Após lançar seu primeiro modelo específico para o motocross, a Honda CR 250M Elsinore que conquistou o titulo nacional em 1974 nos Estados Unidos, durante quase dez anos a marca não conseguiu oferecer motocicletas com desempenho necessário para bater seus oponentes, fazendo com que a sua rival, a Suzuki, conseguisse colecionar diversos títulos. Foi uma época que podemos considerar como uma dura estrada para a Honda, acostumada com muitas vitórias. Mas essa situação mudou no início dos anos 1980 quando a fábrica contratou a lenda do motocross mundial, o belga Roger DeCoster, que acabou desenvolvendo seu modelo de 125cc com motor 2Tempos e em 1984 a fábrica apresentou uma motocicleta competitiva, a altura da qualidade e desempenho da Honda.
O motor desta CR 125R foi revolucionário e apresentava um um novo sistama ATAC, uma câmara de amplificação automática de torque fixada no fundo do coletor de escape com uma pequena válvula borboleta que controlava o fluxo do escapamento. Outras fábricas tinham sistemas especiais, como o YPVS da Yamaha ou o KIPS da Kawasaki. Mas esta motocicleta tinha outros atributos, como o freio dianteiro a disco, sendo a primeira motocicleta de motocross a oferecer esse acessório (na traseira mantinha o tambor) e garfos dianteiro da marca Kayaba, diferentes dos modelos de 250cc e 500cc que utilizavam o sistema da Showa. Alguns chegaram a criticar esse sistema na 125, enquanto outros apostavam na sua eficiência.
Na sua estrutura, ela ficou famosa pela sua construção leve e ágil, talvez uma das melhores na época, lembrando que até hoje a Honda tem tradição nesses dois itens. A CR 125R dessa época apresentava um design que ficou marcada na história do esporte, com subframe removível, que contribui no manuseio do amortecedor traseiro, e com seus plásticos na cor vermelha (assim como chassi construído em tubo de aço molibidênio) com o banco na cor azul, avaliado na época como confortável e o tradicional gráfico com o logo vintage da marca, sem esquecer os famosos protetores das bengalas na cor preta (conhecidos na época como "sanfonas").
No motocross dos Estados Unidos, a Honda praticamente dominou a categoria do campeonato nacional com a CR 125R, conquistando os títulos de 1983 com Johnny O'Mara, 1985 com Ron Lechien e nos quatro anos seguintes, com Micky Diamond (1986 e 87), George Holland (1988) e Mike Kiedrowski (1989). E no Brasil o modelo foi um dos "objetos de desejo" dos praticantes de motocross, lembrando que aqui ela também fez hsitória nas mãos de grandes nomes do esporte, como Pedro "Moronguinho" Bernardo e Álvaro "Paraguaio" Cândido Filho entre outros.