Temendo pela segurança do marido, Alexandra desistiu rapidamente e permitiu que a revistassem. Na parede daquele que seria o seu último quarto, Alexandra desenhou uma Suástica, o seu símbolo preferido de boa sorte e escreveu debaixo a data 17/30 de Abril de 1918. Em Maio o resto da família chegou a Ekaterinburgo. Alexandra ficou feliz por ter a sua família novamente reunida.
Havia 75 homens a guardar constantemente a Casa Ipatiev. Muitos deles eram trabalhadores de fábricas locais. O comandante da casa, Alexandre Avadeyev foi descrito como “um verdadeiro bolchevique”. A maioria das testemunhas recordou-o como escabroso, bruto e bêbado. Se lhe chegasse qualquer tipo de pedido por parte da família, a resposta era sempre, “Eles que vão para o inferno!” Os guardas da casa ouviam-no referir-se muitas vezes ao Czar como “Nicolau, o bebedor de sangue” e a Alexandra como “A Cabra Alemã”.
Para os Romanov, a vida na Casa Ipatiev era um pesadelo de incerteza e medo. A Família Imperial nunca soube se iria lá continuar no dia seguinte, se seriam separados ou até mortos. Os privilégios que lhes eram permitidos eram poucos. Durante uma hora, à tarde, podiam exercitar no jardim morto sempre sob a vigilância apertada dos guardas. Alexis ainda não conseguia andar depois de outro ataque de Hemofilia, por isso era o seu marinheiro Nagorny que o transportava. Alexandra raramente se juntava à família nestas actividades. Em vez disso passava a maior parte do tempo sentada na cadeira de rodas a ler a Bíblia ou os trabalhos de São Serafim. À noite, os Romanov jogavam às cartas ou liam. Recebiam muito pouco correio do mundo exterior e os únicos jornais permitidos eram edições já ultrapassadas. Um dos guardas, Anatoly Yakimov observou a família e recordou,
“Apesar de não falar com eles quando os conheci, tive uma impressão que me entrou na alma. O Czar já não era novo, tinha a barba grisalha (…) Os olhos dele eram gentis e tinha uma expressão simpática. Fiquei com a impressão de que ele era uma pessoa simpática, modesta e faladora. Às vezes parecia que falava comigo directamente. Ela olhava-nos como se tivesse gostado de falar com qualquer um de nós. A Czarina não era nada como ele. Tinha uma expressão severa. Tinha a aparência e os modos de uma mulher arrogante e zangada. Por vezes falávamos sobre eles entre nós e todos achávamos o Nicolau Alexandrovich um homem modesto, mas que ela era muito diferente e parecia exactamente a mulher de quem tínhamos ouvido falar. Parecia mais velha que o Czar. Tinha algumas réstias de cabelo branco e o rosto dela não era de uma mulher jovem (…)”
No dia 4 de Julho de 1918, Yakov Yurovsky, o chefe da Tcheca de Ekaterinburgo, foi nomeado comandante da Casa Ipatiev. Yurovsky era um bolchevique leal, um homem em quem Moscovo podia confiar para ver as suas ordens cumpridas. Yurovsky rapidamente apertou a segurança. Recolheu todas as jóias e valores da família e guardou-os numa caixa fechada que entregou aos prisioneiros. Alexandra apenas ficou com duas pulseiras que lhe tinham sido oferecidas pelo seu tio Leopoldo, Duque de Albany quando ela era criança e que não conseguia tirar. Ele não sabia que a antiga Czarina e as suas filhas tinham cosido as suas jóias pessoais nos seus corpetes e almofadas. Estas apenas seriam descobertas após o assassinato que tinha sido marcado para o dia 13 de Julho.
No Domingo, dia 14 de Julho de 1918, dois padres foram à Casa Ipatiev para celebrar a Liturgia Divina. Um doa padres, Storozhen, recordou, “Eu entrei primeiro na sala de estar, depois vinham o diácono e Yurovsky. Ao mesmo tempo, Nicolau e Alexandra entraram pelas portas opostas que davam acesso a uma sala interior. Duas das filhas estavam com eles. Não tive oportunidade para ver quais. Penso que Yurovsky perguntou a Nicolau Alexandrovich, “Bem, estão aqui todos?” e ele respondeu com firmeza, “Sim, estamos todos.” Um pouco mais à frente estava Alexandra Feodorovna que já estava no lugar, com as duas filhas e Alexis Nicolaievich. Ele estava sentado numa cadeira de rodas e estava a usar um casaco. Ele estava pálido, mas não tanto da primeira vez em que o vi. Geralmente, parecia mais saudável. Alexandra Feodorovna também parecia mais saudável. (…) Na Liturgia, é costume a um certo ponto ler uma oração. Nesta altura, por alguma razão, o diácono, em vez de a ler, começou a cantá-la, e eu, um pouco envergonhado por esta mudança do ritual. Mas tínhamos começado a cantar secretamente quando os membros da família Romanov, atrás de mim, caíram de joelhos (…)”
A Sexta-Feira, dia 17 de Julho de 1918, amanheceu quente e peirenta. O dia decorreu normalmente para a família. Às quatro da tarde, Nicolau e as suas filhas deram o seu passeio habitual no jardim. Ao final da tarde, Yurovsky mandou o ajudante de cozinha Leonid Sedinev de 15 anos, afirmando que um tio o queria ver. Às 7 horas, Yurovsky convocou todos os homens da Tcheca ao seu quarto e ordenou-lhes a recolher todos os revolveres dos guardas que se encontravam do lado de fora. Com 12 armas poisadas em cima da mesa, ele disse, “Esta noite vamos matar a família inteira. Todos eles.”
Os antigos Czar e Czarina e toda a sua família, incluindo Alexis, gravemente doente, bem como alguns servos leais, foram executados pelos bolcheviques na cave da Casa Ipatiev na madrugada de 18 de Julho de 1918. Pouco antes da execução, Alexandra queixou-se do facto de não ter cadeiras onde se sentar e o seu pedido foi satisfeito prontamente quando um guarda lhe trouxe duas. Alguns minutos depois, um grupo de guardas, cada um deles escondendo um revolver, entrou na sala. O seu líder, Yurovsky, leu casualmente a sentença, “Os vossos parentes tentaram salvar-vos. Eles falharam e agora temos de vos matar.” Nicolau levantou-se da sua cadeira e teve apenas tempo de perguntar, “O quê?” antes de ser baleado na cabeça.
Alexandra assistiu à morte do marido e de dois servos antes do comissário Peter Ermakov a matar com uma bala que perfurou o lado direito da sua cabeça antes de a permitir fazer o sinal da cruz. Ermakov, bêbado, apunhalou o seu cadáver e o do seu marido, partindo-lhes várias costelas. Alexandra estava deitada junto ao seu marido Nicolau, banhada numa poça de sangue.