A visão de Kitase ganha proporções épica na nova versão do jogo. Final Fantasy VI conta com um dos mais ousados enredos de toda a série. Com diversos personagens dividindo a honra de protagonista, eles crescem e revelam a profundidade de suas personalidades em eventos que vão de simples situações cômicas até mesmo o fim do mundo.
Segundo a história do jogo, o Império está tentando ressuscitar a magia, extinta há 1000 anos depois da guerra dos Magi, em um mundo cada vez mais tecnológico. O imperador Gestahl encontra uma garota parte humana e parte Esper, capaz de utilizar poderes místicos. Ela consegue escapar do vilão e se une aos rebeldes Returners. Só que o general do Império, Kefka, acaba traindo Gestahl, destruindo o mundo no processo, ganhando poderes divinos e separando os heróis do jogo.
É impressionante o número de temas adultos encontrados nesse jogo. Cada personagens passa por claros processos de amadurecimento, e lidam com problemas como suicídio, moralidade, perda de pessoas amadas e até mesmo a gravidez de uma garota adolescente. Seria fácil escrever uma matéria do mesmo tamanho dessa reportagem toda apenas minuciando cada um dos personagens desse jogo.
O jogo marca também a pretensão da Square de produzir jogos cinematográficos, e é praticamente uma prévia para o próximo jogo que surgiria no PlayStation.