之前我写过一篇文章群体遗传分析分层校正,该选用多少个pca?,里面提到可以通过eigenstrat软件确定显著的主成分,后续就可以将显著的主成分加入协变量中. 这篇文章主要是讲如何通过eigenstrat软件确定显著的主成分. 1下载安装eigenstrat 1.1 下载 下载地址:  peigensofteig-6.1.4.tar.gz wget   peigensofteig-6.1.4.tar.gz 1.2 安装 tar zxvf eig-6.1.4.tar.gz 2 pca计算 可以用plink计算pca,也可以用eigenstrat. plink计算pca比较简便,个人比较推荐plink. 之前已经介绍过怎么用plink计算pca了,这里就不再赘述. 3 确定显著pca数量 下面讲一下怎么用eigenstrat确定多少个pca被纳入协变量中. 3.1 如果是用eigenstrat计算得到的pca 用eigenstrat计算得到后缀为.eval的文件后,使用如下命令: bintwstats -t twtable -i pca.eval -o eigenvaltw.o t 3.2 如果是用plink计算得到的pca 用plink计算的pca得到后缀为.eigenval的文件后,使用如下命令: bintwstats -t twtable -i pca.eigenval -o eigenvaltw.o t 3.3 结果解读 假定生成的eigenvaltw.o t如下: z3e 7d.png 这张图里前三个pca的p值小于0.05,说明做关联分析的时候要把前三个pca加入协变量中.