澎湖位于台湾海峡中,附近海域有中国沿岸流,黑潮支流,南中国海季风流.这三条海流汇集在澎湖海域,让澎湖海洋生态资源显得丰富而且多样化.
澎湖海底地形,内湾与外围海域深度有明显差距,内湾水深多在15米以内,最深可达25米,沿岸延伸出去的外围海域较深.所以沿岸坡度平缓,潮间带相当广阔.
澎湖海域的海龟有绿蠵龟,赤蠵龟,玳瑁,另有少见的革龟,榄蠵龟等.由于澎湖望安是目前台湾地区,绿蠵龟上岸产卵最稳定的地区,所以在望安公告有六处绿蠵龟产卵栖息保护区保护绿蠵龟的产卵栖地,澎湖国家风景区管理处在望安岛上建置"绿蠵龟观光保育中心" ,提供海洋生态资源咨询服务.
鱼类资源部分,澎湖的鱼种经过水产试验所澎湖分所统计,有记录的鱼种已达138科723种,依鱼类分布习性及资源的特性可区分为礁岩鱼类,底栖性鱼类,洄游性鱼类等,其中玳瑁石斑已被选定为澎湖县鱼.
至于珊瑚浅坪中的珊瑚族群,因生长环境佳,覆盖海床面积相当大,是海洋底层食物链,所以珊瑚浅坪生态系最丰富.澎湖海域的珊瑚,包括石珊瑚类之轴孔珊瑚,盘珊瑚,角星珊瑚及鹿角珊瑚等,柳珊瑚类之海扇,海树等及软珊瑚类等各种珊瑚,造型各自不同,十分可观.另外海藻资源相当丰富,常见有绿藻,褐藻,红藻等藻类,澎湖海域约有四十余种,具有经济价值的有紫菜,海菜,石花菜和发菜.
在潮间带礁岩上常见到如蜑螺,笠螺,钟螺,蝾螺,玉黍螺,宝螺,石鳖,黑齿牡蛎等贝类;螃蟹,龙虾,寄居蟹,瓷蟹等节肢动物;还有让游客惊声尖叫的海参,海星和阳燧足等棘皮动物.另外澎湖拥有数量最多的"石沪" ,这种早期用来作为捕鱼陷阱设施,是澎湖潮间带休闲渔业体验活动的项目之一.
澎湖广大和多样的潮间带生态系统,向来生养澎湖居民的生计,未来则是体验海洋生态的舞台.