Desde Janeiro de 2001, data que entrou em vigor a Lei nº 147/99, o sistema de protecção foi estruturado em três patamares.
Na base estão as chamadas Entidades com competência em matéria de infância e juventude, no patamar central e com um lugar absolutamente crucial em todo o sistema de protecção, as Comissões de Protecção de Crianças e Jovens em Perigo (CPCJP) e finalmente os tribunais.
Assim, devem, sucessivamente, intervir as Entidades com competência em matéria de Infância e Juventude, as Comissões de Protecção de Crianças e Jovens ou o Tribunal de Família e Menores, de acordo com as suas competências legais.