O Condomínio Estância Jardim Botânico é composto por 624 unidades autônomas, sendo dividido em dois Setores que tiveram sua primeira gestão autônoma em 2010, com a alteração da Convenção e com a eleição de Síndicos para cada um dos Setores.
Cada uma das etapas, com suas respectivas inscrições no CNPJ ficaram com a nominação de Condomínio Estância Jardim Botânico (512 unidades autônomas), que abrange os conjuntos A, C, E, G, H e J, e Condomínio Estância Jardim Botânico II, que abrange os conjuntos B, BM, D e DM (112 unidades autônomas).
Para fins de regularização o Condomínio continua como um só loteamento, sua autonomia é somente uma forma mais eficaz de administrar e de conduzir uma gestão mais próxima dos condôminos, já que fisicamente os setores têm acesso que não e interligam, dificultando a proximidade do Síndico com os problemas de cada etapa com seus respectivos conjuntos.
Em abril de 2010, foi eleita a primeira Administração independente, sendo eleita como primeira síndica do Condomínio Estância Jardim Botânico II a condômina Elizabeth Bastos, que já foi síndica do Condomínio nas gestões de MAIO/2002 a ABRIL/2006. Como subsíndica assumiu a condômina Leila Furiatti, que contribuiu como conselheira do Condomínio por duas gestões (MAIO/2006 a ABRIL/2010).
A Administração do Condomínio é composta pela Assembléia Geral, Síndica, Subsíndica, Conselho Consultivo e Conselho Fiscal.