para designação do número único nacional de autuação, segundo o padrão do CNJ, instituído pela Resolução 16/2008,[25] ou simplesmente para registro simplificado do inquérito;[26]
Quanto às provas recolhidas durante a investigação criminal e que constituam “vestígio coletado em locais ou em vítimas de crimes”, não há dúvida de que ficarão nas centrais de custódia que deverão ser criadas na União e nos Estados em função dos arts. 158-E e 158-F do CPP. Todos os Institutos de Criminalística devem ter pelo menos uma central de custódia destinada à guarda e controle dos vestígios de infrações penais. Tais centrais deve possuir os serviços de protocolo, com local para conferência, recepção, devolução de materiais e documentos, possibilitando a seleção, a classificação e a distribuição de materiais, devendo ser um espaço seguro e apresentar condições ambientais que não interfiram nas características do vestígio. Ainda segundo a lei, após a realização de qualquer perícia, o material probatório deve ser devolvido à central de custódia, devendo nela permanecer. Os vestígios vinculados a inquéritos arquivados devem ser adequadamente mantidos para uso em caso de desarquivamento de cold cases.
Os bens apreendidos vinculados a inquéritos arquivados devem ter a destinação prevista em lei, isto é, a sua restituição ao investigado ou à vítima ou a terceiro de boa-fé; ou a destinação a órgãos de persecução criminal e segurança pública; ou a alienação antecipada em leilão; ou a entrega a museu público.
Um dos princípios constitucionais adensados pelo novo art. 28 do CPP é o da unidade institucional, previsto no art. 127, §1º, da Constituição.Não havendo mais ingerência judicial na decisão de não acusar e sendo obrigatória, para todos os inquéritos, a ratificação pelo órgão superior do Ministério Público, o posicionamento da instituição em matéria penal será muito mais abrangente e uniforme.