Toda a informação resultante da intervenção técnica e educativa está sujeita aos limites constitucionais e legais, em especial os relativos à reserva da intimidade da vida privada e familiar e ao tratamento automatizado, conexão, transmissão, utilização e proteção de dados pessoais, sendo garantida a sua confidencialidade. Assim, todos os agentes educativos que intervenham junto das crianças no ensino especial estão obrigados a agir em sigilo e confidencialidade.
A educação especial pressupõe a referenciação das crianças e jovens que eventualmente dela necessitem, a qual deve ocorrer o mais precocemente possível, detectando os fatores de risco associados às limitações ou incapacidades.
A referenciação efectua-se por iniciativa dos pais ou encarregados de educação, dos serviços de intervenção precoce, dos docentes ou de outros técnicos ou serviços que intervêm com a criança ou jovem ou que tenham conhecimento da eventual existência de necessidades educativas especiais.
A referenciação é feita na escola da área da residência, mediante o preenchimento de um documento onde se explicitam as razões que levaram a referenciar a situação e se anexa toda a documentação considerada relevante para o processo de avaliação.
Após a referenciação da criança, o conselho executivo desencadeia ações de avaliação das caraterísticas da criança, verificando se se enquadra efetivamente num percurso de ensino especial.
Para os alunos com necessidades especiais são elaborados programas educativos com objetivos e medidas de avaliação específicos. O programa educativo individual contém a identificação do aluno, uma descrição do seu percurso escolar, a descrição dos indicadores de funcionalidade e a definição das medidas educativas a implementar.
Deve ainda conter o grau esperado de participação do aluno nas atividades escolares e a calendarização horária das mesmas.
Além do currículo anual específico, o ensino especial prevê a prestação de apoio pedagógico personalizado ao aluno com necessidades educativas especiais.
A escola deve proporcionar aos alunos com necessidades educativas especiais o acesso a outras atividades que possam potenciar o seu desenvolvimento, tais como: a terapia da fala, a terapia ocupacional, a avaliação e acompanhamento psicológicos, treino da visão e interpretação de Língua Gestual Portuguesa. Estas atividades não docentes devem ser desempenhadas por técnicos com formação profissional adequada.