O marco de surgimento do IPVDF é o Laboratório de Biologia Animal, fundado em 1942, e que funcionou junto à Secretaria da Agricultura, em Porto Alegre, RS. Em 1944, foi transformado em Instituto de Biologia Animal, localizado em um velho sobrado na Rua dos Andradas, ao lado do Correio do Povo.
A construção do IPVDF teve início em 1945 e, em 1948, começou a funcionar o Laboratório de Febre Aftosa. Anos após a criação do Instituto, faleceu o Dr. Desidério Finamor, Secretário da Agricultura. Em sua homenagem, o então diretor do Instituto, Dr. Sylvio Torres, o denominou Instituto de Pesquisas Veterinárias Desidério Finamor.