Historicamente, o vírus parte da Amazônia e avança em direção ao Sul em movimento de ondas epidemiológicas. Para se ter uma ideia, há cerca de oito anos, o vírus saiu da região amazônica em direção ao estado paulista, mas sem gerar grande alarde.
Em abril de 2016, o estado registrou uma entrada do vírus no estado, por São José do Rio Preto. Em outubro de 2016, uma segunda entrada de febre amarela silvestre, desta vez por Ribeirão Preto. Nestas duas chegadas, o vírus avançou a uma velocidade de 0,9 km por dia.