Os dois interrogam Mori, o qual confessa que ele e Shingen conspiraram um sequestro e morte de Mariko, a fim de Shingen herdar a riqueza e o poder de seu pai. Depois do interrogatório, Logan joga Mori para fora da janela dentro de uma piscina alguns andares abaixo.
Logan e Mariko vão até a propriedade de Yashida, onde ambos notam a falta de guardas e pessoas na casa. Indo para a máquina de raio-x, onde Yashida anteriormente ficava, o próprio Logan utilizou o raio-x em si mesmo e encontrou um parasita robótico em seu coração, provavelmente inserido ali pela Dra. Green. Logan, apesar de seu fator de cura não ser o que costumava ser, se corta e enfia a mão no peito, planejando arrancar o parasita. No entanto, Shingen, completamente ferido, aparece, tentando atacar Logan, mas é forçado a lutar com Yukio.
Enquanto Logan arranca o parasita, ele morre rapidamente, mas suas habilidades regenerativas voltam e ele revive, conseguindo salvar Yukio de ser morta por Shingen. Logan e Shingen então entram em uma luta de espadas com a katana de Shingen e as garras de Logan, terminando com Logan matando Shingen.
Após a luta, Logan e Yukio deduzem que Mariko foi levada para a aldeia natal de Yashida. Indo para lá sozinho, Logan é abordado por Harada e seu exército de ninjas, os quais o capturam após o prenderem com várias flechas e cabos.
Logan é então levado para a torre com vista para a aldeia, onde ele é colocado em uma máquina e é introduzido para o Samurai de Prata, uma grande armadura com katanas de Adamantium energizadas, criadas para cortar as garras de Logan e drenar seu fator de cura completamente.
Mariko consegue se libertar de Harada e liberta Logan, o qual enfrenta o Samurai de Prata, enquanto Yukio enfrenta a Dra. Green. Harada é morto tentando ajudar a combater o Samurai e a Dra. Green é morta por Yukio. Logan e o Samurai se enfrentam até que Logan é deixado pendurado na beirada de um buraco na parede e o Samurai rompe suas garras. Enquanto o fator de cura de Logan é drenado, o Samurai revela ser Yashida, tendo falsificado a sua morte. Yashida revela que era a armadura que o manteve vivo durante todos esses anos e ele lentamente rejuvenesce ao seu auge enquanto Logan fica visivelmente mais velho a cada minuto. Mariko ouve as intenções de seu avô e o apunhala no pescoço com a garra cortada de Logan. Yashida fica atordoado e as garras de Logan crescem novamente de osso, as quais Logan usa para perfurar Yashida no peito e o jogar para fora do prédio.