O GNS3 v2 possui uma nova arquitectura (a introdução de um controlador com toda a “inteligência”) com foco em programabilidade, simulações distribuídas e multi-utilizador. A simulação em dynamips local deixou de existir (Windows) e as simulações correm por completo na GNS3 VM.
É possível e existe um guia mas não é recomendado para quem tem projectos/certificações importantes em curso. Abrir um projecto GNS3 na nova versão converte automaticamente o formato. Bugs poderão existir e não há volta. Garanta que faz um backup.