É apenas minha opinião, mas não acho que os militares de alto escalão realmente gostam do Bolsonaro. Eles parecem tolerá-lo, porque provavelmente veem ele como um meio para um fim, que ainda não se sabe qual é exatamente.
Mas o Mourão está aí para provar que os militares não se submetem ao Bolsonaro e já deixaram claro que têm suas próprias pautas, independente da vontade do presidente. Até porque têm seus próprios representantes no Congresso.
Acho que não é difícil perceber também que o Bolsonaro é um sujeito indisciplinado (o seu histórico militar está disponível na internet), e isso não inspira muita confiança por parte dos militares. Até me surpreendo com o fato dele ter sido militar, se bem que esteve na ativa por pouco mais de dez anos, o que é realmente pouco se tratando de alguém com 64 anos.
Tem um material raro que o Roberto Simon, diretor para a América Latina da FTI Consulting, de Nova York, divulgou recentemente que traz uma entrevista com o Geisel, que qualificou o Bolsonaro como um mau militar.
Além disso, qualquer pessoa pode ter acesso aos depoimentos do Jarbas Passarinho (ex-ministro em vários governos militares) via Google dizendo que ele nunca suportou o Bolsonaro.
E só esses dois nomes que citei são considerados dois dos mais emblemáticos do período da ditadura militar. Então honestamente não creio que Bolsonaro seja tão estimado pelos militares.