O ERNESTINA passou os quatro anos seguintes a ser sujeito a uma reabilitação adicional que levou o navio e o seu capitão, Dan Moreland, a um prémio, em 1987, do National Trust para Preservação Histórica pelo “excelente compromisso com a excelência na preservação histórica”. Em 1990, o Ministro do Interior designou o ERNESTINA como um Marco Nacional Histórico e considerou-a como em “excelente” condição. Em 1997, o Congresso dos Estados Unidos estabeleceu o Parque Histórico Nacional Baleeiro de New Bedford e incluiu o ERNESTINA como parte do parque.
Quando o ERNESTINA recebeu a certificação da Guarda Costeira dos EUA em 1987, deslizou nas águas como um navio de treino de vela, museu vivo de história e embaixador de boa vontade. Entre 1988 e 1989, o ERNESTINA visitou os portos abaixo e acima na costa Leste e Nordeste na Nova Escócia e Terra Nova, regressando aos seus ex-portos (lares) enquanto educava uma nova geração de marinheiros. De 1990 a 2004, o ERNESTINA navegou regularmente da Primavera ao Outono realizando uma extensa gama de oportunidades educacionais, abrangendo desde programas enquanto atracado à doca, durante as visitas a portos até viagens diárias e prolongadas à vela de até duas semanas de duração.
Em 2005, a embarcação não obteve a certificação da Guarda Costeira dos Estados Unidos como pequena embarcação de passageiros e navio-escola, devido à deterioração de algumas partes. A impossibilidade de velejar prejudicou a sua capacidade da escuna de “ganhar a vida” através de subsídios, programas e taxas de eventos especiais, que pagavam, em média, aproximadamente metade de suas despesas operacionais anuais de US $800 mil. Como resultado da perda desses fundos, o pessoal do programa e a tripulação do ERNESTINA foram demitidos, resultando no adiamento da manutenção do navio e na eliminação de programas de ciência marítima e ambiental oferecidos anualmente a mais de 20.000 alunos, professores e outros. Em 2006, a Massachusetts Preservation nomeou o Massachusetts State Parks System para o seu “Programa dos 10 Recursos Históricos Mais Ameaçados”, citando a escuna ERNESTINA como o seu principal exemplo.
Em Maio de 2006, o Superintendente do Parque Histórico Nacional Baleeiro de New Bedford reuniu uma equipa interdisciplinar de especialistas marítimos durante uma Cimeira Marítima para desenvolver recomendações de preservação e operação para o ERNESTINA. Os participantes incluíram especialistas em preservação marítima, educadores e diretores executivos do Museu Mystic Seaport (Dana Hewson), Associação de Educação do Mar (John Bullard), Associação Americana de Treino de Vela (Peter Mello), Museu Marítimo de Lake Erie (Walter Rybka), National Park Service e o Departamento de Conservação e Recreação de Massachusetts. A reunião recomendou a realização de um levantamento das condições do navio. Pouco depois, a reabilitação da quilha, cavername e tábuas abaixo da linha da água, a um custo de US $390.000, foi concluída no início do Outono de 2006 no Estaleiro DN Kelley em Fairhaven, MA. Foi financiado pela Hildreth/Stewart Charitable Trust com fundos correspondentes do Gabinete Executivo de Assuntos Ambientais de Massachusetts “Fix it Friends” e do Gabinete de Viagens e Turismo de Massachusetts. O trabalho concluído no ERNESTINA foi revisto em Setembro de 2006, pelo Gabinete de Preservação Histórica do Estado e pela Comissão Histórica de Massachusetts. Foi determinado que o trabalho “não teve nenhum efeito adverso” sobre as características históricas significativas da Escuna Ernestina. Todo o trabalho foi concluído de acordo com o Padrão do Secretário do Interior para Projetos Históricos de Preservação de Embarcações. Enquanto o trabalho estava a ser realizado, o capitão Paul Haley, da firma Capt. G. W. Full Associates, uma empresa de agrimensura marítima muito respeitada pelo seu trabalho com navios históricos de madeira, conduziu a pesquisa recomendada pela Cimeira Marítima. Os resultados foram apresentados em 9 de Novembro de 2006. O relatório documentou a deterioração substancial do meio do navio e seções dianteiras do navio devido principalmente à podridão na parte dianteira, forecastle, porão, sala de máquinas, cabine de popa, convés e algumas outras partes. No inquérito, o Capitão Haley concluiu: “ERNESTINA chegou a um momento crítico … Sem ser prestada atenção à sua condição que tem continuado ao longo do tempo, continuará a deteriorar-se rapidamente”. A pesquisa identificou a má condição de uma variedade de importantes elementos estruturais na proa, popa, meia-nau e plataforma. Estes incluíram, mas não foram limitados a (começando com os mais significativos):
Convés – a maioria das vigas do convés, seções da amurada, vigas de convés (vigas horizontais que suportam o convés)
Um dos principais fatores que contribuiu para a deterioração do ERNESTINA foi o mau estado do seu convés, que durante vários anos permitiu a entrada de água doce no casco, que escorreu para o cavername e vigas do convés. A água doce, em contraste com a água salgada que ajuda a preservar a madeira, é prejudicial para um navio de madeira. Como resultado, o interior do ERNESTINA foi exposto a humidade constante, resultando em podridão progressiva e deterioração no interior do navio.