Nossa última e melhor esperança de vitória: Babylon 5! – Parte 5
A terceira temporada começa com a sensação de uma guerra presente. Delleen está mais próxima de Sheridan, Garibaldi está mais desconfiado que nunca, Sheridan além de comandar a estação, tem obrigações no comando do esquadrão "Rangers" que são pilotos treinados em Minbar por especialistas. Ivanova, segunda em comando, assume funções diplomáticas, enquanto Sheridan se prepara para um ataque às sombras.
G'Kar, não mais embaixador, é conhecido por "cidadão G'Kar" e está asilado na estação a pedido de seu governo para preparar a resistência, o quê é de conhecimento dos centauri que diversas vezes tentam retirá-lo da estação. Por não aprovar os métodos de Mollari, o comandante Sheridan e o chefe de segurança Garibaldi fazem vistas grossas para tráfico de armas através da estação, além de usar os laboratórios médicos para tratar os feridos.
Os próprios centauri não detiveram sua sede expansionista. Continuam invadindo limites, e territórios de Mundos não-aliados. Quando a informação vem à tona, a Terra, que poderia fazer a diferença faz um pacto de não agressão com o Império Centauri, certamente sugestionado pela presença de Morden nos gabinetes do Domo Terra.
Quando nosso mundo estava na Idade Média, houve a primeira Guerra das Sombras no espaço. As raças conhecidas como "os primeiros" fizeram frente aos sombrios seres aracnídeos e conseguiram derrotá-los com o auxílio de povo minbari, em especial do grande líder Valleen.
Mas a derrota apenas fez com que a espécie ficasse adormecida em Z'Ha'Dum, seu mundo original por mil anos. Motivados por uma agenda própria as sombras fizeram pactos com a Terra e o Império Centauri, mas seu poderio é tão impressionante que não se vê motivos para pactos. O que eles querem, eles tomam, o que não tomam destroem.
Enquanto a nova guerra das sombras acontecesse na Terra, o gabinete de Clark cria uma série de instituições de policiamento, entre elas a "Nightwatch" e o "Ministério da Paz". Ao aumentar a influência e o poder destas organizações, Clark mal sabe que planta a semente de seu fim. Neste momento surge espaço para um novo personagem na estação, Zack Allan, ligado à Segurança. Ele é que enfrentará o conflito de fornecer ou não informações para estas instituições e tentará provar ser merecedor de pertencer ao "clubinho" fechado dos personagens chaves.
Comandante Sheridan insatisfeito com as ações de Clark, que já lembram uma ditadura, rompe com a Terra e torna a estação independente.
Do rompimento, que é na metade da 3ª temporada até metade da 4ª temporada quando finaliza a Guerra das Sombras, não há maior influência do Presidente Clark na série. Sabe-se que ele está atacando a resistência em Marte, fato várias vezes mostrado na série, controlando o órgão de propaganda a rede de TV ISN, e dominando as colônias em Io e Próxima. As ações do presidente, neste período são apenas pano de fundo, ainda que se saiba que seu gabinete tem contato com Morden, o agente das sombras que cede favores à Mollari.
Assim que termina a Guerra, começa uma campanha maciça para derrubar Sheridan e seus companheiros na estação. Apesar de armados com armas de tecnologia de ponta, John tem um grave problema: não pode deixar transparecer que está tomando suas ações por influência de alienígenas ou por ganância pelo poder. Sua motivação é simples e pura como de todo herói da ficção: Clark abusou de seus poderes como presidente e está instaurando uma ditadura, então alguém deve fazer frente.