VigiVac COVID-BR | Metodologia
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Metodologia do VigiVac
Para as análises utilizamos três bancos de dados diferentes disponíveis na plataforma do DataSUS: O primeiro banco é referente à Campanha Nacional de Vacinação contra Covid-19; O segundo banco utilizado reúne as Notificações de Síndromes Gripais (SG) e o terceiro as Notificações de Síndrome Respiratória Aguda Grave (SRAG).
Estes bancos de dados e seus dicionários estão disponíveis na plataforma do DataSUS. Para este projeto, estes bancos são disponibilizados pelo DataSUS à Fiocruz com as mesmas variáveis da base pública, com a inclusão de uma chave criptografada que indica quando mais de uma notificação é referente à mesma pessoa. Atendendo à Lei Geral de Proteção de Dados (LGPD), essa chave criptografada impossibilita o acesso e manipulação a informações pessoais de identificação dos indivíduos como: nome completo, nome da mãe ou pai, número de documentos como Cartão SUS, CPF, ou identidade, endereço, telefone. Para que haja o acesso aos dados para a pesquisa é colhida a anuência do Diretor do DataSUS, gestor das bases de dados de disseminação do Ministério da Saúde, conforme o regimento interno do Ministério da Saúde (Decreto nº 9.795, de 17 de maio de 2019).
O trabalho da nossa equipe de pesquisa consiste na análise dos dados anonimizados dos bancos de dados do Ministério da Saúde. Riscos relativos à manipulação dos dados, como exposição ou uso inadequado de dados sensíveis existem em todas as pesquisas envolvendo seres humanos. Eles são minimizados nesta pesquisa uma vez que os participantes são anônimos. Adicionalmente, o tratamento dos dados acontece em ambiente computacional seguro da Fiocruz, monitorado por política de proteção e tratamento de dados da pesquisa. Quanto à divulgação dos resultados, cuidados adicionais de segmentação da informação são tomados para aumentar a proteção, como o uso de agregação de dados por faixas temporais e regiões espaciais. Dessa forma, os dados agregados impossibilitam a identificação dos cidadãos participantes.
A vigilância digital da vacinação para Covid-19 traz metodologias de análise de banco de dados linkados do Ministério da Saúde essenciais para entender o cenário de proteção vacinal atual.
Pré-processamento e Linkage dos bancos de dados
O Diagrama abaixo mostra a estratégia de ligação de registros para produzir um Dataset para análise, possibilitando a análise da efetividade vacinal por indivíduo.O pré-processamento e linkage dos dados foi realizado no Datacenter da Fiocruz no Rio de Janeiro, em ambiente seguro monitorado e acessível apenas sob Rede Virtual Privada (VPN), utilizando ambiente Jupyter Labs e Apache Spark. A linguagem utilizada foi Python com as bibliotecas PANDAS e PySpark.
Efetividade de Vacinas
A investigação da efetividade das vacinas apresenta uma metodologia específica para cada análise que pode ser encontrada nos artigos científicos publicados pelo nosso grupo. Brevemente, selecionamos os registros que atendem aos critérios mínimos de qualidade da informação. A ocorrência de infecção sintomática foi considerada quando um exame de antígeno ou RT-PCR positivo estivesse documentada ou no SIVEP-Gripe ou no e-SUS Notifica para uma pessoa que relatou sintomas na notificação. A ocorrência de internação hospitalar foi considerada quando havia data de internação registrada no SIVEP-Gripe. O óbito foi considerado quando registrado no SIVEP-Gripe ou no e-SUS Notifica, independentemente do participante ter sido internado ou não (e.g. notificação post-mortem). A etapa de análise foi realizada no Datacenter da Fiocruz e em nuvem, uma plataforma de computação de alto desempenho (HPC) contratada na nuvem Microsoft Azure. O mesmo ambiente de Data Science foi gerado nos dois servidores, utilizando a estratégia de conteinerização, garantindo a compatibilidade dos scripts executados independentemente da infraestrutura em uso. O cálculo da efetividade vacinal é realizado utilizando regressão binomial negativa e os códigos de análise podem ser encontrados no nosso site.
Atraso na vacinação da segunda dose e dose de reforço
Para análise no atraso da segunda dose foram considerados elegíveis os indivíduos que tomaram a 1ª dose e que ainda não tomaram a segunda dose da vacina para Covid-19. Para o atraso na dose de reforço foram considerados elegíveis os indivíduos que tomaram a primeira e segunda doses e não tomaram a dose de reforço de uma das vacinas para Covid-19. Foi calculada uma data limite na qual os indivíduos deveriam ter comparecido para tomar a 2ª dose ou dose de reforço. Consideramos a data limite como apresentado abaixo no fluxograma:
Data limite para considerar atraso na segunda dose
Até 7 de outubro, para AstraZeneca e Pfizer, foram considerados 84 dias de intervalo e, para CoronaVac, 28 dias. Com a atualização do Plano Nacional de Operacionalização da Vacinação contra a Covid-19 (PNO) pelo Ministério da Saúde, que o ocorreu no dia 7 de outubro de 2021, o intervalo entre a 1a e 2a dose da AstraZeneca e Pfizer passou a ser de 56 dias (2 meses). Assim, os atrasos a partir desta data foram calculados considerando este novo intervalo de data. Os indivíduos que tomaram a vacina da Janssen, estão aptos para receber a dose de reforço (segunda dose) do imunizante, a partir do dia 23 de novembro de 2021, conforme divulgado em nota técnica pelo Ministério da Saúde. Dessa forma, para esse imunizante foi considerado o intervalo de 56 dias (2 meses). Consideramos os indivíduos na situação de atraso vacinal caso a data limite fosse menor ou igual que a data de atualização do banco.
Data limite para considerar atraso na dose de reforço
A data limite foi definida como a data da 2a dose mais o intervalo de quatro meses conforme definido pelo Ministério da saúde mais um mês de tolerância (cinco meses).
Foi considerado o município de residência informado quando o indivíduo tomou a primeira dose;
Foram removidos da análise indivíduos cujos registros de UF e/ou municípios estavam ausentes;
Consideramos os indivíduos cujo atraso ocorre em um período de até 400 dias para 2a dose e 250 dias para a dose de reforço;
Consideramos os indivíduos cuja data de 1ª dose ou 2a dose ocorreu no ano de 2021 e 2022;
Foram removidos da análise os registros "pendentes identificação";
Foram removidos da análise os indivíduos com mais de 1 registro de primeira dose;
Foram excluídos da análise os registros com status igual à "entered-in-error" e com a variável "dt deleted" preenchida.
Projeto VigiVac é uma iniciativa de vigilância digital que busca avaliar a efetividade das vacinas contra Covid-19 no Brasil