为加强乃宁寺的保护管理,1996年自治区人民政府公布将乃宁寺列为第三批自治区级文物保护单位,并与2006年自治区党委,政府决定将乃宁寺保护维修工程列入西藏"十一五"重点文物保护工程向国家申报,2007年1月,国务院常务会议原则通过"西藏自治区"十一五"规划项目方案",批准实施重点文物保护工程.
据了解,西藏"十一五"重点文物保护工程是西藏自治区"十一五"规划项目之一,总投资5.7亿元,包括大昭寺,小昭寺,哲蚌寺,色拉寺,扎什伦布寺,江孜宗山抗英遗址,夏鲁寺,大唐天竺使出铭,朗塞林庄园,昌珠寺,桑耶寺,拉加里王宫,色喀古托寺,科迦寺,古格王国遗址,拉萨关帝庙,波密扎木中心县委红楼,东嘎寺,乃宁寺,亚东清代海关遗址,太昭