数学与系统科学学院十分重视国内外的合作与交流,先后与美国数学研究所及德国Springer合作创办了国际杂志"Math. Biosci. Eng."与"Math. Comp. Sci.".与法国科学研究中心,巴黎六大构建国际"3+3"创新团队,开展合作研究和联合培养博士生.和丁肇中教授的AMS研究团队合作,开展空间粒子物理海量数据建模和分析研究.定期邀请国内外一流的学者到学院访问,合作研究和开展学术交流.学院2014年与美国德州农工大学签订了为期五年的"3+1+1"联合培养合作协议,每年选拔可最多15人前往德州农工大学学习.