A fauna de peixes foi inventariada em oito riachos com diferentes usos do entorno (áreas florestadas e rurais) na porção do baixo rio Iguaçu, em ordem para avaliar possíveis diferenças na composição e riqueza de espécies. Os peixes foram amostrados trimestralmente entre maio de 2015 e fevereiro de 2016, por meio da técnica de pesca elétrica. No total foram capturados 4239 indivíduos, pertencentes a seis ordens, 11 famílias e 26 espécies. As ordens Siluriformes e Characiformes foram as mais especiosas, assim como as famílias Characidae e Trichomycteridae. Do total de espécies amostradas, 65% foram endêmicas da bacia do rio Iguaçu, quatro foram não descritas e outras quatro foram não-nativas. Como esperado para a bacia do rio Iguaçu, a fauna inventariada revelou baixa riqueza e elevado endemismo, contudo, foi altamente aninhada dentro da composição de espécies relatada para o canal principal do rio Iguaçu e seus grandes tributários. As espécies aqui registradas corresponderam a um subconjunto de espécies de 24,5% das 106 documentadas para a bacia. Os riachos apresentaram faunas distintas, sendo que apenas duas espécies (Astyanax bifasciatus e Trichomycterus stawiarski) foram comuns a ambos os grupos de riachos florestados e rurais. Além disso, houve maior riqueza de espécies em riachos florestados. A presença de espécies não nativas foi maior em riachos rurais. Esses resultados ressaltam a importância da preservação de áreas florestadas nas bacias do baixo rio Iguaçu, as quais apresentam uma fauna de peixes peculiar, com várias ameaças para a biodiversidade tais como a perda de habitat por intensivo uso do solo pela agricultura.