Alcochete localiza-se na margem esquerda do estuário do Tejo, o maior estuário da Europa ocidental. A reserva foi criada para a preservação da natureza, visto ser uma zona representativa do ecossistema estuarino. Espécies quase desaparecidas, como o xarroco e a corvina, povoam as águas estuarinas de Alcochete.