故事起源于早上的物理化学课,老师要求安装 Gaussian 09 来预测结构数据.当然 Mac 用户是永远得不到关爱的,老师不会给我提供安装包,于是我就在网上探寻一番,发现 Gaussian 09 真的已经太古老了:官方仅仅发行了适用于 MacOS 的 32 位版本.而激进的苹果从 macOS Catalina 开始不再兼容 32 位 App.且网上相关资料较少,我看到了大量求助帖却得不到有效的回复.经过一上午的摸索我终于实现了在 macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与 GaussView 6,在这里记录一下踩坑的路,希望可以帮上各位科研工作者.
首先聊一聊 Gaussian 套件的结构,简单的说是在 GaussView 上作图,然后通过 Gaussian 进行分析运算.最直接粗暴的方法是用 Wine 容器直接安装 Windows 版本的 Gaussian 与 GaussView(我没试过,盲猜性能极低且兼容性很差).且我这里的结构是:利用 Crossover 容器运行 GaussView 6,导出草图后放入运行在原生 macOS 上的 Gaussian 09 进行运算,实现性能最大化.
答:经过各种参数的枚举,所有我能找到的 GaussView 5 版本均无法成功的在 Crossover 中安装,当然这个结论不一定对,您可以自行安装测试;
那么,背景铺设完毕,跟着我一起来吧!
容器使用"新 Windows 10 64-bit 容器",右边取个名字,然后按继续,就像 Windows 那样安装,记得设桌面图标与文件后缀关联;
安装需要序列号,可以在之前百度云中文本文件找到;
把文件拷贝到任意文件夹下,例如"文档"文件夹(这里按照"文档"文件夹做演示,其他文件夹改目录即可);
末尾可以再加上&令任务在后台运行)
g09 < test.gjf |tee test.out (信息输出到test.out的同时也同时输出到屏幕上)
g09 test.gjf (输出文件将默认为当前目录下的test.log)
老师在课上提供安装包,说明你们还是管得很宽松的嘛!我记得我本科时物化实验课上有一节是用Gaussian 09算东西(当时Gaussian 16还没出来),当时是在一个房间里放了几台台式机,Windows操作系统,已经装好了Gaussian 09,老师教本科生用.老师当时直接说明了,学校买了site license,如果我们想在自己的笔记本电脑上安装的话,需要签署一个书面的协议交给化院的院长,然后才可以得到安装包与序列号.
当时大家想自己玩Gaussian 09的话,基本都是从网上找的安装包与序列号,没有谁愿意去找院长(这么做,也就与学校买的site license没什么关系了).
crossover是商业软件,近60美元.小心一点.
测试了一下,用mac版的G16 C.01在M1 Pro (10核心,8大2小)跑了test0397,耗时305秒.
那看来基本上就是比M1翻倍的速度. 那按比例算下来 M1 ultra 2分多钟三分钟应该是得要了.
感谢大神提供软件包,本人比较懒,直接装了Mac版的gview5.发现运行出现找不到/private/var/.../data这个文件夹,但是sudo执行gview.app/.../MacOS/gview就可以顺利运行.所以就把/etc/sudoers改成免密然后把那个gview的binary改了个名字然后原地写个叫gview的bash加sudo执行这个binary......然后就可以点击app图标正常打开了.其实sudo不免密理论上用echo的命令也可以自动输入密码,嗯我就是懒.总之谢谢大神的软件包,之前真没见过Mac版的.