O Município de Mocajuba se originou de um pequeno povoado denominado Maxi, formado no Rio Tueré ou Tauaré.
Maxi apresentava poucas residências e apenas uma igreja, sendo elevada à categoria de Freguesia, através da Resolução nº 228, de 20 de dezembro de 1853. Posteriormente houve mudança da sede municipal, recaindo sobre a localidade chamada Sítio Mocajuba, de propriedade de João Machado da Silva, que doou área de terra para constituição de patrimônio.
A denominação do Sítio Mocajuba predominou sobre a da Freguesia e, em 16 de outubro de 1854, através da Lei nº 271, a antiga Freguesia de Maxi passou a denominar-se Mocajuba, sob a intervenção de Nossa Senhora da Conceição. Em 05 de abril de 1872, através da Lei Provincial nº 707, foi criado o Município de Mocajuba, com território desmembrado de Cametá.
Pelo Decreto Lei Estadual nº 8, de 04 de novembro de 1930, o Município de Mocajuba foi extinto, com território anexado ao de Baião. Mocajuba foi restaurado na condição de sub-prefeitura, pelo Decreto Estadual nº931, de 22 de março de 1933. A Lei Estadual nº8 de 31 de outubro de 1935, restaurou o Município de Mocajuba.