Secondo la catalogazione internazionale dell'International Union for the Conservation of Nature (IUCN), il pinguino imperatore è "prossimo alla minaccia", appartiene cioè a quelle specie che al momento non sono considerate a rischio, ma che potrebbero diventarlo in un futuro prossimo. Una classificazione che dunque invita alla prudenza, ma che almeno nel medio-breve periodo dovrebbe garantire la sopravvivenza della specie animale. Per i pinguini, invece, la vita potrebbe essere molto più dura di quanto ci si sia attesi finora. Secondo uno studio internazionale del Woods Hole Oceanographic Institution del Massachusetts, le colonie di questi uccelli in frac potrebbero dimezzarsi entro il 2100 per l'effetto dei cambiamenti climatici sulla distribuzione dei ghiacciai in Antartide, la regione della terra che ospita il maggior numero di pinguini imperatore. Lo studio, pubblicato sulla rivista Nature Climate Change, prevede che per la fine del secolo il 20% delle colonie in Antartide saranno estinte, mentre il 75% subirà profondi cambiamenti. Lo scioglimento dei ghiacci imporrà ai pinguini adulti viaggi più lunghi in cerca di cibo da portare nella colonia e condividere poi con i figli. Una fatica che inevitabilmente metterà alla prova le singole colonie e che produrrà i suoi drammatici effetti sulla demografia della specie. Il futuro del pinguino imperatore è stato anticipato dal modello previsionale della ricercatrice Stephanie Jenouvrier e dei suoi colleghi, che hanno preso in esame quarantacinque colonie di questa specie e le condizioni del ghiaccio marino. Sui dati raccolti e su quelli noti relativi allo scioglimento dei ghiacciai, il team di studiosi ha previsto un aumento della popolazione dei pinguini fino al 2040, anno dopo il quale inizierà una decrescita demografica che di fatto metterà in pericolo la sopravvivenza della specie.
A causa dello scioglimento dei ghiacci, dal 2014 la popolazione dei pinguini comincerà a ridursi. Secondo il Woods Hole Oceanographic Institution, entro la fine del secolo il numero di esemplari si dimezzerà.