Logo após a morte de Pedro Nunes, a sua biblioteca pessoal e todos os seus papéis foram desbaratados pela família. Joaquim de Carvalho, depois de relatar as penosas circunstâncias em que se deu esta perda irreparável, comentou: "no entanto, se é lamentável o desinteresse que levou à dispersão e à perda do espólio, a verdade é que o fundo da livraria com que Pedro Nunes trabalhou pode ser reconstituído com alguma particularidade". E o erudito especialista de assuntos nonianos continuou: "Homem do seu tempo, em cuja mente, como na dos mais representativos sábios da Renascença, confluíram a retrospecção erudita e a indagação original, Pedro Nunes comprazia-se em salientar as raízes antigas de concepções modernas, em abonar com a autoridade de gregos a sua própria opinião e em pôr a nu o erro de contemporâneos relativamente às suas próprias explicações. Referiu, por isso, numerosas citações, mediante as quais é possível a reconstituição dos livros com que trabalhou, cujo catálogo dará a conhecer algumas facetas do seu espírito, alguns dos manuscritos e edições raras que utilizou, e, sobretudo, a notável actualização dos seus conhecimentos."
Quanto às fontes usadas por Pedro Nunes, elas incluem simultaneamente os textos mais consagrados e as últimas novidades dos prelos europeus. As duas obras mais usadas e citadas por Nunes são os Elementos de Euclides e o Almagesto de Ptolomeu. Não há nada de particularmente assinalável neste facto pois estes dois famosos textos eram absolutamente centrais em qualquer estudo de matemática e de astronomia teórica. Na ordem de importância vêm logo depois os trabalhos de Regiomontano e Purbáquio/Regiomontano o que, em si, não é também digno de nota especial, pois nas primeiras décadas do século xvi algumas obras associadas a esses autores, como o Epitoma Almagesti ou o De triangulis omnimodis, eram indispensáveis nos estudos de astronomia teórica. Mas a frequente menção aos trabalhos de Werner, Schöner, Stoffler, etc., que, em certo sentido, são os continuadores do renovamento dos estudos matemáticos e astronómicos operados por Regiomontano, denuncia já os traços de uma adesão a uma particular tradição astronómica, em detrimento de outras. Esta inscrição na tradição da astronomia teórica quatrocentista e quinhentista dos países germânicos tem como contraponto, no caso da álgebra, uma dependência quase exclusiva relativamente à tradição italiana, ignorando os trabalhos de importantes algebristas de outras proveniências europeias, como por exemplo Michael Stifel ou Cristoph Rudolph.
Foi também já apontando que Pedro Nunes teve acesso a um conjunto muito rico de fontes bibliográficas, com a particularidade de incluir alguns importantes manuscritos científicos. De facto, o cosmógrafo português nunca hesitou em deixar expresso em vários passos das suas obras o seu descontentamento face a muitos aspectos - a pouca ciência dos pilotos; a má qualidade dos globos; os erros de outros autores; a dificuldade em encontrar bons desenhadores, etc. - mas, curiosamente, nunca se queixou de falta de livros ou de dificuldade em adquiri-los. Pelo contrário, em pelo menos um trecho manifestou inclusivamente alguma irritação pela quantidade de livros inúteis ou supérfluos: "Qualquer pessoa de honesto engenho que tever alg˜us principios [...] e muitas outras cousas que por geometria se alcançam: sem aver necessidade de tanta multidam de liuros que hora ha."