A pesquisa no Laboratório de Epidemiologia tem o foco na descrição e compreensão das doenças de plantas no nível populacional. Os patossistemas de interesse envolvem fungos de parte aérea de grandes culturas e frutíferas. Uma das linhas principais envolve a identificação de espécies, estudo da variabilidade genética, toxigênica e patogênica, e ecologia de espécies de Fusarium micotoxigênico que infectam grãos de cultivos de cereais como trigo, milho, cevada e arroz, com destaque para o complexo de espécies Fusarium graminearum (FGSC).
O Laboratório colabora em vários projetos interdisciplinares com grupos de pesquisa no país e no exterior nas seguintes temáticas: diversidade genética e estrutura de populações; sensibilidade de fungos à fungicidas; influência do clima e ambiente nas dinâmica das epidemias; métodos de quantificação da intensidade de epidemias e danos; estratégias de manejo com base em estudos epidemiológicos e experimentação; sistema de suporte à decisão no manejo de doenças; modelos de simulação de epidemais e metanálise de dados fitopatológicos