Há duas maneiras de se obter tecido pulmonar para estudo anatomopatológico; ambas são descritas a seguir.
É a mais indicada inicialmente. A maior vantagem da biópsia transbrônquica é o menor risco para o doente. A maior desvantagem é a incapacidade de fornecer um diagnóstico definitivo na maioria das vezes. As situações onde ela pode ser mais útil são: sarcoidose, pneumonite de hipersensibilidade, pneumonia eosinofílica, proteinose alveolar, infecções.
Pode ser feita por videotoracoscopia (mais indicada) ou por toracotomia. Em geral, é feita após uma transbrônquica ser inespecífica. Obviamente, acarreta risco ao doente (inerente a anestesia, fístula pleural, infecção, sangramento, óbito).