද්ධතිය ප්‍රතිශක්තිකරණ ක්‍රියාවලියේදී ඉතාමත් වැදගත් කාර්යභාරයක් ඉ‍ටු කරයි.ආහාර ජීර්ණ පද්ධතියේ පෘෂ්ඨ වර්ගඵලය පාපන්දු පිටියක වර්ගඵලයට සමාන යයි සැළකේ.මෙවැනි විශාල පෘෂ්ඨ වර්ගඵලයක් පැවතිම නිසා ශරීර ප්‍රතිශක්තිකරණ පද්ධතියට රෝග කාරක රුධිරයට හෝ වසා තරලයට ඇතුළු වීම වැළේක්වීමට විශාල කාර්ය භාරයක් සිදු කළ යුතු වේ.ආමාශයේ පවතින අඩු pH අගය (1 සිට 4 දක්වා)බොහෝමයක් ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් (වෛරස්,බැක්ටීරියා) වලට මාරාන්තික වන අතර එමගින් විනාශයට පත්වේ.ශ්ලේශ්මල ස්‍රාවය මගින් ද විශාල වශයෙන් ක්ෂුද්‍ර ජීවීන් විනාශයට පත් වීම සිදුවේ.