O desempenho como responsável pelo Tesouro do país valeu a Pinho entrada direta para o cargo de administrador no Banco Espírito Santo. Pinho tornou-se um homem BES e esteve no grupo entre 1994 e 2005. Durante esse tempo, foi vice-presidente do BES Investimento, administrador da ESAF, do BES Finance, do BES Overseas e presidente da Espírito Santo Research. A mulher, Alexandra Pinho, também esteve ligada ao BES, tendo sido curadora de arte do grupo.
Tornou-se amigo de Manuel Sebastião, administrador do Banco de Portugal, a quem chegou a vender uma casa em Lisboa. Mais tarde, quando chegou a ministro, Sebastião foi nomeado presidente da Autoridade da Concorrência, que analisava, entre outros setores, o da banca. Sebastião regressou depois ao Banco de Portugal e entrou para a REN como administrador independente e presidente da comissão de auditoria.
Quase morreu num acidente de automóvel, tinha pouco mais de 30 anos. Gosta de arte e fotografia, não tem partido político, mas afirmou em entrevistas ser de centro-esquerda e que já trabalhou com governos PSD e PS. Licenciado em Economia em 1976 pelo então Instituto Superior de Ciências Económicas e Financeiras, atual ISEG, Manuel Pinho acabou por se tornar o rosto das apostas de José Sócrates: nas energias renováveis e no plano tecnológico. A aproximação ao PS deu-se através de Eduardo Ferro Rodrigues, que o levou a concorrer em 2005 por Aveiro, como independente. Foi eleito deputado e nomeado ministro da Economia e da Inovação. O primeiro-ministro era José Sócrates.
Manuel Pinho ficou até 2009, altura em que pediu a demissão na sequência do polémico gesto no Parlamento. As renováveis seriam uma área-chave para a EDP, liderada por António Mexia, outro ex-homem BES. Além disso, Pinho passou a propriedade da Central de Sines para as mãos da EDP. "Como é possível dar uma central assim, quando ela deveria reverter para o Estado?", disse uma fonte do setor da energia. A extensão da concessão de barragens à EDP também foi polémica. "O ministro decidiu basear-se numa avaliação de um banco, o Credit Suisse, que não estava capaz de fazer uma avaliação daquelas", disse uma outra fonte conhecedora do processo: "Em tudo o resto era aceite uma metodologia de avaliação que tinha por base o "valor água", mas especificamente naquele caso decidiu-se usar uma outra medida e metodologia", acrescentou. Ainda como ministro, numa visita à China em 2007, afirmou que um dos motivos para os investidores chineses investirem em Portugal era a mão-de-obra barata.
Após a saída do governo, a sua ida para lecionar uma cadeira na Universidade da Colúmbia, nos Estados Unidos, com patrocínio da EDP, levantou suspeitas.
Pinho está hoje, aos 63 anos, no parlamento para responder pelo processo complicado das rendas excessivas da EDP, as chamadas CMEC (custos de manutenção de equilíbrio contratual). Em causa estarão os contornos das suas decisões enquanto ministro, defender-se nas alegações de que favoreceu EDP e BES e explicar porque recebia 15 mil euros mensalmente do BES quando era ministro. As prestações eram pagas pela Espírito Santo Enterprises, considerada como saco azul do GES.

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