西元一六六一年四月三十日,民族英雄郑成功率领四百余战舰抵达台湾鹿耳门外沙线,因水浅船只无法行驶,郑氏乃设香案焚香祝祷祈求妈祖助涨潮水;果然水升丈余,于是挥军登陆鹿耳门南岸北汕尾屿,进而赶走荷兰人,收复台湾,因而改写了台湾的历史,鹿耳门遂成为伟大的古迹.
台南市安南区鹿耳门天后宫,于明永历十五年 (西元一六六一年) 民族英雄郑成功登陆后首建,由于历史悠久,妈祖威灵显赫,常年有大批男女信徒从全国各地前来进香膜拜.根据历史文献记载,鹿耳门天后宫,原由郑成功建在登陆地即北汕尾屿,当时称作"妈祖宫",奉祀天上圣母;清康熙五十八年由百官捐俸扩建为"天后宫",咸丰五年,台湾总镇府邵连科与曾元福各官暨三郊公局等商贾捐资重兴,同治十年,曾文溪改道,天后宫遭冲毁,"开基妈祖"神像暂祀民家,民国三十六年再重建,民国六十六年复重建,目前尚未完成.
鹿耳门天后宫供奉的郑成功随舰妈祖,系大陆稀产宝贵之"宣芝木材"雕刻而成,其手法出自名家,亦是台湾此种千年材质独一无二的妈祖神像.鹿耳门天后宫除妈祖神威显赫外,另陈列有市政府疏浚鹿耳门溪时于古庙址出土的古天后宫"重兴天后宫碑记","新建鹿耳门公馆碑记",以及其它古器物,实质反映了台湾古代工商业发展情形和大陆间血浓于水的关系,同时亦说明了鹿耳门天后宫这座古庙当年不但是信仰所系,也是海上交通及工商发展上占有之重要地位,而在历史上留下其长远的影响.
鹿耳门天后宫,宫殿巍峨雄壮,正门俯视鹿耳门港口,南对安平古堡与四草炮台,东望万顷台湾最大盐场 (台南科技工业区建地) 西临台湾海峡,沿海有青翠茂密的防风林,迤前为闻名的鹿耳门古港道;今鹿耳古港道遍植蚵架,竹筏横卧,偶尔帆影两三点缀溪面,朝晖夕阴,令人有发思古之幽情.
鹿耳门天后宫于民国七十三年举办台湾首次之"甲子年护国祈安罗天大醮",历时四十九天,由当时台南市长苏南成担任总主会,一时中外嘉宾云集,典礼庄严盛大,在数万信徒,庞大艺阵,遵循古礼之下,自鹿耳门古天后宫遗址沿鹿耳门溪,护送"妈祖船"进入台湾海峡,寻觅当年延平郡王郑成功登陆鹿耳门南岸北汕尾岛的路线,以缅怀郑王复台之丰功伟绩.