via gene: Junho 2006
Neste site o prof. Luis Fernando Marques-Santos, do Depto de Biologia Celular da Universidade Federal da Paraíba disponibiliza ilustrações animadas de processos moleculares e celulares. Há uma quantidade enorme de visualizações possíveis (replicação e transcrição de DNA, tradução de RNA, Ciclo de Krebs, transporte de elétron na mitocôndria - beeeem legalzinho - e inúmeros outros). Vale a pena conferir (se bem que a página ficou um pouco "pesada" no meu computador...).
Postado por via gene às 29.6.06 4 comentários:
especial células-tronco na Nature
São vários pequenos artigos sobre o estado-da-arte dos estudos com células-tronco, esses artigos estão no formato acesso-livre (!) e tratam de diversos temas conforme consta no editorial: um glossário sobre biologia de células-tronco, reprogramação e totipotência, orientação da divisão celular durante o desenvolvimento e o câncer, o estabelecimento de "nichos" pelas células-tronco, a questão da imortalidade celular, a variabilidade e complexidade dos neurônios (todos artigos de revisão), além de artigos de estudos em andamento: o uso de células-tronco no tratamento de distúrbios neurológicos, em terapias de doenças cardíacas e doenças do sangue. Enfim, uma compilação muito informativa para quem busca uma atualização e uma maior compreensão do mundo das células-tronco. Este "encarte" especial foi patrocinado pela Invitrogen.
Postado por via gene às 29.6.06 Nenhum comentário:
softwares e patentes em Bioinformática - parte 2
Agora foi a vez de Jonathan D. Wren, da Universidade de Oklahoma, publicar um editorial sobre a questão das patentes de softwares com o artigo "Theory and reality for software patents: good in concept, not so good in practice" (Bioinformatics (2006) 22 (13): 1543-1545). O que ele faz é tentar responder à pergunta: "Are software patents bad for developers and researchers? " apresentando a patente como instrumento de proteção de propriedade intelectual que garante a valorização, o reconhecimento e a compensação (financeira) do autor/inventor de determinada inovação, sem a qual corre-se o risco de comprometer a motivação de desenvolvedores e pesquisadores.
Para quem tiver acesso à revista, a íntegra do artigo da Bioinformatics pode ser consultada no seguinte registro: doi:10.1093/bioinformatics/btl168
(no momento estou com a conexão caseira - a UNICAMP suspendeu o expediente de hoje devido ao jogo do Brasil vs Gana - sem acesso ao arquivo.pdf do editorial). Mas vale a pequena nota e o estímulo para que possa haver mais discussão sobre este debate, sempre atual.
PS - votos de um bom jogo para todos!
Postado por via gene às 27.6.06 Nenhum comentário:
Daniel Ferrante (blog) diria que estas "estatísticas não são significativas (e eu concordaria com ele...) pois os "log files" estão muito mascarados nesta forma mais simplificada de contabilizar "hits" (ou visitas) disponibilizada pelo MAPSTATS. Mas não resisti a "publicar" (vou começar a chamar esses "posts" do via gene de "publicações", quem sabe assim aumento meu "impact factor" ou meu "índice Hosame"?) o recorde de visitas (+ de 50) de ontem (notar apenas a linha vermelha, a azul é meio "artificial", pois pode indicar vários acessos de um mesmo computador/pessoa). As quartas-feiras - e dias "vizinhos" - normalmente têm os índices mais animadores. E o Google continua sendo a ferramenta que mais re-direciona internautas curiosos para o site do via gene, assim como o blog do jornalista científico Marcelo Leite - que aliás anda meio "parado" ultimamente... será que ele está de férias?
Postado por via gene às 22.6.06 10 comentários:
open-access em crise
Recentemente comentei sobre o impacto de artigos publicados no formato de 'open-access' (algo como acesso livre), inspirada em uma análise publicada na revista PLoS Biology. A edição de hoje da Nature (441:914) publicou uma notícia sobre o balanço financeiro da PLoS, que enfrenta uma crise. Abaixo está um trecho que comenta a figura ao lado:
"The figure show that PLoS lost almost $1 million last year. Moreover, its total income from fees and advertising currently covers just 35% of its total costs. And although this income is increasing — from $0.75 million in 2003–04 to $0.9 million in 2004–05 — it lags far behind spending, which has soared from $1.5 million to around $5.5 million over the past three years."
