阿弥陀寺的起源与奈良的东大寺之间关系紧密,渊源颇深.东大寺建于8世纪,直至今日仍是日本最重要的宗教之地,曾于1180年的源平之战中毁于一旦.虽遭到毁坏,重建工程却进展迅速,至1185年便已完成大佛的制作.由于建设大佛殿需耗大量木材,后白河法皇(1127-1192)将身负振兴寺院重任的僧侣俊乘房重源(1121-1206)派往山口,命其砍下130棵巨树后运回. 重源于1186年抵达山口,翌年便兴建了东大寺的别所 -  - 阿弥陀寺.
寺院的建造之意,在于期望后白河法皇一生平安无事.重源曾为学习佛教而前往中国,阿弥陀寺正反映出他在那里所目睹的宗教革新的特性.阿弥陀佛如来居于佛教世界中的极乐净土,是其中最重要的佛陀,阿弥陀寺的名称即由此而来,同时,佛陀为了净化自我而"浴汤念佛".无论是阿弥陀佛如来,还是浴汤念佛,二者皆由中国传入日本.半山腰的寺院内,一座开满绣球花的庭园及七栋建筑(两栋为入浴用)立于其中,众多建筑被指定为"国宝"及"国家文化财".寺内种植的绣球花多达80余种,共计约4000株,以"绣球花寺"之名闻名.每年6月,缤纷的绣球花总为寺内披上一袭绚烂彩衣.
此巨型宝塔(铁宝塔)高度超过3米,重达820公斤,铸造于1197年.塔内有水晶堆叠而成的五环塔(五轮塔),从下至上,分别象征地,水,火,风,空.五轮塔中供奉着重源(1121-1206)于宋朝中国带回的佛陀遗骨(重源曾前往中国宋朝三次).朝拜佛陀遗骨的行为(舍利信仰)是阿弥陀寺创设者重源从中国传入日本的新型宗教仪式之一.宝塔由日本工匠们铸造而成,而他们的师傅则是曾活跃于日本的中国名匠陈和卿.
宝塔底座四面均刻有浮雕铭文,中央的巨大浮雕梵文象征罗盘方位.日文的铭文除了记述阿弥陀寺的兴建目的,兴建纪年之外,还记载有寺院所在地,组成寺院的七栋建筑,主要设施(加热浴槽水的锅等),为后白河法皇祈求平安的祷文,重源的名讳,以及其他当地的重要官员姓名.
该宝塔是日本历史最为悠久的铁宝塔.因其高超的铸造技术,以及记载有阿弥陀寺历史的珍贵记录而极具历史价值,于1954年被指定为国宝.
日本的绣球花与6月梅雨季,可谓密不可分.绣球花会随土壤酸碱度变化而变色,因此在日语中又被称为"七变化"(变色七次之花).由于这一特性,绣球花亦有无常变幻的意象,从中可领悟到:人生在世,万事无绝对;活在当下,时刻须珍惜.
自1991年起,阿弥陀寺每年6月皆会举办绣球花祭.寺院境内栽种的绣球花,至今已有80余种,约4000株.寺内参观路线的徒步时间约需30分钟至1小时.若无法于6月前往欣赏,则不妨待到11月,届时可饱览秋日枫红映满寺的美景.