A carreira de Saramago foi acompanhada de diversas polémicas. As suas opiniões pessoais sobre religião ou sobre a luta internacional contra o terrorismo são muito discutidas e algumas resultam mesmo em acusações de diversos quadrantes.[carece de fontes?]
Após a Revolução dos Cravos, no dia 25 de abril de 1974, José Saramago ingressa na direcção do Diário de Notícias como adjunto do director Luís de Barros. Desde logo tornou claro que pretendia utilizar o posto concedido como ferramenta política no intuito de tornar Portugal um estado socialista: “O DN vai ser o instrumento, nas mãos do povo português, para a construção do socialismo.”[carece de fontes?]
Com a nacionalização do jornal, após o 11 de Março de 1975, o jornal remodelou a sua direcção. Saramago manteve o seu cargo, mas para efeitos práticos, as suas funções assemelhavam-se mais ao cargo de director do que director-adjunto. Entre Abril e Novembro do mesmo ano, redigiu cerca de 95 textos na primeira página sob o título de “Apontamentos”, que acabavam por funcionar como editoriais do jornal. Nestes textos era possível denotar fortes críticas a Mário Soares, Freitas do Amaral, entre outros, e rasgados elogios a dirigentes conotados com o ideário comunista dos quais se destacam Vasco Gonçalves.[carece de fontes?]
Estes textos não eram assinados, e por uma só vez surge a assinatura de José Saramago junto com a de Luís de Barros, nas páginas do DN num texto intitulado "Uma Direcção Nova" e publicado a 11 de Abril: "O DN é importante de mais para que os seus trabalhadores aceitem vê-lo transformar-se em feudo de alguém. Esta Casa precisa de todos e será obra de todos". Contrariando estas palavras, 22 jornalistas serão despedidos a 27 de Agosto por delito de opinião. "Informação revolucionária não se faz com jornalistas contra-revolucionários. Por isso, os que o eram foram afastados", explicará o DN, a 4 de Setembro, em prosa não assinada.[carece de fontes?]
Entre os vários textos que escreveu, nunca escondeu que acreditava na instauração de regime socialista recorrendo à força das armas. São dele as afirmações: “Ou esta Revolução se suicida (...) ou se recupera pela única via que lhe deixam aqueles que a querem liquidar”, "a violência revolucionária é uma legítima defesa quando está em causa a vida e o futuro de um povo inteiro" e "O regresso aos quartéis, que alguns teimam em preconizar, nada resolveria as Forças Armadas, tendo sido MFA no seu sector progressista, não podem recuperar neutralidades utópicas: mais vale, portanto, que, mesmo em conflito, continuem no primeiro plano da acção política. Mas cuidado, o tempo não espera". Estas afirmações consistiam num apelo implícito ao golpe militar, que poderia mergulhar o país na guerra civil como preço a pagar para que continuasse a ser o povo a determinar os destinos do país. De facto, no dia seguinte à publicação destas afirmações, 25 de Novembro de 1975, sectores da esquerda radical levam a cabo uma tentativa de golpe de estado falhada, assinalando também o fim da influência de Saramago no DN.[20]
Um caso que tem tido alguma repercussão relacionou-se com a posição crítica do autor em relação à posição de Israel no conflito contra os palestinianos. Por exemplo, a 13 de Outubro de 2003, numa visita a São Paulo, em entrevista ao jornal O Globo, afirmou que os sionistas não merecem a simpatia pelo sofrimento por que passaram durante o Holocausto… Vivendo sob as trevas do Holocausto e esperando ser perdoados por tudo o que fazem em nome do que eles sofreram parece-me ser abusivo. Eles não aprenderam nada com o sofrimento dos seus pais e avós. A Anti-Defamation League (ADL) (Liga Anti-Difamação), um grupo judaico de defesa dos direitos civis, caracterizou estes comentários como sendo anti-semitas. Segundo as palavras de Abraham Foxman, director da ADL, "os comentários de José Saramago são incendiários, profundamente ofensivos e mostram uma ignorância destes assuntos, o que sugere um preconceito contra os judeus".[carece de fontes?]
Em defesa de Saramago, diversos autores afirmam que ele não se insurgiu contra os judeus, mas contra a política de Israel, como, por exemplo, num artigo publicado a 3 de Maio de 2002 no jornal Público, onde, comparando o actual conflito com a cena bíblica de Davi e Golias, o autor diz que Davi, representando Israel, "se tornou num novo Golias" e que aquele "lírico Davi que cantava loas a Betsabé, encarnado agora na figura gargantuesca de um criminoso de guerra chamado Ariel Sharon, lança a "poética" mensagem de que primeiro é necessário esmagar os palestinianos para depois negociar com o que deles restar".[carece de fontes?]
Em entrevista ao jornal Diário de Notícias em 15 de Julho de 2007, Saramago afirmou que a integração entre Espanha e Portugal é uma forte probabilidade e que os portugueses só teriam a ganhar se Portugal fosse integrado na Espanha, país no qual se auto-exilou (na ilha de Lanzarote) e que viu como seu a atribuição do Nobel da Literatura.[carece de fontes?]
Em Setembro de 1997, a agência publicitária sueca, Jerry Bergström AB, de Estocolmo, contratada pelo ICEP (órgão estatal português para a promoção do comércio e turismo nacional), organizou uma visita de José Saramago a Estocolmo, incluindo um seminário na Hedengrens, a principal cadeia de livrarias sueca, um discurso na Universidade de Estocolmo e várias entrevistas a jornais, revistas e rádios suecas. Nesses mesmos dias, a televisão estatal sueca produziu um programa especial dedicado ao escritor.[carece de fontes?]
Em outubro do mesmo ano, a Feira Internacional do Livro de Frankfurt tem neste ano Portugal como país em destaque, estando José Saramago neste local, em 8 de outubro de 1998, quando recebe a informação de ter ganho o prémio, que, em 7 de dezembro de 1998, Saramago recebe em Estocolmo.[carece de fontes?]
Segundo o Diário de Notícias, o director da empresa sueca Jerry Bergström AB afirmou: "Portugal nunca tinha tido um Prémio Nobel da literatura e uma parte da nossa missão consistia em mudar essa situação".[carece de fontes?]