一个传说是相传有一对原住民姊妹,同时爱上一名男子,但是姊妹不想伤害彼此间的手足之情,可是又对这段爱情放不下,所以这对姊妹分别投入阿里山的这两座水池殉情而死.
另一个传说,是一对来自日本的姊妹,和来自员林的兄弟情投意合,姊妹最喜欢去的地方就是这个姊妹湖,姐姐和哥哥在大的池边谈情,妹妹和弟弟在小的水池边,但被姐妹的父亲发现了,准备这对姊妹被遣回日本,姊妹在池边流泪哭泣,妹妹的眼泪装满了小池塘,姐姐的泪水覆盖了大池塘.
为了纪念这故事,后来的人将此地取名为姐妹池,池畔也奇迹地耸立欣欣向荣的天然桧木.
这种开花结籽爱情绵延的故事,让热恋中的男女趋之若鹜,传说若要让情人生死相许,只要在无人的时刻漫步云雾袅袅的姐妹池,许下今生今世,便能灵验.