A Marinha do Brasil está presente na Fronteira Oeste desde a criação do Arsenal de Marinha da Província de Mato Grosso, em Cuiabá, a 19 de fevereiro de 1827. Com a criação daquele Arsenal, a Marinha de Guerra do Império deu o primeiro passo para o estabelecimento de um ponto de apoio sobre a rota fluvial de penetração ao norte da Província. Seu primeiro Comandante foi o Oficial da Armada João Augusto Leverge, posteriormente Barão de Melgaço, primeiro Oficial a comandar uma Força Naval em Mato Grosso e que se denominou Trem Naval de Mato Grosso.
Ao longo dos anos, em decorrência de dificuldades econômicas locais, tais como escassez de madeiras para construção naval, condicionantes geográficos como as difíceis condições de navegabilidade do rio Cuiabá e, naturalmente, como conseqüência da Guerra da Tríplice Aliança, cogitaram as diferentes Administrações Navais da transferência do Arsenal para outra localidade.
Dessa forma, por Aviso Ministerial de 07 de janeiro 1873, foi determinada a construção do Arsenal de Marinha de Ladário, a cargo do CF Manuel Ricardo da Cunha Couto, sendo sua pedra fundamental lançada em 14 de março daquele ano.
Até 1933 o Arsenal teve vida própria, sendo dirigido por um Inspetor. Em 10 de junho de 1933, foi criado o Comando Naval de Mato Grosso, ao qual o Arsenal passou a se subordinar. O Arsenal teve sua denominação alterada para Base Fluvial de Ladário em 1945 e, nesse mesmo ano, o Comando Naval de Mato Grosso passou a denominar-se Sexto Distrito Naval.
O Comando do Sexto Distrito Naval é uma Organização Militar da Marinha do Brasil, localizada na Região Centro Oeste do País, englobando uma faixa de fronteira em área considerada indispensável para a Segurança Nacional.
Tem jurisdição sobre os Estados de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul e a ação de presença constante de suas Forças Operativas se constitui num importante e necessário fator de segurança, principalmente nas regiões de fronteira com a Bolívia e Paraguai.