Em periódicos científicos onde o acesso às publicações é restrito aos assinantes (pessoas físicas ou instituições), como a Nature, os custos de publicação, edição e revisão são parcialmente cobertos pela assinatura (= leitores). Publicações de acesso aberto aderiram ao sistema conhecido como 'author pays' open-access model: os custos são cobrados dos autores do artigo e o usuário final (= leitor) é isento de cobrança. Mas segundo o comentário da Nature, este modelo está seriamente comprometido, uma vez que cobre menos do que 35% dos custos e fica-se com a expectativa (ou dependência) do apoio financeiro por parte de fundações filantrópicas para reverter este quadro. Outra consequência é o aumento do valor cobrado dos autores para ter seu artigo publicado numa revista científica com índice de impacto de ~14.7 (PLoS Biology), passando de US$1.500/artigo para US$2.500/artigo (uau!). E o autor favorável à divulgação irrestrita de conhecimento científico trava um conflito com o bolso (= recursos para pesquisa) e corre o risco de continuar publicando em revistas de acesso restrito (onde normalmente não há custo adicional para os autores). Fica-se na torcida para que publicações de acesso aberto encontrem sua sutentabilidade financeira e sejam mais um recurso em prol da divulgação de ciência!
rapidinho: outro artigo da Nature de hoje comenta no potencial de diferenciação de células pós-natal e sua possível aplicação em tratamentos de células capilares (!), cuidar da careca dá publicação na Nature (e imagino a fortuna que deve ganhar quem desenvolver a "cura" deste fenômeno). Mas esta foi só uma notinha de natureza lúdica (apesar do estudo ser sério: "Mammalian cochlear supporting cells can divide and trans-differentiate into hair cells" Nature 441: 984-987).
rapidinho 2: o tal Graduate Journal da Nature às vezes traz alguma nota interessante, desta vez foi sobre a redação de manuscritos científicos e os conflitos que o autor enfreta ao apresentar e interpretar seu estudo (Write and wrong, por Katja Bargum). Aqui vai um pequeno trecho desta nota:
"Then there is the eternal temptation to promise more than your results deliver. My paper is on kin selection and insects. Do I suggest that it will change the way we study ants, the way we see social insects, or the roots of social interaction? The insanely inflated claims of some papers make me side with a friend of mine, who once suggested that articles should include only methods and results, leaving interpretation to the reader."
Postado por via gene às 21.6.06 2 comentários:
ao primeiro orientado...
20 de junho de 2006: nesta data foi a defesa da dissertação de mestrado de Marcos Túlio de Oliveira, trabalho desenvolvido sob minha co-orientação em conjunto com a Profa. Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, que apresentou parte dos resultados obtidos pelo projeto PROFIX/CNPq (iniciativa do CNPq que estimulou a fixação de recém-doutores no Brasil, 2002-2006, ver adendo). O Túlio iniciou suas atividades de pesquisa como aluno de iniciação científica do laboratório de genética animal do CBMEG/UNICAMP e recebeu ontem o título de MESTRE, defendendo a dissertação " Estrutura e evolução do genoma mitocondrial na família Muscidae (Diptera: Calyptratae)", trabalho que inclui 4 artigos científicos (dois artigos publicados (1 e 2) , um em revisão e outro que será submetido para publicação este mês). Em breve, seu esforço, criatividade e energia entusiasmada farão parte do programa de doutorado da Universidade de Michigan, sob orientação da Dra. Laurie Kaguni. Boa sorte nesta nova etapa da sua carreira e muito sucesso na sua busca por realização profissional e pessoal! Fica aqui esta pequena nota de estímulo e reconhecimento.
referências e adendo:
1 - Marcos Túlio de Oliveira; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2005). "Evolutionary and structural analysis of the cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene from Haematobia irritans, Stomoxys calcitrans and Musca domestica (Diptera: Muscidae) mitochondrial DNA." DNA Sequence, 16 (2): 156-169.
