O Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (Iphan) consentiu a reforma simplificada do museu, que é considerado um patrimônio histórico nacional. Por isso, a reforma não pode alterar as características originais do prédio. Devem ser restaurados os sistemas hidráulico e elétrico e o madeiramento do piso e teto.
Em novembro de 2015, o Conselho Consultivo do Patrimônio Cultural do Iphan, em Brasília, aprovou o tombamento do prédio da Estação Telegráfica Presidente Pena, construída pela Comissão Construtora de Linhas Telegráficas do Mato Grosso ao Amazonas (Comissão Rondon).