Teodora morreu do que Vítor de Tununa chamou de "câncer", em 28 de junho de 548, aos 48 anos de idade.[12] Relatos posteriores frequentemente atribuem sua morte ao câncer de mama, embora a enfermidade não seja identificada assim no relato original, onde a palavra "câncer" provavelmente significava uma "úlcera supurada ou tumor maligno".[12]Conta-se que Justiniano chorou profusamente durante o funeral de Teodora.[9] A imperatriz foi sepultada na Igreja dos Santos Apóstolos, em Constantinopla.
Tanto Teodora quando Justiniano aparecem nos mosaicos que ainda decoram a Basílica de São Vital, em Ravena, Itália, e que foram completados um ano antes de sua morte. Por terem sobrevivido à destruição generalizada de obras de arte por conta do iconoclasma séculos depois, eles são muito valiosos.
A influência de Teodora sobre Justiniano era tão poderosa que, mesmo depois de sua morte, ele trabalhou incansavelmente para tentar reunir cristãos miafisitas e calcedônios e manteve sua promessa de proteger a pequena comunidade de refugiados miafisitas que viviam no Palácio de Hormisda.
Teodora providenciou muito do apoio político para o ministério de Jacó Baradeu e, aparentemente, era amiga pessoal dele também. Diehl atribuí a existência ainda hoje em dia do cristianismo jacobita igualmente a Baradeu e a Teodora.[9]
↑ James Allan Evans. «Teodora, esposa de Justiniano I» (em inglês). Roman Emperors. Consultado em 7 de julho de 2013
O Commons possui uma categoria contendo imagens e outros ficheiros sobre Teodora (esposa de Justiniano)