Este artigo está ancorado nos conceitos formulados e apresentados por Paulo Freire (1996), autonomia como construção a partir de um espaço crítico e libertador, e José Contreras (2002), autonomia como um dos elementos da profissionalização, e objetiva refletir a forma como os docentes do ensino superior compreendem o significado de autonomia nos seus espaços e práticas profissionais. A pesquisa foi realizada em duas Universidades Públicas e duas Faculdades Particulares na cidade de Vitória da Conquista, no estado da Bahia, Brasil, com 25 professores que manifestaram a sua opinião sobre as temáticas em análise numa perspectiva comparativa, através de um questionário maioritariamente de respostas fechadas. Foi dada prioridade à pesquisa de abordagem quantitativa e descritiva e concluímos que, apesar do avanço no campo da autonomia, muito ainda se tem a fazer no domínio da reflexão e construção da autonomia docente, nos contextos analisados, e que há obstáculos importantes a serem superados.