select carbon;color white # 选择C, 指定为白色
 select protein;ribbons on #选择蛋白质, 显示为ribbon
 逻辑词NOT,AND,OR,XOR可用于表达式
 一般项
 visible可见
 file.model 特定文件中的特定构型
 select 3.0最近载入的第3个文件中所有构型的所有原子
 subset当前定义的子集
 当前晶胞中的原子(可能需要平移), 包含晶面和晶轴上的原子
 chemical elements化学元素
 利用小括号和中括号可选择单个或某一范围内原子
 负数表示反向序数
 原子间连接信息, 一般格式:
 给定亚结构内的原子, 使用引用的smiles表达式"SMILES"
 距离某一分数坐标或直角坐标
 若距离为负, 则指晶胞坐标归一化后的距离
 距离某一表面一定距离内
 距离参数可选, 其意义取决于大小. 若大于10, 表示百分数, 如110%, 100%, 90%, 否则表示原子van der Waals半径的增加值. 如
 groups that are within a given number of residues of a specified group of atoms(Jmol 12.0)
 某一平面0.01 Angstroms范围内的原子
 距离某一平面指定范围内的原子
 正值与负值分处平面两边, 须自行测试需要的是哪一边
 其他文件类型, 原子类型与原子名称相同
 形成氢键的DNA或RNA碱基对, 可用于任意碱基对
 选择第二个原子且以第二个原子开始不包含第一个原子的分子branch
 可用select helix进行选择并不在任何一个螺旋末端的组
 必须匹配, SEQENCE可省略
 可用select sheet进行选择并不在任何一个螺旋末端的组
 SMILE结构式. 用于数学函数返回所有匹配原子, 包括氢原子及用于饱和价键的氢原子
 匹配符可用于其他地方指定, 但最好不要混合使用
 ".?"只表示单字母名称的原子, 如"O"和"C"
 ".??"则表示单或双字母名称的原子
 可使用\?来匹配原子名称中的?. 如, 两个原子名称分别为"O1"和"O1?", select O1?将选择这两种原子, 但select O1\?则只选择第二种原子.
 对其他文件类型使用的原子名称
 原子名称也可用于非PDB文件类型
 在Jaguar, NWChem, Tripos MOL2, Wavefunction Odyssey, SHELX和Wavefunction Spartan文件中使用"H3", "O2"之类的原子标识, 它们可直接用于选择原子, 并可用格式符%a在显示.
 对XYZ之类的文件中, 原子标识不含数字, Jmol会自动根据元素符号和原子在文件中的序号建立原子名称.