清未时期先民入境开垦,在水沙连潭畔(今日月潭)建有"龙凤宫"与"益化堂",是古时日月潭地区民众的信仰中心.
 龙凤宫主祀惭愧祖师与玄天上帝;益化堂奉祀三恩主,关圣帝君,孚佑帝君,司命真君,文昌帝君等,这两座庙宇乃是日潭文武庙之由来.
 日据大正八年(一九一九)"台湾总督府"动工兴建日月潭水力发电工程,引浊水溪溪水注潭,以日月潭第一发电所产生动力发电(今大观电厂),为台湾最大水力发电工程;完工后畔聚落及耕地全部沦为水域,居民四处搬迁,该二庙庙产则由电力公司收购;经两庙管协同庄长召开庄民大会,议决将款项择地另建新庙,获日府驻台总督,"小林跻造"核定两期庙合祀迁建现址.
 日据昭和九年(一九三四)新庙于潭北松柏仑山腰上动土,采南方式庙宇建筑,格局并不大,辟有三门,屋顶采单檐硬山式,屋脊为拱圆形的卷棚式,左右作燕尾式屋脊,脊上装置花鸟,神兽等剪黏雕像.主祀关圣帝君,至圣孔子,文昌帝君,公称为"文武庙".重建工程前后历时四载,于昭和十三年(一九三八)举行落成大典,成为日月潭地区的宗教圣地.
 民国四十二年观光业倡起,日月潭风景之美,远播中外,成为台湾首要要的观光胜地,至民国五十六年日月潭发展迅速,中外游日以千计,而庙址狭隘,亟宜重建新庙以资配合.同年将管理委员会改组为财团法人组织,成立董监事会,同时从事新庙重建工作.重建工程于民国五十八年动土,期间适值先总统,蒋公前后七次亲临基地垂询重建工程,谕示以"前,中,后三殿式格局",继省政府主席莅临视察,核定采北朝宫殿式建筑为重建后之庙貌.然而工程庞大,需费浩繁,预计需历时十载方能峻工.重建期间承蒙先总统 蒋公与各界首长,仕绅的扶持,以及海内外善男信女的资助,更蒙圣佛仙神的呵护扶持,重建工仅历时两年三个月即告峻事,计提前七年有余,成为当年台湾一大神迹.民国六十一年举行镇座大典,新庙气势宏伟,华丽无比,全省寺庙实难出其右,堪称台湾最具代表性的宫殿式庙宇.
 文武庙建筑与格局
 民国五十八年重建的文武庙,建地面积达三五○八平方公尺,为全台规模最大的文式庙,是目前台湾仅存仿明清紫禁城的庙宇.主祀关圣帝君,至圣孔子,属于帝后级的庙宇,主要建筑为"一埕二庭三殿":台湾著名寺庙大多采此布局,是级很高的庙宇布局.庙的方位采"坐东向西"背山面湖,大有尽揽江山的磅礡气势.
 文武庙的格局著名的澎湖匠师谢自南所规划设计,庙的布局序为山门,左右围墙,庙埕,巨狮,左右凉亭,金亭,拜殿(前殿),钟楼,鼓楼,中庭,左右回廊,武圣殿(正殿),左右护室,后庭,大成殿(后殿),左右观景楼,后山花园,忠义亭等,格局方正严谨.
 文武庙大门采牌楼式构筑,形态高耸挺拔,辟有三门,中央较高两侧较低,如"山"字型故称"山门",屋顶为重檐歇山式,上下共分三层:屋檐曲线如翼,十分优美.檐下有三层木雕斗栱,施以艳丽彩绘,梁枋,柱面,门楹镶嵌观音山石板,精雕各种花鸟,祥兽等图案,用以衬托文武庙的宏伟壮丽.
 进入山门来到宽阔的庙埕,庙埕主要供祭典或香客参拜,休憩之用.左右分峙一对石塑的巨狮,象征拱卫及欢迎之意,作戏珠摆尾状,通体朱红,造型雄浑,高度达六公尺,十分硕大,为新光保险公司董事长吴火狮捐赠,此双狮不仅为全台新仅有,更是文武庙的最大特色.
 文武庙原有一座古石碑,记载清未时期日月潭与文武庙的历史,于民国五十八年新庙重建时损毁.今在庙埕以青斗石重建一座新的沿革石碑,依据古碑的原文重现文武庙古老历史.