首先知道我们要干吗:we have developed an approach,ld score regression, that q antifies the contrib tion of each by examining the relationship between test statistics and linkage diseq ilibri m (ld).  ld scores, h2 and partitioned h2, genetic correlation, the ld score regression intercept.计算ld分数,性状的遗传度,性状间的遗传相关性及遗传协方差,分割遗传度,细胞类型特异性分析等gith b中的wiki提供了关于估计 ld 分数,遗传力,遗传相关和 ld 分数回归截距和分割遗传度的教程.(翻译可能不太准啊)文献b lik-s llivan, et al. ld score regression disting ishes confo nding from polygenicity in genome-wide association st dies. nat re genetics, 2015.也可以看一下这篇的两个度量指标,d 和r2来表示ld的程度.当d =1,表示连锁完全不平衡,没有重组;当d =0,表示连锁完全平衡,随机组合;当r2=1,表示连锁完全不平衡,没有重组;当r2=0,表示连锁完全平衡,随机组合.r2包括了重组和突变,而d 只包括重组史.与d 相比,在同样长度的染色体范围内,r2往往更低,这个特性能够帮助我们找到更精度的基因定位.另外,r2和d 相比,受样本量和等位基因频率的影响较小.d 能更准确地估测重组差异,但样本较小时低频率4种等位基因组合的可能性大大减小,因此d 不适合小样本研究.ld作图中通常采用r2来表示群体的ld水平.在gith b网站中安装ld  likldsc其中一步安装anaconda:官网下载 x下载lin x版本,拖到服务器工作路径,在此路径下输入命令bash文件名,一直按回车就安装到了home目录下,结束后,回到安装到的目录下,即home目录下,输入命令so rce .bashrc再输入conda,就运行成功啦.如果不懂anaconda,可以看这个 .compeaee1fadc1e9再就是跟着gith b一步一步安装ld.可以下载来自欧洲和东亚的1000人基因组的ld score.这些ld score适用于基本ld得分分析(ld得分回归截距,遗传性,遗传相关性,跨性别遗传相关性).下载partitioned ld scores for partitioned heritability estimation.因为自己要算,所以再一步一步记录一下吧,先跑一下它的示例.1.安装好环境后,开始下载数据,解压数据,输入以下命令(就截图了,想要copy命令的直接去官网吧,有时候粘贴的格式有问题,为了节省地方就截图啦):ps:这是下载下来的示例数据的各个col me 开始计算精神分裂症和双相情感障碍之间的遗传相关性 做到这一步就b g了,taberror: inconsistent se of tabs and spaces in indentation,正在寻求解决办法...... 所以,多方打探,ld中 m nge_s mstats.py这个脚本有问题,小师弟帮我重新整理了line583的格式,就ok了.接着输命令... 下面是示例文件以及跑出来的结果文件 打开第一个scz_bip.log文件看下过程即结果: 只是做了其中的一种两种性状(疾病)遗传相关性.其他等用到的时候再写攻略吧~发现了一个号称比ld好用的新软件,2018.12发表在nat re genetis,软件名称叫s mher,倒是很好听啊,有兴趣的看看吧.