Pernes é uma povoação muito antiga, anterior mesmo á fundação da Nacionalidade Portuguesa, pois vem já referida no relato da conquista de Santarém aos Mouros, datado do século XII.
Sobre a etimologia do topónimo Pernes, Manuel Sílvio Conde "Univ. Açores" considera ser de origem berbére (de burnusi), aplicado a um clã norte-africano.
Outros etimologistas são da opinião que os rios Alviela e Porto do Centeio, de águas perénes ao longo de todo o ano e que correm nos dois vales existentes junto deste aglomerado populacional, poderiam ter dado origem ao nome desta vila.
Mário Rui Silvestre considera que o topónimo Pernes deriva da palavra latina da primeira declinação "perna", e significa perna ou pernil, devido ao facto "do rio Alviela se bifurcar em dois braços antes das quedas de água, formando a ilha a que já se chamou Roseirão e hoje se dá o nome de Mouchão-Parque, e que visto do monte sobranceiro dá a ideia que o rio se divide em duas pernas".
A memória mais antiga relacionada com a vila encontra-se registada na "Monarquia Lusitana" e na "Crónica de Cister". Nesta ultima podemos ler que as hostes de D. Afonso Henriques, quando conquistou Santarém aos Mouros, assentaram arraiais nas matas de Pernes:
"Concertadas todas as cousas necessárias para o assalto, e tomada a conclusão no modo delle, deyxou El Rey a bagagem e gente de serviço embrenhados na mata de Pernes"
A existência de moinhos na freguesia, de que ainda existe um exemplar manuelino, restaurado pelo seu proprietário, deve remontar a um período anterior á nacionalidade,
Pois já em 1165 há notícias de que oito moinhos, situados no Alviela, nos açudes de Trouvede e Alviela, foram doados por D. Afonso Henriques a D. Gualdim Pais e á Ordem dos Templários.
Em 1398 D. João I, devido á traição do seu vassalo e guarda-mor do concelho, João Fernandes Pacheco, confisca-lhe os bens móveis e de raiz dando-os a Martim Afonso de Melo, seu vassalo. Nestes bens da Coroa estavam incluídos os moinhos de Pernes.
Em 1432, dá-se o início das audiências em Pernes, e possivelmente o início do mercado semanal.
Em 1495, D. Afonso V faz doação dos moinhos de Pernes a D. Beatriz da Silva, Condessa de Abrantes e mãe de D. Francisco de Almeida, futuro Rei da Índia.
O boletim da Junta da Província do Ribatejo (1937), também faz referência aos moinhos de Pernes, afirmando haver, em finais do século XIX, na Ribeira de Pernes, dezoito moinhos ou azenhas, cinco moagens e quinze lagares de azeite.
Em 1660, é instalado, na Quinta de S. Silvestre, o colégio da Companhia de Jesus, tendo a doação sido feita por D. Anna da Silva.
Ilustres vultos que viriam a ter um papel importante na sociedade de então, foram formados no colégio da Companhia de Jesus, em Pernes.
É o caso do Pe. António dos Reis, que foi conselheiro do Rei D. João V e um dos fundadores da Academia Real da História: o Pe. Luis Cardoso, membro daquela Academia e autor do conhecido Dicionário Geográfico, escrito no sec. XVIII.
Simão Froes de Lemos, ilustre escritor e genealogista, era natural de Pernes.
Filho do Almoxarife de Pernes, Gonçalo Froes de Lemos, nasceu em 1675.
Pelas salas de aulas do colégio ainda passou António Galvão, filho ilegítimo do Rei D. Pedro II. Os Jesuítas fundiram o sino grande da Matriz, em 1720, e em 17 de Junho de 1765, o Papa Alexandre VII concedeu o jubileu perpétuo á capela da Quinta de S. Silvestre.
O desenvolvimento e a importância de Pernes, durante toda a Idade Média, levou a que o Rei D. João I determinasse que o tribunal da Vila de Alcanede se deslocasse a Pernes um dia por semana, para efeitos de julgamento.
Em 22 de Dezembro de 1514 o Rei D. Manuel atribui carta de foral ás vilas de Alcanede e Pernes, tendo Pernes sido elevada á categoria de Vila e Concelho, extinto a 24 de Outubro de 1855, com a reforma de Mouzinho da Silveira.
