De acordo com as investigações do MPF, usando recursos federais para reconstrução da cidade, os envolvidos teriam, por dispensa de licitação, direcionado a contratação em favor da Vital Engenharia Ambiental sem observância do princípio constitucional da isonomia entre os possíveis interessados e sem preocupação com a proposta mais vantajosa para a administração. Dentre as irregularidades identificadas pelo MPF, estão: fraude na escolha da empresa, bem como pagamentos em indevida duplicidade, em valores superiores aos limites permitidos por lei; pagamentos integrais por serviços medidos de forma inconsistente; pagamentos ilícitos por serviços prestados em proveito de particulares e retardamento da publicação do ato de dispensa de licitação.
Além das sanções por ato de improbidade administrativa (entre as quais a proibição de contratar com o poder público e receber incentivos fiscais), os réus foram também condenados a ressarcir os cofres públicos pelos danos causados. O ex-prefeito, o ex-secretário de Governo e a empresa devem devolver, cada um, R$ 70 mil, enquanto o ex-secretário de Obras deve ressarcir o erário em R$ 10 mil.
Ainda de acordo com o Ministério Público, ao receber verbas federais para lidar com a situação de calamidade após as chuvas de janeiro de 2011, a Prefeitura de Nova Friburgo teria cometido diversos atos ilegais. Após a realização de uma operação de busca e apreensão de documentos, o MPF constatou a existência de 42 procedimentos relacionados ao repasse de R$ 10 milhões pela União, quando somente 15 haviam sido encaminhados ao órgão.