O papado do conservador alemão foi marcado por algumas crises, com várias denúncias deÂ abuso sexual de crianças e adolescentesÂ e acobertamento por parte do clero católico em vários países, que abalou a igreja, porÂ um discurso que desagradou muçulmanosÂ e também por um escândalo envolvendo o vazamento de documentos privados através de seu mordomo pessoal, o chamadoÂ “VatiLeaks”, que revelou os bastidores da luta interna pelo poder na Santa Sé.
Os escândalos de pedofilia o levaram, em várias ocasiões, a expressar um perdão público às vítimas desses crimes e a reconhecer,Â durante sua viagem a Portugal, em maio de 2010, que a maior perseguição que sofria a Igreja não vinha de seus “inimigos externos” e sim de seus “próprios pecados”. Na ocasião, ele prometeu que os culpados responderiam “ante Deus e a justiça ordinária” pelos crimes.
Como Papa, Bento XVI tomou medidas que confirmaram o seu perfil conservador,, como autorizar a missa em latim, em setembro de 200.