Resumo: Objetivou-se realizar a prospecção de Lyssavirus e de Leishmania spp. em morcegos do Espírito Santo, Brasil, de 2015 a 2019. Os experimentos foram aprovados pela CEUA-UFES, protocolo 65/2017. No primeiro experimento, para prospecção do Lyssavirus, foram utilizados 26 morcegos das famílias Molossidae, Phyllostomidae e Vespertilionidae encontrados mortos na Reserva Biológica de Sooretama-ES de 2015 a 2018. Amostras do encéfalo foram enviadas ao Laboratório de Diagnóstico de Raiva do IDAF, onde realizou-se os testes de imunofluorescência direta e prova biológica com inoculação intracerebral em camundongos. Dois morcegos tiveram resultados impossíveis e 24 apresentaram resultados negativos, descartando a raiva como causa da morte destes animais. Embora o Lyssavirus não tenha sido detectado nos morcegos da Reserva Biológica de Sooretama, não se pode descartar a possibilidade da ocorrência na região. No segundo experimento, para a prospecção de Leishmania spp., foram utilizados 105 morcegos pertencentes às famílias Molossidae e Phyllostomidae, provenientes de 17 municípios, disponibilizados pelo Laboratório de Diagnóstico da Raiva do IDAF. Realizou-se avaliação de 95 lâminas citológicas do baço, extrações de DNA e PCR convencional de 99 amostras de medula óssea, 105 de pele e 95 de baço. Identificou-se a espécie de Leishmania por PCR-RFLP com a enzima Hae III. Observou-se resultados positivos para Leishmania spp., por meio da PCR, em cinco (4,76%) morcegos: uma amostra proveniente da pele de Eumops glaucinus de Vitória, duas amostras de medula óssea, uma de Artibeus lituratus de Vila Velha e uma de E. glaucinus de Vitória, e duas amostras de baço, uma de A. lituratus de Vitória e uma de Molossus rufus de Guarapari. Os amplicons positivos se referem a Leishmania braziliensis. Neste estudo, de acordo com a literatura consultada, foi detectado pela primeira vez Leishmania em morcegos no Espírito Santo