2 - Marcos Túlio de Oliveira; Da Rosa, AC; Azeredo-Espin, AML; Lessinger, AC (2006). "Improving Access to the Control Region and tRNA Gene Clusters of Dipteran Mitochondrial DNA". Journal of Medical Entomology, 43 (3): 636 - 639. FREE PDF
adendo: a) um texto muito interessante publicado no Jornal da Ciência por Sérvio Pontes Ribeiro sobre a questão dos recém-doutores no Brasil e uma correspondência de mesmo teor publicada na Nature em 2001 (Sérvio P. Ribeiro; Mendonça-Júnior, MS; Barbosa, EM; de Souza Neto, JA (2001). "Brazil has the talent: just let us get on with the job". Nature 413: 16-16); b) uma iniciativa coordenada pelo Dr. Marcelo Einicker Lamas para divulgação de resultados do programa Profix/CNPq no encontro da FeSBE - 2004. c) extraído de um site do CNPq:
Objetivo: Incentivar a permanência no País ou o retorno ao Brasil de pesquisadores doutores, sem vínculo empregatício com entidades nacionais, mediante mecanismos que viabilizem sua inserção temporária em instituições de ensino e pesquisa, institutos de pesquisa científica e tecnológica federais e estaduais, [...]. Publicado em: 07/02/02 (Edital PROFIX/CNPq nº 02/2001)
algumas notas da Nature
tentarei ser breve... mas encontrei pequenas notas no último volume da revista Nature (volume 441) que vale a pena comentar ou deixar, ao menos, um "link" para divulgá-las via viagene (desculpem-me pelo via via) .
Nota 1: o mercado da publicação científica
"Many researchers will turn up their noses at this practice. Scientists, after all, are supposed to be motivated by curiosity, by a devotion to finding the truth, by a desire to solve various philosophical or social problems — not by money."
Este pequeno trecho foi extraído do editorial do volume 441 da Nature e comenta sobre esta prática ou estratégia que tem sido empregada por países asiáticos visando promover a produção de conhecimento científico através de "prêmios" para autores que publicarem artigos em revistas com alto índice de impacto. O editorial se refere à nota "Cash for papers: putting a premium on publication" que comenta sobre os resultados indesejáveis associados a este "incentivo". Enfim, será que isso dá certo?
Nota 2: Nature em ritmo de Copa do Mundo
ver no arXiv o artigo comentando na notícia "Goal fever at the World Cup" onde demonstra-se por A+B o "efeito psicológico" do primeiro gol, tido como um clássico clichê futebolístico, onde o primeiro gol desencadeia um estado de confiança que normalmente leva o time à vitória. O Osame vai gostar das análises estatísticas, além do tema ser futebol e um pouco de comportamento humano. O resultado Austrália (3) x Japão (1), de virada, desmente um pouco esta constatação, mas os autores alegam que o efeito é menos significativo em jogos da Copa do Mundo, e mais evidente em campeonatos de ligas nacionais. Não deixa de ser curioso. E até a Nature se rende a "comentar" sobre futebol neste clima de COPA 2006, quem diria...
Nota 3: "Referee factor": reconhecimento ao revisor anônimo
esta é outra sugestão interessante (que aliás, está há tempos comentada em algum lugar do meu currículo Lattes, se soubesse que podia ter submetido a sugestão à Nature....) . A proposta é incluir o reconhecimento desta atividade quando da avaliação do pesquisador/revisor, onde o mérito também está vinculado à qualidade da revista (fator de impacto) que solicita o parecer. Uma vez que revisar - seriamente - manuscritos submetidos para publicação pode ser uma tarefa dispendiosa e, implica no reconhecimento do mérito do revisor escolhido, fica aí mais esta sugestão para compor os currículos dos cientistas.
Nota 4: híbrido ou nova espécie? Uma síntese é possível?
Sob o título: "Speciation by hybridization in Heliconius butterflies" (doi:10.1038/nature04738) este estudo apresenta como uma espécie nova de borboleta surge a partir da hibridação de duas espécies distintas. Além do tema fascinante, as ilustrações são um convite à parte.
Postado por via gene às 14.6.06 3 comentários:
É hoje!! Viva o Brasil e boa sorte para a seleção! Vou colocar a camiseta da seleção que ganhei da Invitrogen (e esquecer - temporariamente - os 4 "kits" de clonagem que comprometeram quase 3 meses de trabalho... até eu decidir usar o "kit" da Amersham - obrigada André Vettore (do Instituto Ludwig) pela dica). Enfim, esta é uma mensagem pró-Brasil na COPA 2006! Bom jogo a todos!
