Ela foi contrária à operação de compra, pela Caixa, de metade do capital do Banco PanAmericano, em novembro de 2009, porém, foi obrigada a aceitar por determinação do então presidente Lula, pagando um preço alto.
Desde a possibilidade da sua saída, o atual governo vem insistindo para que Maria Fernanda se mantenha no cargo, porém ela segue irredutível, e diante de sua iminente saída, Dilma estuda uma operação mais profunda na cúpula da Caixa substituindo não só a presidenta, como vários outros vices atuais.
Outra insatisfação de Maria Fernanda seria a possibilidade de o PMDB indicar um vice-presidente, já que ela é filiada ao PT.
O presidente Obama, em sua passagem pela América Latina, apresentou comportamento visivelmente diferenciado, especialmente no Brasil e no Chile.