Uma batalha se desenvolveu sobre a cidade de Misaki. Como saldo, a Margery Daw não pode mais batalhar. Para piorar, a ambição do Rei de Guze ( alinhada aos anseios de Yuuji ) está prestes à provocar um grande conflito entre os Tomogaras e os Flame Hazes que, possivelmente, deverá decidir o futuro da Terra.
A Shana está impedida de usar seus poderes, estando aprisionada no Serei-den. Na Terra, centros da Outlaw ao redor do globo estão em estado de alerta máximo. Os humanos não fazem a mínima ideia do que está para acontecer. Novos Flame Hazes aparecem, mostrando que os anseios em lutar realmente diferenciam muito de um para o outro. O mesmo vale para os Tomogaras...
A grande nota à se fazer de Shakugan no Shana III Final está justamente neste início diferenciado que, certamente, deve ter aborrecido à quem esperava por batalhas frenéticas logo no início da série. Entretanto, são diálogos e apresentações mais do que necessárias e características do anime. Pode soar como sendo chato e entendiante ( tendo em vista, principalmente, outros animes desta temporada ), mas este blogueiro tem a visão de que o anime está no ritmo certo.