Por volta de 1846, bem depois da colônia Villamil tinha sido abandonada, Berthold Seeman, um naturalista a bordo do HMS Pandora, informou que não havia tartarugas que podem ser encontrados em Floreana, mas havia 2.000 cabeças de gado.
Os cães selvagens percorriam a ilha, e que mais tarde foram relatados para atacar os visitantes. O Santa Fé e Rábida corridas de tartaruga também se tornou extinto no século XIX.
Baleeira interesse em Galápagos diminuiu na década de 1860, como os cachalotes se tornou susto e recentemente descoberto petróleo veio rapidamente para substituir o petróleo esperma. Apesar de navios continuaram a ocasionalmente parar ali para tomar focas e prestação, a grande era de piratas e baleeiros acabou.
Em junho de 1831, o HMS Beagle zarpou da Inglaterra sob o comando do Comandante Robert Fitz Roy em uma missão de quatro anos de levantamento (Fitz Roy foi promovido a capitão durante o cruzeiro). Fitz Roy decidiu levar alguém que vai “lucrar com a oportunidade de visitar diferentes países ainda pouco conhecidos.”
A pessoa que assumiu este cargo não remunerado foi de 22 anos de idade, Charles Darwin. Darwin tinha começado seus estudos como estudante de medicina, em seguida, tornou-se um estudante de teologia na Universidade de Cambridge. Nem campo tem o excitava, e seu pai, um médico, considerou-o uma espécie de desgraça.
Darwin tinha se interessado em geologia e passou algum tempo estudando geologia informalmente com o grande geólogo escocês Charles Lyell (geologia ainda não era um campo de estudos formal).