Em 2016 a UNIFESP se destacou como uma das dez universidades mais prestigiadas da América Latina, segundo ranking elaborado pela Times Higher Education (THE), ficando em sexta posição. Do ranking citado a UNIFESP é a única Federal paulista dentre as melhores listadas e a quarta dentre as brasileiras. Já em 2017, de acordo com o ranking da mesma publicação, a UNIFESP é considerada a melhor universidade federal brasileira e a sétima melhor universidade da América Latina. Considerando as demais instituições brasileiras de ensino superior, a UNIFESP fica em terceiro lugar, atrás somente da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP) e da Universidade de São Paulo (USP).
Criada oficialmente em 1994, a UNIFESP originou-se da Escola Paulista de Medicina (EPM), entidade privada fundada em 1933 que foi federalizada em 1956. Em 1940, a EPM inaugurou o Hospital São Paulo, primeiro hospital-escola do País, que hoje é o Hospital Universitário da UNIFESP, localizado no campus São Paulo, no bairro Vila Clementino. Desde o início do século XXI a UNIFESP tem apresentado rápida expansão territorial e diversificação dos cursos oferecidos, deixando de ser a outrora "Universidade da Saúde" para ser a "Universidade do Conhecimento".
O logotipo atual da UNIFESP foi escolhido em 2008, baseado no prédio que abrigou a EPM a partir de 1936, o Edifício Leitão da Cunha, aonde hoje estão sediados a Diretoria da E.P.M., os Departamento de Morfologia e Genética, o Museu Histórico, a Sala EPM/Xingu e o Anfiteatro Leitão da Cunha. O logotipo atual substitui o logo que foi da Escola Paulista de Medicina desde 1938, criado pelo presidente do C.A.P.B à época, o aluno Delfino Oliveira Vianna e que em 1995 foi adaptado para ser o logo da nova Universidade com o acréscimo do nome UNIFESP à parte superior do escudo.[5]
Os Campi São Paulo, localizados na cidade de São Paulo, com origem no bairro de Vila Clementino - com as atividades iniciadas em 1936, sendo o primeiro e maior, onde localiza-se a sede da reitoria da UNIFESP (Rua Sena Madureira, 1 500), seu hospital universitário (Hospital São Paulo) e onde são atualmente ministrados os cursos de medicina, enfermagem, biomedicina, fonoaudiologia e tecnologias em saúde com habilitação em oftalmologia, radiologia ou informática em saúde. Nele encontra-se a Biblioteca Regional de Medicina (BIREME), desde 1957; mantida com a ajuda da Organização Pan-Americana da Saúde (OPAS)/Organização Mundial da Saúde (OMS).
A sede da Reitoria era o Edifício Octávio de Carvalho (que desde sua inauguração nos anos 1970 também foi a sede da Diretoria da E.P.M.) até dezembro de 2009, sendo agora o edifício localizado na Rua Sena Madureira, 1500; reunindo a Reitoria, as Pró-Reitorias e o aparato administrativo.