Um dos critérios utilizados pelo Depen para a seleção dos projetos a serem contemplados com os respectivos recursos é a formal adesão do Estado ao projeto do CNJ de implementação das audiências de custódia, capitaneado pelo presidente do CNJ e do Supremo Tribunal Federal, ministro Ricardo Lewandowski, e que consiste na apresentação do autuado em flagrante a um juiz, no prazo de 24 horas. O intuito do projeto é requalificar o sentido das prisões provisórias e melhorar o filtro da "porta de entrada do sistema prisional", prevenindo a prática de tortura e maus-tratos policiais. O programa, lançado em São Paulo pelo ministro Lewandowski, já está implantado em 16 estados brasileiros. Espera-se que até outubro todos os estados brasileiros estejam realizando audiências de custódia, ao menos em suas capitais. O presidente do CNJ vem participando do lançamento do projeto em cada uma das capitais do país.
Na avaliação do coordenador do Departamento de Monitoramento e Fiscalização do Sistema Carcerário e de Medidas Socioeducativas (DMF/CNJ), juiz Luís Geraldo Lanfredi, "a ação do Ministério da Justiça é providencial e dá sentido aos compromissos que foram formatados em conjunto com o Conselho Nacional de Justiça". "Desencadeia, enfim, medidas efetivas para a construção de opções concretas às prisões provisórias, combatendo a chaga que o ministro Ricardo Lewandowski vem definindo como 'cultura do encarceramento'. Há formas eficientes de controle de pessoas submetidas ao sistema de Justiça, mais baratas aos cofres públicos e sem os danos decorrentes do aprisionamento, que deve, sim, ser utilizado como última saída, nos casos de absoluta incompatibilidade da pessoa com o convívio social", afirmou.
O financiamento proposto pelo Depen está destinado ao aparelhamento de Centrais Integradas de Alternativas Penais, custeio das equipes multidisciplinares e compra de dispositivos eletrônicos para o monitoramento daqueles que continuam vinculados ao sistema de justiça. Do montante, R$ 12 milhões serão destinados para alternativas penais e R$ 26 milhões para monitoração eletrônica.