Em Oeiras havia uma Ermida dedicada a Santo Amaro, situada num alto monte sobranceiro ao mar que fica a sul do lugar de Oeiras. Era uma Ermida muito frequentada por romeiros que ali oravam ao Santo para, por ele obterem as melhoras das suas enfermidades.
Pois o nosso Venturoso Rei de Portugal, o Senhor D. Manuel I, o nosso Soberano também se achou "enfermo das pernas" e nesse padecimento o Rei "veio algumas vezes visitar o Santo nesta Ermida e depois de fazer a sua oração, comprazia-se muito da bela vista de mar, que dali desfrutava, tendo deixado recomendado a seu filho D. João, de fazer uma fortaleza sobre a grande ponta de rochedo que via, a qual entrava pelo mar junto da Barra, para obstar ao atrevimento dos piratas Africanos, que com arrojo acossavam os navios até mesmo dentro do Rio Tejo.
Mas não ficou por aqui, D. Manuel. Mal principiara a reinar – e corria o ano de 1495 quando tal sucedeu – e já patrícios nossos – "pessoas de Oeiras" e Reguengo, que viajavam para os portos de África e da Índia , negociantes, pilotos e marinheiros se lembravam de erigir uma Confraria com o título de Nª. Senhora da Conceição dos Mareantes, a que tempos depois se ampliava, significativamente, para designar-se "dos Mareantes da Carreira da Índia".
Sediaram pois a Irmandade na sobredita Ermida de Stº. Amaro, homens temperados na luta contra os elementos e contra poderosos adversários, adestrados no combate ao perigo, às tempestades, às angústias, determinados no esforço de vencerem a morte pelas paragens do Mundo que se lhes abriam o coração e a alma, aqui firmaram o sério compromisso de honrarem a Mãe Imaculada do Redentor, que repartia as suas graças juntamente com o sábio Santo Amaro.
Numa das visitas que El-Rei D. Manuel (devotíssimo da Conceição Imaculada) fez a esta Ermida é que os novos confrades de Nª. Senhora da Conceição se juntaram e respeitosamente se chegaram a El-Rei e lhe pediram ajuda de custo para uma Ermida para cómodo da Sua Confraria, sem tirar o direito ao antigo padroeiro – Stº. Amaro – e tal Ermida pretendiam fazer, que servindo-lhes de atalaia para a sua devoção, servisse também de baliza para os que entrassem a Barra vindos das Conquistas da África e da Índia.
Para a construção da referida Ermida, como ele era um terreno de Sua Alteza, pediam mais, lhes fizesse mercê doar à dita Ermida o rossio de envolta dela, da qual se poderiam utilizar para a referida construção.
Sendo-lhes concedida tal petição, logo começaram a edificar a nova Ermida no mesmo local da antiga Ermida de Stº. Amaro, que sempre conservou o nome de Santo, não só a Ermida mas também o sítio, que se localizava no Monte dos Sete Castelos, a Sueste da Vila, e onde havia, além da Ermida, "hospedarias onde se demoravam os Romeiros". Estas hospedarias situavam-se no Rossio da Ermida, circulado de moradas de casas térreas com seus quintais e todas pagavam foro à Irmandade de Nª. Senhora.
Em 1704, a Ordem Terceira, os nossos Irmãos Terceiros Franciscanos acharam-se com direitos à posse da Ermida de Santo Amaro e o povo de Oeiras, já não só a Irmandade, opôs-se tenazmente e vá de pôr os Terceiros em demanda. Houve sentença a favor do povo.
Dois anos antes, em 1702, já se dera o caso da Ermida estar a servir de Igreja Paroquial. Mais concretamente, desde Junho desse ano de 1702 a Setembro de 1744, período este que foi o da reconstrução da Igreja Matriz, sofrendo esta substanciais melhoramentos.
Pelo ano de 1918 um punhado de pessoas de boa vontade fundaram uma Instituição de caridade denominada de "Assistência aos Pobres da Vila de Oeiras". Muito fez esta simpática Instituição em proveito dos pobres, pois distribuía rações de leite pelas crianças e doentes, esmolas aos necessitados, donativos às parturientes e outros auxílios que a prática do bem aconselhava.
Com o andar do tempo, reconheceu-se que seria mais interessante dar outra fisionomia à acção de bem fazer dispendida pela Assistência e foi então resolvido convertê-la em Misericórdia, a mais excelsa e Portuguesa Casa da Caridade, uma vez que por todo o País corriam ares propícios ao reavivamento das Santas casas de Misericórdia. Renasciam muitas, criaram-se outras e Oeiras não escapou a essa corrente. Também aqui acabou por nascer uma Instituição à luz dos ensinamentos da Rainha D. Leonor, pelo que, em Assembleia Geral realizada no dia 16 de Dezembro de 1926, foi deliberado proceder à transformação da Assistência aos Pobres da Vila de Oeiras numa Misericórdia, com a denominação de "Santa Casa da Misericórdia de Oeiras", que por portaria de 26 de Abril de 1927 foi concedida aprovação ao Compromisso do novo organismo.
Decorridos quase dois anos, encetou a Mesa Administrativa da Santa Casa da Misericórdia de Oeiras negociações junto da Irmandade de Nª. Srª. da Conceição e Stº. Amaro, no sentido da sua entrada na Misericórdia. No melhor entendimento e reciprocamente confiantes as duas partes, chegaram a um completo acordo. Em 28 de Fevereiro de 1929 foi autorizada superiormente a sua junção, por deliberação das respectivas assembleias gerais, da Irmandade com a Santa Casa da Misericórdia de Oeiras, as quais têm exercido sempre a sua missão cheia de fé, e com a dedicação de um apostolado cristão, procurando acudir a todos os desventurados, na medida do possível.
E assim, a Santa Casa da Misericórdia de Oeiras nasceu da fusão da multissecular Irmandade de Nª. Senhora da Conceição com a "Assistência aos Pobres da Vila de Oeiras", associação beneficiente criada em 1918 e cuja primeira Direcção era constituída por Maria Luísa Eliseu, João Leal, Mário Mata e Silva, Nuno de Orey e Carlos Queirós, o qual viria a ser o primeiro Provedor da Misericórdia.