Postado por via gene às 13.6.06 9 comentários:
softwares e patentes em Bioinformática
Na Bioinformatics de hoje (Bioinformatics = revista científica top 1 da área Bioinformatics 2006 22(12):1415; doi:10.1093/bioinformatics/btl166) , saiu um pré-editorial comentado a questão de patentes vs softwares livre. Segundo os editores serão apresentados 2 editoriais (o primeiro neste volume e o segundo no próximo) com diferentes opiniões sobre esta questão, abrangendo tópicos como acesso a softwares, patentes e propriedade intelectual. O editorial deste volume é assinado por Steven L. Salzberd e John Quackenbush ("It is time to end the patenting of software"; Bioinformatics 2006 22: 1416-1417; doi:10.1093/bioinformatics/btl167 ). O próximo será de Jonathan D. Wren, apresentando uma perspectiva diferente. A revista está aberta a contribuições dos leitores nesta discussão, cujos resultados serão incorporados para orientar futuros desenvolvimentos no escopo de publicações da Bioinformatics.
Vale a pena conferir, esta discussão promete!
Postado por via gene às 9.6.06 2 comentários:
debate sobre "peer-review" na Nature
Rapidíssima: mais um fórum para discutir a questão da revisão de manuscritos submetidos para publicação (manuscrito = versão preliminar do artigo científico que é avaliada no processo de "peer-review"). É um debate interessante e uma questão que precisa evoluir com urgência e incorporar as invovações em formato que a cada dia apresentam idéias mais criativas e democráticas para promover a divulgação do (bom) conhecimento científico. Claro que a questão passa pela forma como os pesquisadores/cientistas são avaliados, uma vez que a publicação "válida" para a promoção (e reconhecimento institucional) da carreira do cientista é aquela vínculada a revistas com alto índice de impacto, de pesquisador com histórico de artigos com alto número de citações, onde o pesquisador aparece como primeiro autor, com poucos (?!) co-autores... e assim por diante. Não acho que estes aspectos sejam irrelevantes, muito pelo contrário, mas que o sistema precisa evoluir e incorporar críticas, isso precisa... enquanto o pesquisador depender da avaliação dada por este sistema hermético, dificilmente vai "ousar" orientar a publicação dos seus estudos para novos formatos. "It's sad, but it's true... "(como diria a letra do Metallica).
Abaixo a Nota da Nature:
Nature Peer review trial and debate. Peer review is commonly accepted as an essential part of scientific publication, but the practice varies across journals and disciplines. What is the best method of peer review, and how can new technology be used to improve traditional models? Each week the Nature Peer review trial and debate will publish analyses and perspectives from leading scientists, publishers and other stakeholders to address these questions. Visit the peer review commenting forum to read and post comments on peer review.
Nature Peer review trial and debate:
http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wq0Ej
Peer review commenting forum:
http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Wr0Ek
Connotea resources:
http://info.nature.com/cgi-bin24/DM/y/eYZe0Bgqy10Ch03Ws0El
Mais sobre iniciativas (2) da Nature no sentido de inovar o sistema de "peer-review" aqui.
Postado por via gene às 8.6.06 5 comentários:
a pré-história do DNA mitocondrial do Neandertal
A análise do DNA mitocondrial tem se mostrado, cada vez mais, um recurso valioso para recuperar informação genética (reduzida a pequenos trechos de sequência nucleotídica) de material de museu, fósseis e amostras degradadas. A possibilidade de vislumbrar (ou mais propriamente, inferir) lances da história evolutiva humana a partir da informação contida no DNAmt de uma amostra do Homem de Neandertal beira a ficção científica, mas é uma realidade incontestável, já há alguns anos. Desta vez o estudo em questão saiu publicado no periódico científico Current Biology, sobre a diversidade genética do DNAmt Neandertal de 100 mil anos de idade ("Revisiting Neandertal diversity with a 100,000 year old mtDNA sequence" doi:10.1016/j.cub.2006.05.019 ). Estudos anteriores haviam utilizado amostras com "idades" entre 20 e 40 mil anos, época em que se supõe que Neandertais e Homo sapiens possam ter co-existido e, eventualmente (mais suposição ainda) produzido híbridos. Este estudo se propôs a voltar mais no tempo, de modo estudar a diversidade genética do DNAmt de amostras Neandertais não-contemporâneas do homem moderno - nota: acredita-se que eventos de substituição de populações humanas, hibridação e outros episódios evolutivos possam ser revelados através da comparação de polimorfismos (diversidade) encontrados no DNAmt de humanos modernos e Neandertais (considerando as diferentes idades) - e assim contribuir para avaliar o impacto que o contato Moderno X Neandertal produziu e sua relação com o desaparecimento desta última linhagem. Este estudo apresenta a amostra Neandertal mais antiga já analisada em termos de DNA.
