A Junta Geral do Distrito Autónomo de Angra do Heroísmo, na altura presidida por Agnelo Ornelas do Rego, declarou beato João Baptista Machado como patrono do Distrito de Angra e promoveu, durante anos, no dia 22 de Maio, uma sessão solene em sua homenagem. Com a extinção do distrito, tal prática caiu em desuso.
A primeira obra conhecida que biografa João Baptista Machado deve-se ao jesuíta António Francisco Cardim, que louvou João Baptista Machado na sua obra Elogios, e ramalhetes de flores borrifado com o sangue dos mártires da Companhia de Jesus, a quem os tiranos do Império de Japão tiraram as vidas, publicada em 1650.
O tema foi retomado recentemente na obra Mártires do Japão, do arquitecto Eduardo Khol de Carvalho, durante anos Conselheiro Cultural de Portugal no Japão e Professor de Estudos Portugueses na Universidade de Estudos Estrangeiros de Quioto. Para elém destes, estão publicados dois livros sobre a sua vida, obra e martírio, para além de variados artigos dispersos.
Há uma igreja dedicada ao Beato João Baptista Machado, na ilha Terceira e a sua imagem está exposta em várias igrejas da diocese de Angra e na diáspora açoriana, em esculturas e vitrais. Dá nome a uma rua na cidade de Angra do Heroísmo e a uma canada na freguesia da Ribeirinha, para além de constar na designação de diversas instituições terceirenses.