A FAP tem como objetivos principais:
Prestar assistência social sem discriminação de gênero, etnia, orientação sexual e religiosa, bem como a pessoa com deficiência.
Participar do combate à tuberculose e a outras patologias.
Participar do desenvolvimento dos conhecimentos científicos relativos aos vários aspectos da tuberculose e de outras doenças infecciosas, parasitárias e degenerativas que ocorrem no Brasil.
Preparar a vacina BCG, dentro das recomendações da Organização Mundial de Saúde, destinada a proteção contra a tuberculose e, em obediência a princípios correlatos, à estimulação da imunidade não específica, em diferentes patologias humanas. (A Vacina BCG é o único imunobiológico no qual o país sempre foi autossuficiente. Atendemos a 100% da demanda nacional.)
Produzir, fabricar, beneficiar, preparar, extrair e fracionar insumos, alimentos, fármacos, medicamentos, imunobiologicos e correlatos;
Manter laboratórios próprios e equipes de experimentadores (bacteriologistas, imunologistas, bioquímicos, hematologistas e outros especialistas) que deem cumprimento às finalidades constantes neste artigo, inclusive com controle, certificação e garantia da qualidade.
Manter as áreas de produção, comercialização e distribuição de vacinas, medicamentos, matérias-primas, podendo, para tanto, importar, exportar, manipular, fracionar, embalar, reembalar, armazenar e distribuir.
Cooperar com os poderes públicos na luta contra a tuberculose e sugerir, quando julgar necessários, medidas concernentes à consecução desse objetivo.
Manter as áreas destinadas a ministrar cursos, treinamento e outras atividades educacionais, destinadas à formação de diversos profissionais.
Não poderá distribuir resultados , dividendos, bonificações, participações ou parcelas de seu patrimônio, sob nenhuma forma ou pretexto, por ser uma fundação privada;
Manter o Preventório Rainha Dona Amélia.
Manter o Ambulatório Azevedo Lima.
Manter o Centro de Pesquisas Arlindo de Assis.
Aplicar integralmente suas rendas, recursos e, eventual resultado operacional, na manutenção e desenvolvimento dos objetivos institucionais, no território nacional.