A narrativa de Deep Black: Reloaded acontece em 2047, época em que o petróleo acabou e os governos entraram em colapso. Nesse cenário caótico, no qual nada é o que parece ser, o jogador assume o papel de Pierce, um soldado treinado pelas melhores e mais bem preparadas forças militares do mundo.
Com um poderoso arsenal, composto por 10 tipos de armas (incluindo pistolas, metralhadoras, escopetas e granadas), ele se infiltra em bases subaquáticas de grupos terroristas – formados após a crise petrolífera. Equipado com uma roupa especial para mergulhos, a maior parte do jogo acontece com o personagem embaixo da água.
Além desse poderio bélico, você precisará desempenhar algumas tarefas de espionagem – acessando salas secretas e destravando portões. Para ajudá-lo nesse serviço, a alta tecnologia do seu equipamento oferece um arpão capaz de transmitir dados. Assim, o seu soldado pode hackear os sistemas de defesa dos terroristas