Ao afirmar a necessidade de uma ciência que estudasse o ser enquanto ser, voltada para os primeiros princípios e as causas mais elevadas, Aristóteles distinguiu-a como filosofia primeira e deu, assim, o primeiro passo para o advento da reflexão ontológica, dois mil anos antes da entrada do termo "ontologia" no vocabulário filosófico.
Ontologia (do grego ontos, "ser", "ente"; e logos, "saber", "doutrina") é, em sentido estrito, o "estudo do ser" e, desse modo, pode equivaler à metafísica. Uma vez que esta, com o tempo, passou a incluir outros tipos de pesquisa e reflexão (cosmológicos e psicológicos por exemplo), desde o século XVII, e sobretudo na filosofia moderna, o termo ontologia passou a designar o estudo do ser enquanto tal.
Para Aristóteles, além das diversas ciências, que se interessam por partes do ser, isto é, que atentam para determinados aspectos da existência, na observação do mundo concreto e de suas circunstâncias contingentes e mutáveis, deveria haver uma abordagem do ser enquanto ser, isto é, do ser em geral, independentemente das situações em que as coisas ou seres particulares se apresentam. Essa filosofia primeira, que os filósofos de início chamaram "metafísica", constituiria, segundo Aristóteles, um saber universal, pois se interessaria pelas primeiras causas e princípios de tudo o que existe, ou por aquilo em que tudo pode adquirir existência.
Há duas maneiras possíveis de entender a ontologia, ou seja, dois aspectos segundo os quais se pode estudar o ser. O primeiro é o aspecto dito "existencial": a ontologia, nesse caso, consiste em um saber sobre aquilo que é fundamental ou irredutível, comum a todos os entes singulares. Em outros termos, seria a ciência de um ente primeiro ou primordial em que todos os demais se sintetizam.
A segunda maneira de conceber a investigação ontológica refere-se ao aspecto "essencial" do ser e estabelece como meta a determinação daquelas leis, estruturas ou causas do ser em si. Alguns filósofos preferem separar a metafísica, identificada com a ontologia de tipo "existencial", de uma ontologia propriamente dita, definida como teoria formal dos objetos. Outros se opõem a essa divisão e defendem a unidade filosófica no estudo do ser.
Como disciplina especial da filosofia, a ontologia foi cultivada desde o século XVIII por autores da tradição escolástica e de outras tendências. O filósofo racionalista alemão Christian Wolff, graças a quem o termo ontologia ganhou projeção, diferenciou-a das demais ciências particulares, atribuindo-lhe caráter dedutivo abstrato e estruturando-a mediante a análise de conceitos como ser, possibilidade e realidade, quantidade e qualidade, causa e efeito etc.
Tendência oposta à de Wolff manifesta-se nas doutrinas materialistas de Spinoza, dos empiristas ingleses Hobbes e Locke e dos materialistas franceses do século XVIII. Para esses pensadores, o conhecimento dos conteúdos objetivos e concretos (por oposição ao aspecto formal e abstrato, metafísico), propiciado pelas ciências experimentais, abalava a idéia de ontologia como filosofia primeira ou disciplina filosófica superior.
Na Alemanha, Kant, o grande sucessor de Wolff, refutou a chamada "prova ontológica" da existência necessária de Deus (proposta na Idade Média por santo Anselmo e defendida, com alterações, por Descartes), e combateu, assim, a ontologia como sistema dedutivo. De modo geral, a crítica formulada pelos representantes do idealismo clássico alemão (principalmente Kant e Hegel) apresentava a ontologia com um caráter duplo: de um lado, era declarada vazia de conteúdo e tautológica; de outro, reconhecia-se a necessidade de uma disciplina filosófica fundamental, que representasse, de modo mais aperfeiçoado, aquilo a que a ontologia se propusera. Assim, sustentava-se a substituição da ontologia pela filosofia transcendental (Kant) ou pela lógica (Hegel).
Desde o fim do século XIX, em conseqüência da reação ao avanço das correntes idealistas subjetivas, foram elaboradas tentativas de fundamentar uma nova ontologia sobre bases idealistas objetivas. Tornaram-se significativas, nesse sentido, a ontologia transcendental, de Edmund Husserl; a ontologia crítica, de Nicolai Hartmann; e a ontologia fundamental, de Martin Heidegger.
Husserl postulou uma filosofia independente das ciências naturais e de qualquer recurso à psicologia, referida a outro tipo de objeto ou de realidade: as essências, ou "unidades ideais de significação". Como ciência das essências, a ontologia poderia ser de dois tipos: formal, que constituiria o fundamento de todas as ciências, e se interessaria pelas essências que apresentam correspondência com todas as outras essências; ou material, que consiste num conjunto de ontologias "setoriais", e constitui o fundamento das ciências dos fatos, baseada na ontologia formal (pois todo fato participa de alguma essência).
Para Hartmann, a "ontologia analítica e crítica" era distinta da ontologia dos escolásticos e racionalistas, que pretendiam chegar à existência (ou seja, a uma "lógica dos entes") a partir da construção de um saber sobre as essências. Hartmann preferia ver na ontologia não a tentativa de resolver todos os problemas, mas o reconhecimento daquilo que é metafisicamente insolúvel. Assim, procedia por uma reflexão não apriorística sobre todos os aspectos do real, com categorias obtidas de diversos tipos de experiência (científica, cotidiana etc.). Examinava os "momentos" do ser (existência e essência), suas "maneiras" (realidade e idealidade) e "modos" (possibilidade, realidade, causalidade, necessidade).
A "ontologia fundamental" proposta por Heidegger foi concebida como uma "metafísica da existência". Não se tratava, porém, de uma ontologia abstrata (sistema de categorias), nem de uma teoria sobre os objetos: Heidegger quis evitar as idéias filosóficas correntes sobre o ser, bem como as concepções prévias sobre o ser em geral. É preciso, segundo ele, destruir a ontologia tal como foi tradicionalmente entendida e buscar (por meio da fenomenologia por ele proposta) uma compreensão da existência fundada na finitude e que permita o acesso à realidade do ser.