A Santa Casa da Misericórdia de Évora foi fundada oficialmente no dia 7 de dezembro de 1499. Faziam parte da constituição primitiva da Irmandade uma série de Irmãos notabilíssimos, como o rei D. Manuel (primeiro provedor da confraria), a rainha D. Leonor, a rainha D. Maria, o Bispo D. Afonso de Portugal ou o Conde de Tentugal.
A sede da Misericórdia de Évora ficou inicialmente estabelecida na Capela de São Joãozinho (anexa a São Francisco). Terá sido precisamente nesse local que a Irmandade começou a desenvolver a sua intensa atividade caritativa e assistencial, que assentava na prática, e cumprimento, das catorze “Obras de Misericórdia”, sete corporais e sete espirituais.
Em 1553, iniciar-se-ia a transferência definitiva da sede da Irmandade para o antigo Convento de São João da Providência, onde, em outubro de 1554, foi benzida a primeira pedra da Igreja da Misericórdia.
No mês de março de 1567, o Cardeal D. Henrique, então regente do Reino, recomendaria a posse da administração do Hospital do Espírito Santo à Misericórdia de Évora, encargo, que a Mesa Administrativa da altura, depois de garantir uma série de privilégios indispensáveis, haveria de confirmar no mês seguinte.
No mesmo ano, em outubro, seria a vez do antigo Hospital de São Lázaro (onde eram assistidos os enjeitados) ser igualmente entregue à Misericórdia, conjuntamente com todos os foros, direitos e rendas que contribuíam para a sua sustentabilidade.
Não obstante a bênção ter ocorrido duas décadas mais cedo, o processo de construção da Igreja da Misericórdia, por vicissitudes várias, seria bastante moroso e, na prática, o templo apenas começaria a ser edificado na nova sede a partir de 1574.
Em junho de 1651 seria manuscrito, e encadernado, o novo Compromisso da Misericórdia de Évora, concebido para substituir o anterior que se encontrava “roto e mal tratado”. Este Compromisso, pelo qual se deveria reger a Irmandade, era o resultado final de várias alterações introduzidas ao longo de mais de um século, desde a impressão, e consequente distribuição, do Compromisso da Misericórdia de Lisboa publicado em 1516.
O Século XVIII seria dedicado às sucessivas obras de embelezamento da Igreja da Misericórdia, das quais destacamos, a título de exemplo, a douração do retábulo da Capela do Santo Cristo (1708) ou a colocação dos painéis de azulejos em 1714.
No mesmo Século seria intervencionada a Igreja quinhentista do Hospital do Espírito Santo, e outras dependências a ele pertencentes, que ameaçavam ruína iminente.