Disciplina: BMP0225 - Proteômica
Proteomics (Part I)
O objetivo principal desta disciplina é introduzir a Proteômica como ciência e técnica para estudar a modulação das proteínas envolvidas em diferentes condições fisiopatológicas. Além de uma visão geral sobre as técnicas e as diferentes estrategias, serão enfatizadas as principais aplicações da Proteômica em Biologia e Medicina. O grande suporte da Proteômica no estudo de sistemas biológicos com uma abordagem de "systems biology" representa hoje uma etapa fundamental em todas as disciplinas.
Esta disciplina pretende estimular o raciocínio, a análise crítica e a capacidade de integrar os conhecimentos básicos de Bioquímica, Biologia Celular e Química em uma ciência que permite uma abordagem com aplicações em doenças. Estes são aspectos fundamentais para o estudo das proteínas (identificação e quantificação) com uma abordagem inovadora. Serão estudadas as proteínas oferecendo aos alunos uma visão abrangente: 1) Que é a proteômica?; 2)Metodologias para analisar as proteínas em larga escala: espectrometria de massas mas também outras técnicas como "protein array"); 3) Diferença entre estrategia"top down" e "bottom up"; 4) Extração de proteínas; 5) Que é espectrômetro de massa para biomoleculas: fonte de ionização (MALDI-ESI), analisadores e detectores; 6) Como é um espectro de massa MALDI e ESI; 7) Fragmentação dos peptídeos e interpretação dos espectros MS/MS (CID-ETD); 8) Busca nos bancos dos dados;
9) Aplicações: "systems biology", sinalizacao celular, "chemical proteomics" e "interaction proteomics"; 10) Tecnicas de
8494239 - Giuseppe Palmisano
Para contemplar o programa e atingir os objetivos propostos serão ministradas aulas teóricas seguidas de aulas práticas. As aulas práticas serão ministradas com a participação efetiva dos alunos, com realização de experimentos e analise de dados seguidos de discussão. O objetivo é aplicar uma inteira estrategia de proteômica, com a utilização de alguns modelos, introduzi-los aos principais métodos empregados no estudo com espectrometria de massa na analise dos dados.
Para a avaliacao serao considerados a frequencia nas aulas teoricas e praticas e apresentacao de seminario de artigos publicados.
Serão considerados aprovados os estudantes que obtiverem avaliacao final igual ou superior a cinco (5,0) e com frequência igual ou superior a 70%. Alunos com média inferior a três (3,0) ou com frequência inferior a 70% serão considerados reprovados na Disciplina, sem direito à Recuperação. Os estudantes reprovados com média entre três (3,0) e quatro e nove (4,9) serão submetidos à Prova de Recuperação, a ser realizada no mesmo semestre letivo. A nota da prova de Recuperação será usada para compor a média final com a nota obtida antes da recuperação.
Para a realização da prova de recuperação, o aluno deverá ter média igual ou superior a 3,0 (três) e
frequência igual ou superior a 70%. A prova de recuperação será dissertativa e com conteúdo cumulativo, devendo ser realizada no mesmo semestre letivo da disciplina
1)	Mass spectrometry-based proteomics. Aebersold R. and Mann M. Nature 422, 198-207 (13 March 2003) | doi:10.1038/nature01511;
2)	The abc's (and xyz's) of peptide sequencing. Steen H. et al. Nature Reviews Molecular Cell Biology 5, 699-711 (September 2004) | doi:10.1038/nrm1468;
3)	Mass Spectrometry for Proteomics. Han et al. Curr Opin Chem Biol. Author manuscript; available in PMC Oct 1, 2009.
4)	Quantitative mass spectrometry in proteomics: critical review update from 2007 to the present. Bantscheff et al. Anal Bioanal Chem. 2012 Sep;404(4):939-65. doi: 10.1007/s00216-012-6203-4. Epub 2012 Jul 8.