S. Francisco Xavier nasceu a 7 de Abril de 1506, no castelo de Javier, Navarra, Espanha. Ao contrário dos irmãos, que seguiram a carreira das armas, preferiu as letras eclesiásticas. Aos 16 anos recebeu a prima tonsura e, em 1525, rumou a Paris para frequentar a sua afamada universidade.
Aí relaciona-se com Inácio de Loyola, tendo feito com ele os “Exercícios Espirituais” e vindo a fazer parte do grupo de amigos do seu novo mentor, donde sairia a futura Companhia de Jesus, fundada oficialmente em 1540. Em 1537 é ordenado padre. Três anos depois chega à corte de D. João III que pedira ao Sumo Pontífice missionários para pregarem nas terras do seu reino espalhadas pelo mundo.
Em 1541 parte para Goa, onde se dedica abnegadamente à defesa e propagação da fé cristã. Nomeado Superior da Missão do Oriente, que ia do cabo da Boa Esperança à China, após converter os reis de Coulão e Travancor, parte, em 1545, para as Molucas, onde prossegue com afinco a sua missionação. Em 1549 ruma ao Japão, chegando a Cagoxima em Agosto. Nas terras nipónicas lança as bases de várias comunidades cristãs, que haveriam de perdurar por cem anos.
Regressado a Goa, tem como próximo objectivo a evangelização da China. Contudo, não chega a embarcar com a armada que o deveria deixar na ilha de Sanchoão, perto de Macau, e de onde o superior jesuíta esperava alcançar o litoral chinês. No entanto, empreende a expedição noutra nau, desembarcando em Sanchoão, em 1552.