O direito penal canônico previa os delitos eclesiásticos, da competência dos tribunais eclesiásticos; os delitos meramente seculares, da competência dos tribunais leigos; e os delitos mistos, julgados pelo tribunal que primeiro deles conhecesse.
As penas visavam à justa retribuição, bem como ao arrependimento e à emenda do condenado (poena medicinalis). Poderiam ser elas espirituais (excomunhão, penitência) ou temporais.
O direito canônico aceitava a igualdade de todas as pessoas e dava especial importância ao aspecto subjetivo do crime (in maleficiis voluntas expectatur, non exitus: nos crimes deve-se dar relevo à vontade, não ao evento). Combateu as ordálias, introduzindo as penas privativas de liberdade, em substituição às patrimoniais, que possibilitavam o arrependimento e a emenda do condenado. A penitenciária foi idealizada pelo direito canônico, para que nela o réu expiasse a pena, emendando-se.
Os tribunais eclesiásticos não costumavam aplicar a pena capital. A Igreja defendeu sempre a mitigação da pena, até o advento da Inquisição, com o Concílio de Latrão, em 1215. Passou-se então a empregar a tortura, em larga escala. O processo inquisitório dispensava prévia acusação, pública ou privada, podendo as autoridades eclesiásticas proceder de ofício.
Para a Escola Clássica, o método que deve ser utilizado no Direito Penal é o dedutivo ou lógico-abstrato (já que se trata de uma ciência jurídica), e não experimental, próprio das ciências naturais.
A pena é tida como tutela jurídica, ou seja, como proteção aos bens jurídicos tutelados penalmente, em decorrência a sanção não pode ser arbitrária, é regulada pelo dano sofrido e, embora retributiva, tem também finalidade de defesa social.