ජනප්‍රවාදයේ විශ්වාසයන්ට අනුව පාදෙණිය රජ මහා විහාරයේ ආරම්භක ඉතිහාසය අනුරාධපුර යුගය දක්වාම දිවයයි.ශ්‍රී ලංකාවේ දක්නට ලැබෙන තවත් එක් ටැම්පිට විහාරයක් වන මෙම විහාරය මල්වතු පාර්ශ්වයට අයත් මහා විහාරවංශික ශ්‍යමෝපාලී මහා නිකායට අයත් වේ.