É importante notar que o estudo é baseado na análise de - apenas - 123 nucleotídeos (ou pares de base - pb) de uma região hipervariável do genoma mitocondrial (HVR-I) de 1 amostra de 100.000 anos, comparados com a mesma região de outros 9 espécimes de Neandertal (bem mais novinhos) e de um banco de dados com 171 HVR-I humanas. Apesar do feito fantástico de recuperar informação genética deste tipo de amostra (onde, devido ao grau de degradação da molécula de DNA, foi impossível recuperar sequências íntegras com mais de 170pb), obviamente não se espera uma revolução em termos de desvendar a história evolutiva humana com tão pouca informação. Então não é se se estranhar que o artigo termine com a seguinte frase:
"Thus, more Neandertal sequences
than the six presently available
and longer than 100 bp are
needed to fully understand the
extent of the past diversity of
Neandertals."
Contudo, associados a outros estudos, estes resultados podem - sim - auxiliar na compreensão deste cenário evolutivo fascinante.
Material suplementar utilizado neste estudo pode ser encontrado aqui.
Postado por via gene às 7.6.06 5 comentários:
cursos on-line de bioinfo
para aqueles que se interessam por Bioinformática, repasso um e-mail que acabei de receber da Bioinformatics Organization, sobre cursos on-line. Me pareceu interessante e digno de uma pequena nota, afinal todo esforço é válido na formação e capacitação de recursos humanos nesta interface fascinante (a gente que viveu a era sem-internet - sim, ela existiu - e com escassos recursos de bioinformática tem uma tendência a valorizar iniciativas como esta).
aqui está o texto da mensagem de e-mail:
The non-profit Bioinformatics Organization (Bioinformatics.Org) is pleased to announce the expansion of its educational services with the introduction of on-site and on-line training courses in bioinformatics. Since 1998, Bioinformatics.Org has been providing free hosting services for bioinformaticists. They've been focused largely on software development projects, but we're now expanding both research and educational services. Training courses and static tutorials will employ the open-source Moodle course management system to manage student registration and course materials. It's located here: http://edu.bioinformatics.org (Note: Account registration will be separate for this system until it can be integrated with the rest of the Bioinformatics.Org website. If you are member of Bioinformatics.Org, you'll need to re-register for this site in order to useit.) While the on-line course materials will remain gratis, courses lead by an instructor will often require a fee -- tiered for academics and economies -- to compensate the instructor and to help the Organization. Our very first course is on-site and targeted toward laboratory researchers who wish to learn how two open-source scripting languages can become powerful tools for data analysis.
Postado por via gene às 1.6.06 2 comentários:
Peer Review: ups-n-downs
Vejam a ótima matéria (acesso livre) que saiu na última edição do periódico EMBO Reports sobre o processo de revisão por pares ("Peer review: today and tomorrow"), processo que analisa e emite parecer justificando o aceite ou a rejeição de manuscritos submetidos para publicação. Este é um tópico que merece maior discussão, devido a sua importância na evolução da forma como se faz ciência e suas possíveis consequências. Mesmo nós "tupiniquins" que contribuímos com menos de 1% da produção científica mundial (deixo apenas um valor simbólico, pois ainda tenho que verificar este índice... e como ele foi obtido) devemos estar a par desta discussão, até para questionarmos como promover nossa participação e identificarmos viés no sistema que podem minar nosso esforço. Copiando o estilo recém lançado pelo João Alexandrino no "blog" Ciência e Idéias: "depois volto a comentar este assunto" (ou algo assim, não é João?)
um pequeno trecho da matéria:
"In entering this cycle, researchers display paradoxical behaviour. When acting as authors, they seek recognition from a wide readership; as readers, they are looking for some degree of validity conferred by journal branding. As critical readers, however, they acknowledge that publications in top journals might reflect the 'trendiness' of a particular area and the political skills of the authors, but that they are often oversimplified or compressed to an extent that severely limits their scientific value (Lawrence, 2003). Researchers might also accept that the number of citations received by a paper is essentially uncorrelated with the impact factor of the journal in which it is published (Seglen, 1997). Moreover, for many, if not all, high-impact journals, the distribution of paper citation rates is so highly skewed that they derive most of their citations from a handful of articles."