Assistência Técnica e Extensão Pesqueira e Aquícola engloba serviços de orientação, articulação, acompanhamento, organização e discussão com as comunidades tradicionais e órgãos públicos, de forma a contribuir para o desenvolvimento sustentável da pesca e aquicultura; assim como incentivar formas de comercialização e beneficiamento do pescado, que resultam em alternativas de diversificação e agregação de valor aos produtos do pescado e estimular a geração de renda e emprego.
Entre as ações de ATEPA cita-se: articulação institucional, apoio técnico, orientação, planejamento, elaboração de projetos, acompanhamento e monitoramento na execução dos projetos, apoio na obtenção dos Serviços de Inspeção Municipal/Estadual, emissão de Declarações de Aptidão ao Pronaf (DAP), ministrar cursos de capacitação e apoiar no acesso às políticas públicas (Programa Nacional de Fortalecimento da Agricultura Familiar – PRONAF, Programa de Aquisição de Alimentos – PAA, Programa Nacional de Alimentação Escolar – PNAE e Programa de Subvenção Econômica ao Preço do Óleo Diesel para Embarcações Pesqueiras Nacionais).