A SCT é causada por toxinas produzidas pela bactéria Staphylococcus aureus. Esta bactéria é um microorganismo que, como muitas outras bactérias, se encontra no corpo das pessoas saudáveis de forma natural, habitualmente na pele, nariz, axilas, virilhas e vagina. Na verdade, cerca de um terço da população tem esta bactéria no seu corpo sem que isso represente um problema de saúde.
A maioria das estirpes da bactéria Staphylococcus aureus não produzem toxinas que possam causar a SCT, e só determinadas estirpes desta bactéria é que as produzem. Além disso, a presença de uma estirpe bacteriana geradora destas toxinas, apesar de ser necessária para o desenvolvimento da SCT, não é suficiente. Na verdade, muitos estudos indicam que a colonização por parte destas bactérias é muito comum, enquanto que os casos da SCT são raros. Então, de que é que depende o desenvolvimento da SCT? Principalmente, da presença ou ausência de anticorpos contra estas toxinas no corpo de uma pessoa. A maioria das mulheres, embora nem todas, têm um nível de anticorpos suficientes que as protegem contra estas toxinas.
A SCT pode manifestar-se tanto em mulheres como em homens e crianças. O desenvolvimento da SCT é muito mais provável em crianças e jovens do que em idosos, uma vez que a existência de anticorpos contra as toxinas que provocam a SCT depende, em parte, da idade.
Aproximadamente metade dos casos detetados ocorreram como resultado de infeções causadas por uma queimadura, picada de inseto ou intervenção cirúrgica. A outra metade foi detetada em mulheres menstruadas, aquilo que se designa por SCT menstrual, estando associada ao uso de tampões.