Os procedimentos para realizar o monitoramento em questão não são triviais e envolvem a coleta de amostras de esgoto, seu apropriado condicionamento e o emprego de técnicas de microbiologia molecular. Esses procedimentos visam a determinação da carga de vírus presente na amostra de esgoto a partir da concentração e extração de seu RNA (ácido ribonucleico) e, posterior, quantificação por meio de técnica de PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) quantitativo. Essas peculiaridades fazem com que apenas poucos laboratórios e centros de pesquisa no Brasil estejam aptos a realizar tais determinações. Neste momento, a prioridade de laboratórios comerciais no país tem sido a realização de ensaios em amostras clínicas para a confirmação da contaminação de humanos com o novo coronavírus.