A importância da Vila é atestada pela instituição da Santa Casa da Misericórdia, em 1587, confirmada por alvará de Filipe I em 23 de Maio de 1594.
Era notória a importância de Pernes, onde é instalado um Cartório Notarial em 1619, o qual funcionaria até 21 de Dezembro de 1950.
No século XVIII, o italiano Pedro Schiappa Pietra, mestre de teares na fábrica do Rato, foi autorizado a criar uma fábrica de serralharia e limas no rio Alviela, junto à queda de água. A fábrica foi instalada na Quinta de S. Silvestre, confiscada aos jesuítas e onde funcionou o colégio que pertenceu á Companhia de Jesus. Subsidiada pelo Marquês de Pombal, está na origem da industrialização da Ribeira do Alviela: "o significado desta instalação manufacturista foi de grande alcance. Estimulou o aproveitamento dos moinhos para outros fins: fábrica de verrumas, pás e outros instrumentos, oficinas de torneiros e almofaças, moagens de ramas e impulsionou os primeiros momentos da industrialização do alto Ribatejo (Tomar, Torres Novas), decretada pelo Marquês de Pombal.
No século XIX os moinhos de Pernes sofreram grandes danos, primeiro durante as invasões Francesas em 1810 com a ocupação de Pernes pelas tropas do General Massena, e depois com as Guerras Liberais.
Em 11 de Novembro de 1833, Pernes é palco de uma batalha entre tropas do Marechal Saldanha e as tropas Miguelistas que guardavam os moinhos da Ribeira de Pernes de onde abasteciam de farinha o Rei D. Miguel e as suas tropas situadas em Santarém.
As tropas do Marechal de Saldanha numa acção de surpresa conseguem destruir grande parte dos moinhos e pôr em debandada as tropas de D. Miguel.
No ano seguinte a 30 de Janeiro de 1834 dá-se porém a GRANDE BATALHA DE PERNES, que ficou conhecida na história como a "RETIRADA DE PERNES" em que as tropas do Marechal Duque de Saldanha infligem pesada derrota ás tropas de D. Miguel, chefiadas pelo Marechal de Campo Canavarro, com cerca de 900 baixas, a maior parte afogados no Rio Alviela, Batalha decisiva para pôr termo á Guerra Civil entre Liberais e Miguelistas.
Nesta Batalha tem acção preponderante o Tenente General Pedro Paulo Ferreira de Sousa, a quem vem a ser atribuido o titulo de 1º Barão de Pernes.
Devido ao aumento da poluição do Rio Alviela, os moinhos acabaram por ser abandonados, tendo este facto feito nascer em Pernes, o primeiro movimento ecologista de cariz local do país, denominado CLAPA – Comissão de Luta Anti-Poluição do Alviela. A sua sede foi a residência e taberna do "Diabo", uma casa de petiscos onde se "picava" o peixe do rio e um centro de resistência anti-fascista antes do 25 de Abril.
O episódio dos garrafões de água poluída do Alviela será, a façanha mais reconhecida ao "Diabo". Em 1970, quando um deputado sustenta em plena Assembleia Nacional que não existe poluição no Rio Alviela, Joaquim Duarte enche alguns garrafões com a água pestilenta do rio e vai entregá-los em Lisboa, convidando todos os que acham que a água está pura a bebê-la.
Como reconhecimento pela luta desenvolvida, a Assembleia Municipal de Santarém
aprovou no dia 1 de Março de 2004,e renovou em 2006 a recomendação á Câmara para atribuição da Medalha de Ouro a Joaquim Jorge Duarte (Diabo).
A tradicional indústria de torneados de madeira que, ao longo dos tempos garantiu emprego e deu a conhecer o nome da freguesia, teve um papel impar no seu desenvolvimento.
Também o "Museu do Brinquedo" em Évora, lembra os piões e rapas de Pernes como uma parte importante da história da indústria do brinquedo Português.
As raízes desta indústria são encontradas no período da industrialização iniciada pelo Marquês de Pombal.
De salientar que Pernes teve electricidade em 1913, antes ainda da sede do concelho, a partir de um aproveitamento hidroeléctrico do Alviela, construida em 1908 e que forneceu energia electrica até 1961.