Com a anistia, voltou ao Brasil no final de 1979. Nos anos seguintes, Gabeira dedicou-se a uma intensa produção literária, construindo as primeiras análises críticas da luta armada e impulsionando no Brasil temas como as liberdades individuais e a ecologia. Livros como O que é isso Companheiro, O crepúsculo do Macho, Entradas e Bandeiras, Hóspede da Utopia, Nós que Amávamos tanto a Revolução e Vida Alternativa apontaram novos horizontes no campo das mentalidades e colocaram na berlinda uma série de velhos conceitos da vida brasileira.
Em 1986, candidatou-se ao governo do estado pelo Partido Verde e inaugurou uma nova forma de militância política. Os tradicionais comícios e passeatas, sisudos e cinzentos, ganharam uma nova estética. Dois momentos culminantes foram a passeata Fala, Mulher, que coloriu a avenida Rio Branco de rosa e a cobriu de flores, e o Abraço à Lagoa, em que milhares de pessoas deram as mãos em torno da Lagoa Rodrigo de Freitas, produzindo um dos momentos de maior força simbólica e plástica da cena política brasileira.
Nos anos seguintes, Gabeira continuou jornalista, escritor e tornou-se um dos principais líderes do PV. Em 1987, cobriu em Goiânia o acidente radioativo com o césio 137 e escreveu seu décimo livro, Goiânia, Rua 57 – O nuclear na Terra do Sol. Sua atuação política e jornalística foi marcante em diversos outros fatos importantes da vida nacional, particularmente os ligados à questão ambiental, como a investigação do assassinato de Chico Mendes, a interdição da usina nuclear de Angra I por problemas de segurança e o encontro mundial dos povos indígenas em Altamira (PA). Em 1988, lançou o livro Greenpeace: Verde Guerrilha da Paz, uma reportagem-ensaio que apresentou ao Brasil a filosofia e os bastidores da maior organização ecologista do mundo.
Em 1989, foi candidato a presidente da república. Gabeira era, já então, a mais visível liderança de uma nova opinião pública, mais escolarizada, mais atenta a questões ambientais, culturais e éticas. No mesmo ano, como jornalista, assistiu a queda do muro de Berlim.
Em 1994, elegeu-se deputado federal pela primeira vez. (1998)(2002) Foi um dos mais influentes deputados do Congresso Nacional. Em 2006, foi o candidato mais votado no estado.
Em 2008, Gabeira foi candidato a Prefeito e liderou uma onda verde no Rio que, apenas por pouquíssimos votos, não o fez prefeito da cidade.
Tentando traduzir a importância de Fernando Gabeira na vida política nacional, a revista Veja escreveu que ele era “o guerrilheiro da lucidez, a materialização das utopias impossíveis”. É um grande elogio: não é fácil harmonizar lucidez e utopia.