No CIIE, é cada vez mais em comunidades de práticas de investigação (CoPIn) (e equipas dos projetos) que, no dia a dia, são desenvolvidas as atividades de pesquisa. As CoPIn são temáticas, organizando-se em torno de uma ou mais áreas temáticas de especialização e interesses de investigação. Incluem investigadores, seniores e juniores, e estudantes que se reúnem com regularidade para discutir e apresentar trabalhos de investigação.
Cada CoPIn inclui um programa de mentoria: jovens investigadores/as são apoiados/as nos seus projetos de doutoramento, formação e no desenvolvimento de carreira.