Por estar em uma situação em que há uma baixa imunidade, as infecções hospitalares estão comumente associadas a micro-organismos que geralmente não causariam doença no hospedeiro, mas entram facilmente em organismos com uma menor resistência.
A origem da infecção hospitalar é principalmente relacionada com a internação ou procedimentos hospitalares. Assim, faz-se necessário um ambiente limpo e com cuidados que evitem contaminação.
Um ponto muito importante a ser lembrado é a diferença entre infecção e inflamação, que são muitas vezes associadas erroneamente como sinônimos.