Na rede pública estadual, o Seconci-SP é responsável pela gestão do Hospital Geral de Itapecerica da Serra (HGIS), do Hospital Estadual Vila Alpina (HEVA), do Hospital Regional de Cotia (HRC), do Hospital Estadual de Sapopemba (Hesap), do Hospital Local de Sapopemba e do Conjunto Hospitalar de Sorocaba (CHS). O Seconci-SP também faz a gestão de cinco Ambulatórios Médicos de Especialidades (AMEs): "Dr. Luiz Roberto Barradas Barata", Dr. Geraldo Bourroul, Caraguatatuba, Lorena e São Vicente, além do Serviço Estadual de Diagnóstico por Imagem (Sedi) II e do Centro Estadual de Armazenamento e Distribuição de Insumos de Saúde (Ceadis).
Em 2006, o Seconci-SP se qualificou como OSS pelo Município de São Paulo. Sob a denominação de Superintendência de Atenção à Saúde (SAS), desde abril de 2008 o Seconci-SP é responsável pela administração da Unidade de Assistência Médica Ambulatorial (AMA) Dr. Ignácio Proença de Gouvêa e dos Territórios Penha e Ermelino Matarazzo, que abrangem mais de 60 equipamentos de saúde.