IMPACTO DA VARIANTE DE PREOCUPAÇÃO (VOC) OMICRON DO SARS-CoV-2 – Sociedade Portuguesa de Patologia Clínica
IMPACTO DA VARIANTE DE PREOCUPAÇÃO (VOC) OMICRON DO SARS-CoV-2
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Poster Número: 034
Alicia Rodrigues, Irene Carrapatoso, Luís Santos, Helena Matias, Lídia Santos, Lurdes Lopes, Patrícia Miguel, Paula Baranito, Paula Branquinho, Sara Gomes, Sofia Santos, Susana Silva, Olga Costa, Rita Côrte-Real.
Serviço de Patologia Clínica, Centro Hospitalar Universitário Lisboa Central
Em Novembro de 2021 foi notificada uma nova variante do SARS-CoV-2 na África do Sul e Botswana, Omicron (B.1.1.529). Posteriormente, a OMS classificou-a como variante de preocupação (VOC). Estudos efetuados concluíram que esta variante além de apresentar um maior número de mutações no gene S, tem um índice de transmissibilidade superior à variante Delta. Quanto à eficácia das vacinas, a possibilidade de reinfeções ou a severidade da doença são necessários estudos mais robustos.
Análise do aumento da incidência da VOC Omicron nas amostras respiratórias positivas para SARS-CoV- 2, exsudados da nasofaringe/orofaringe, colhidos por zaragatoa (ZNF), no período de um mês.
Este estudo avaliou as amostras positivas colhidas de 27 de novembro a 27 de dezembro de 2021. As amostras foram testadas por um reagente para a deteção qualitativa do SARS-CoV-2 e de variantes do gene S (HV 69/70 del, Y144 del, N501Y, E484K, P681H), por RT-PCR em tempo real. Os testes foram efetuados numa plataforma automatizada, de extração dos ácidos nucleicos e de RT-PCR em tempo em real . Os dados demográficos e de vacinação do grupo de estudo foram obtidos através da consulta do processo clínico.
Foram analisadas 1131 amostras de ZNF positivas, de igual número de doentes. Em 490 amostras (43%) foram detetadas variantes do gene S, com cycle threshold (Ct) de 21,6 (média). Neste subgrupo do estudo, as idades estavam compreendidas entre os 0 e os 93 anos, idade média de 46 anos, sendo 54% do género feminino. Quanto à vacinação para a COVID-19: 60% pessoas tinham feito o esquema vacinal completo, 30,4% não estavam vacinadas e não foi possível obter informação sobre o estado vacinal de 9,6 % pessoas. A média de casos de amostras positivas para a variante S foi de 22/dia, com um pico de 77 casos a 26 de dezembro que correspondeu a 92,7% de amostras positivas para SARS-CoV-2. Duas semanas antes a taxa de positividade para as variantes S tinha sido de 20%.
As mutações passíveis de serem detetadas com o método utilizado são comuns à VOC Omicron e a outras variantes como as VOC Beta e Gamma (N501Y, E484K), Alpha (N501Y e P681H) e VOI Mu (E484K, N501Y e P681H). O resultado positivo do teste para as variantes S conferiu um elevado valor preditivo para a identificação da Omicron, porque de acordo com os relatórios da diversidade genética do INSA durante o período do estudo não se verificava, no nosso País, a existência dessas variantes. Os resultados da nossa análise comprovam o crescimento exponencial da incidência da VOC Omicron, num curto período de tempo, e apontam a possibilidade de infeção em pessoas vacinadas com esquema vacinal primário completo.