Sua origem está vinculada à história de São Vicente e à trajetória dos jesuítas nas suas andanças de catequese pelo litoral. Nesse local estabeleceu-se no século XVI uma missão jesuítica, que recebeu o nome de Aldeamento de São João Batista, ou São João da Aldeia, cujo objetivo era converter e pacificar os índios Carijós e Tamoios, que viviam ao sul da capitania de Itanhaém, e servir de pouso aos viajantes. Era uma região estratégica na defesa das investidas de corsários.
Peruíbe, em tupi-guarani, significa "no rio dos tubarões". Consta, porém, de alguns documentos que esse nome estaria associado ao modo de José de Anchieta se referir ao lugar, chamando-o de Tapirema do Peru por suas semelhanças com a região peruana, onde os jesuítas enfrentaram dificuldades no exercício da catequese.No final do século XVIII, com a expulsão dos padres jesuítas, a aldeia passou a ser administrada pelos franciscanos e o núcleo de Peruíbe entrou em declínio. Só retomou o desenvolvimento como cidade balneária em meados do século XX, quando foi transformada por lei em distrito e, em 18 de fevereiro de 1959, em município com território desmembrado de Itanhaém.
Hoje é conhecida como Terra de Eterna Juventude graças a conhecida Lama Negra de Peruíbe com riquíssimas propriedades medicinais que nos oferece saúde e beleza. Essa lama é uma argila marinha enriquecida há centena de anos com bactérias, microalgas e matéria orgânica de origem oceânica. Suas propriedades combatem os radicais livres responsáveis pela sensação de cansaço e estresse da pele.
Mas além de nos presentear com um produto mineral tão rico em propriedaddes medicinais, também reúne praias, rios e cachoeiras de beleza inigualável. Fazendo com que tenha um grande potencial turístico e assim proporcionando aos veranistas momentos de grande prazer com cultura, lazer e descanço.