Em seguida, criei uma tabela em cada database para tentar fazer um join entre elas por um campo char.
Nessa mesma hora alguém vai te perguntar se é possível alterar a Collation de uma dessas databases (isso já aconteceu comigo). Entretanto, alterar a collation de uma database pode gerar problemas em outras queries.
Para sair dessa situação, você pode converter a collation de uma das tabelas antes de realizar a comparação no join:
Uma pessoa estava precisando retirar todos os acentos de uma coluna para utilizar em uma comparação e também me falaram que alguém já tinha feito uma função massa que varria toda a string e fazia essa operação.
Contudo, bastava converter a collation conforme o exemplo abaixo para retirar toda acentuação dessas colunas:
Acho que esse código ficou um pouco mais rápido de se fazer do que uma função que varre toda a string. =)
Curiosamente, alguns dias após ter acontecido esse problema e ter resolvido o mesmo, fui fazer a prova de certificação e tinha uma questão falando justamente disso.