从思想内容来看,谶纬与今文经学关系更为密切,而其与古文经学的关系则给人以相互敌对的印象.其实,谶纬与古文经学的关系非常复杂.在东汉之前,古文经师对于谶纬基本上持赞同态度,在思想上还影响了谶纬,如刘歆的很多思想在谶纬中都有体现.王莽一方面利用"符命"和谶纬为自己篡夺政权积极制造舆论,另一方面在政治改制上则主要依靠古文经学.到了东汉,谶纬取得了"国宪"的地位,虽然遭到一些古文经师的批评,但由于其不可置疑的地位,古文经师也积极从图谶中寻找资源以争取上层的认可.