No duodeno , é secretada em grande excesso -amilase pancreática que age sobre esses oligossacarídeos formando produtos como glicose, maltose, maltotriose e dextrinas. A hidrólise final de di e oligossacarídeos a monossacarídeos é realizada por enzimas da superfície do lúmen das células epiteliais do intestino delg ado, como maltase, lactase, sacarase, -1,6-glicosidase, formando no final produtos monossacarídicos (glicose, galactose e frutose).
Os nutrientes que chegam ao intestino delgado distal e ao intestino grosso, especialmente as fibras alimentares, prebióticos e amidos resistentes, são fermentados pela microbiota localizada dentro do lúmen do íleo e intestino grosso. A fermentação produz ácidos graxos de cadeia curta (AGCCs) e gás. AGCCs fornecem uma fonte de combustível preferível para as células do intestino, estimulam a renovação e funcionamento das células, aumentam a função imunológica e regulam a expressão de genes. Além disso, alguns carboidratos têm funções "prebióticas" que induzem o crescimento e as atividades de micróbios benéficos dentro da microbiota intestinal.