Na época das três culturas aparecem dois milagres de Nossa Senhora de Atocha nas Cantigas de Alfonso X, o Sábio. Porém o mais famoso é o de San Isidro. O Santo era muito devoto desta adoração da Virgem. Todos os dias a visitava antes de ir trabalhar e colocou-se sob a sua proteção para obter um bom casamento, o que depois se converteu em costume para muitos. Um dia, estando Isidro no campo, seu filho caiu no poço de sua casa, de onde não podia ser retirado. Ao voltar seu pai do trabalho e ver o acontecido suplicou o auxílio de Nossa Senhora. Então a água do poço subiu até a boca e levou à superfície o menino são e salvo. O pequeno devia saber nadar e ter um domínio assombroso de si mesmo para sobreviver na água do poço até que o pai rogasse ajuda.
O poço do milagre pode ser visto hoje em dia no Palácio dos Vargas, sede do Museu Municipal de San Isidro. Há versões que dizem que o menino salvo das águas (individualizado, renascido) não era seu filho, mas o filho da família Vargas, de quem San Isidro era servo.