历史文化名城淮安,早在五六千年前就有先民们活动的踪迹,并留下载入史册的"青莲岗文化".
夏商周时期,市境为"淮夷","徐夷"聚居地.春秋战国时期,既有吴王夫差开凿的邗沟(即淮扬运河)沟通江,淮,又有陆上干道 -  - 善道通达南北."淮系年表•序言"称包括市境在内的古淮河中下游地区"交通灌溉之利甲于全国",成为列强争夺的重要地区,先后为吴,越,楚国所有.
秦统一六国后,推行郡县制.市境分属泗水郡和东海郡,始置县邑有淮阴(治今淮阴区码头镇),盱眙(治今盱眙县城东北),东阳(治今盱眙县马坝东南).西汉年间,市境大体属临淮郡,又增置淮浦(治今涟水县西),射阳(治今淮安区东南),富陵(治今洪泽湖中)等县.东汉分属下邳国和广陵郡.
魏晋南北朝时期,市境长期处于战争和对峙的前沿,建置紊乱,隶属多变,今市区码头镇,淮城镇其时均为军事要塞,多设州郡治所,为边帅驻节之地.长年战乱带来的是"江淮之间,赤地千里"的凄惨景象,经济和文化遭到严重破坏.南齐永明七年(489),割直渎破釜以东,淮阴镇下流杂100户置淮安县,"淮安"之名始见.
隋唐五代时期,境内长期处于安定的环境,建置也较稳定,大抵淮北属泗州(治今盱眙县城北淮河对岸),淮南属楚州(治今淮安区淮城),经济得以持续发展和重新繁荣.楚州,泗州成为运河沿线的两座全国性名城,楚州更被白居易誉为"淮水东南第一州".
北宋年间,境内较为太平,市境先属淮南路,分属楚州,泗州;后分淮南路为淮南东,西路,市境属淮南东路.南宋和金,元对峙时期,市境再度成为前线,为双方反复争夺,建置亦复紊乱多变.
元代,境内先后置淮东安抚司,淮东总管府,淮安路(治今淮安区淮城镇).淮安路辖境包括今苏北地区大部和皖北一部.
明清时期,境内置淮安府.明代淮安府辖山阳,清河,安东,盐城,桃源,宿迁,沭阳,睢宁,赣榆,邳州,海州,计9县2州,范围包括今苏北五市绝大部分地域.其间,还有漕运总督,南河总督驻节淮安.漕运总督还经常兼巡抚江淮,节制淮(安),扬(州),庐(州),凤(阳)四府及徐(州),滁(州),和(州)三州,管辖范围包括今江苏,安徽二省的长江以北广大地区.清末,一度设立江淮行省,淮安是江淮巡抚驻节之所,即省会所在地.
民国元年(1912),淮安府撤销,市境大部始属淮扬道(道署设今清浦区),后属淮阴行政督察区,第七行政督察区.抗日战争和解放战争时期,境内成为重要的根据地和解放区,中共中央华中局,新四军军部,中共中央华中分局,华中军区,苏皖边区政府等都曾驻节境内.由于处在敌后环境,根据地和解放区的政区变化很大,头绪繁多,大抵分属淮海区,盐阜区,淮南区,淮北区.抗战胜利后至1946年9月的一年间,淮安是华中解放区的中心,苏皖边区的首府,时苏皖边区南界长江,北界陇海铁路,东至黄海,西至裕溪口一线,横跨苏皖豫鲁四省之境,辖53个旧县.1948年12月,市境全部解放.1949年5月,成立淮阴专区.
新中国成立后,淮阴专区先属苏北行政区,后属江苏省.经过1950年6月,1954年8月,1954年12月,1971年3月的几次区划调整,今市境始全属淮阴专区.1983年,淮阴专区改为淮阴市,辖宿迁,沭阳,灌南,泗洪,泗阳,涟水,淮阴,淮安,洪泽,盱眙,金湖11个县和清河,清浦两区,原辖县灌云划归连云港市.1987年,辖县淮安,宿迁改为县级市.1996年8月,宿迁,泗阳,沭阳,泗洪4县(市)从淮阴市析出,成立地级宿迁市,同时灌南县划归连云港市.2001年2月,淮阴市更名为淮安市,原县级淮安市改为淮安市楚州区,原淮阴县改为淮安市淮阴区.2012年2月23日,楚州区更名为淮安区.2016年,淮安市清河区,清浦区合并更名为清江浦区,洪泽县更名为淮安市洪泽区.至此,淮安市下辖4区3县:清江浦区,淮阴区,淮安区,洪泽区,涟水县,盱眙县,金湖县.