UGENE
UGENE — свободное биоинформационное программное обеспечение.

UGENE может работать на персональном компьютере с Windows, Mac OS X или Linux.

UGENE предоставляет графический интерфейс для работы с последовательностями, аннотациями, множественными выравниваниями, филогенетическими деревьями, данными секвенирования (NGS) и т.д. Данные могут храниться как локально (на персональном компьютере), так и в общем хранилище (в базе данных лаборатории).

В состав UGENE включены десятки популярных биоинформационных алгоритмов и инструментов, а также собственные разработки для работы с этими данными в контексте геномики, эволюционной биологии, вирусологии и других дисциплин. Для всех инструментов также предоставляется графический интерфейс, что облегчает анализ этих данных биологами без опыта программирования.

UGENE предоставляет возможность потокового анализа большого количества данных с помощью “Дизайнера вычислительных схем”. Вычислительная схема при этом составляется из различных блоков: считывания данных, применения встроенных алгоритмов/инструментов, записи данных. При необходимости, в схему могут быть добавлены блоки произвольных инструментов командной строки, скриптовые блоки и т. п. В дизайнере имеются уже готовые примеры схем (для аннотирования последовательностей, конвертирования форматов, анализа данных секвенирования и другие).

Помимо графического интерфейса UGENE предоставляет интерфейс командной строки. В частности, составленная в дизайнере вычислительная схема также может быть запущена из командной строки.

Чтобы обеспечить максимальное быстродействие вычислений, UGENE использует возможности многоядерных ЦПУ и графических процессоров для оптимизации некоторых вычислительных задач.
Q341
свободное
Concept
Q128570
биоинформационное
Concept
Q7397
программное обеспечение
Concept
Q16338
персональном компьютере
Concept
Q1406
Windows
Concept
Q14116
Mac OS X
MISC
Q388
Linux
MISC
Q1377767
множественными выравниваниями
Concept
Q242125
филогенетическими деревьями
Concept
Q1764062
NGS
Concept
Q8366
алгоритм
Concept
Q222046
геномики
Concept
Q430465
эволюционной биологии
Concept
Q7215
вирусологии
Concept
Q782543
графический интерфейс
Concept
Q189053
интерфейс командной строки
Concept
Q555032
многоядерных ЦПУ
Concept
Q183484
графических процессоров
Concept
Q1156793
оптимизации
Concept
Q4052122
UGENE
MEDIA
Q4052122
UGENE
MEDIA
Q4052122
UGENE
MEDIA
Q4052122
UGENE
MEDIA
Q4052122
UGENE
MEDIA
Q4052122
UGENE
MEDIA
Q4052122
UGENE
MEDIA
use