O programa conta com a infra-estrutura do Instituto do Coração (InCor), do Serviço de Cirurgia Torácica do Hospital das Clínicas e dos Laboratórios de Investigação Médica em Cirurgia Torácica (LIM-61) e em Cirurgia Cardiovascular e Fisiopatlogia da Circulação (LIM- 11) da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Esta estrutura abrange laboratórios de experimentação animal, de pesquisa laboratorial (coagulação, lípides, dosagem de fármacos, etc.), de bioengenharia, de informática, biologia molecular, exercício, ergoespirometria, imunologia, hemodinâmica, eletrofisiologia, imagem (eco, radioisótopos, tomografia, RX, ressonância magnética), provas de função respiratória, biologia vascular e anatomia patológica com infra-estrutura comparável aos melhores laboratórios dos países desenvolvidos. Além disso, o Instituto do Coração conta com Equipes Especializadas em todos os sub-ramos da Cardiologia de Adultos, Cardiopatas Congênitas, Cirurgia Cardíaca e Pneumologia.