Em 1761, Burgoyne foi eleito para o Parlamento, representando Midhurst. Um ano depois, foi despachado para Portugal com a patente de general de brigada. Após a perda de Almeida para os espanhóis, Burgoyne impulsionou a moral dos Aliados e ganhou fama com a captura do Valencia de Alcántara. Em outubro daquele ano, voltou a triunfar ao derrotar os espanhóis na Batalha de Vila Velha. No decorrer da luta, Burgoyne ordenou ao Tenente Coronel Charles Lee que atacasse uma posição da artilharia espanhola que foi capturada com sucesso. Em reconhecimento ao seu serviço, Burgoyne recebeu um anel de diamante do Rei de Portugal e mais tarde teve o seu retrato pintado por Sir Joshua Reynolds.
Com o fim da guerra, Burgoyne voltou para a Grã-Bretanha e em 1768 foi novamente eleito para o Parlamento. Um político eficaz, foi nomeado governador de Fort William, na Escócia, em 1769. Falando abertamente no Parlamento, ele ficou preocupado com os assuntos indianos e regularmente atacava Robert Clive , bem como a corrupção na Companhia das Índias Orientais. Seus esforços levaram à aprovação do Ato Regulamentar de 1773, que trabalhou para reformar a gestão da empresa. Promovido a major-general, Burgoyne escreveu peças e versos nas horas vagas. Em 1774, sua peça The Maid of the Oaks foi encenada no Drury Lane Theatre.