La candidata del Movimento Cinque Stelle nella corsa a Palazzo Marino è Layla Pavone. Nome fortemente voluto dal leader del M5s Giuseppe Conte per imprimere il nuovo corso del partito al Nord, l'ex manager ha concentrato la sua candidatura sul progresso e sull'immagine di una Milano proiettata nel panorama internazionale. Il M5s a Milano "corre da solo", a differenza ad esempio di altre città, come Varese, dove appoggia il candidato del Partito democratico, il sindaco uscente Galimberti. La capolista del M5s è Elena Sironi, nome inizialmente indicato dalla base alla carica di candidato sindaco.
Il Movimento Cinque Stelle a Milano corre da solo, appoggiando la candidatura del nome indicato dal leader Giuseppe Conte, ovvero la ex manager Layla Pavone. Nelle elezioni per stabilire il nuovo sindaco di Milano, che si svolgeranno il 3 e 4 ottobre 2021, il M5s ha quindi la sua lista, formata da 42 nomi per il consiglio comunale.