Em 1882 passa por uma grande crise, a sua noite escura, conforme diria São João da Cruz, sendo confortado pelo padre Barbéris, o qual constatou: “era precisamente uma dessas horas negras”. Inicia sua escalada ao sacerdócio e, surpreendentemente, Filipe vai adiante não porque dele sentia desejo, mas apenas porque Dom Bosco assim pediu. “Eu não tinha a mínima intenção de me tornar padre. Salesiano, isso sim; mas sacerdote, não.”
É ordenado no final de 1882 e celebra, em São Benigno, sua primeira missa na vigília do Natal. Pede a Dom Bosco, depois de ouvir padre Costamagna, missionário salesiano no Uruguai, para deixá-lo partir a América, mas desta vez é Dom Bosco que diz não.