Os riscos mais considerados são: deixar de identificar alguns (poucos) recém-nascidos afetados (falso-negativos), causar ansiedade aos genitores nos casos falso-positivos, detectar alguns casos de falsa paternidade, detectar doenças para as quais o tratamento não é efetivo.
É necessário ter em conta que, para algumas doenças, existem variantes que só se manifestam mais tardiamente na vida e levam a diagnósticos falso-negativos.
Fenilcetonúria. É um erro inato do metabolismo, de etiologia autossômica recessiva, resultante da ausência ou deficiência quase completa de atividade da enzima fenilalanina hidroxilase, que leva ao aumento da concentração de fenilalanina plasmática e aumento da excreção urinária de ácido fenilpirúvico. O nível de fenilalanina no sangue é superior a 10 mg/dL ou 600 μmol/L. De acordo com os níveis de fenilalanina, classificam-se como fenilcetonúria leve os casos que se situam entre 10 (600 μmol/L) e 20 mg/dL (1.200 μmol/L), e como fenilcetonúria clássica os casos com níveis acima de 20 mg/dL (1.200 μmol/L). Valores entre 4 mg/dL (240 µmol/L) e 10 mg (600 µmol/L) são encontrados nas hiperfenilalaninemias transitória ou permanente, dependendo da evolução, e não necessitam tratamento dietético. É necessário, no entanto, ter atenção com o aumento de fenilalanina em indivíduos do sexo feminino, pois a hiperfenilalaninemia permanente, tanto quanto a fenilcetonúria, pode causar nos filhos o quadro reconhecido como fenilcetonúria materna (microcefalia, retardo mental e cardiopatia congênita). É necessário também o diagnóstico diferencial com a deficiência de BH4, uma coenzima da fenilalanina hidroxilase. A incidência da fenilcetonúria varia nos diversos estados e regiões, de 1:21.000 a 1:13.500 nascidos vivos. Os afetados, se não tratados precocemente, freqüentemente desenvolvem retardo mental e distúrbios do comportamento. O tratamento consiste na restrição de fenilalanina da dieta com monitorização dos níveis de fenilalanina séricos.
Hipotireoidismo congênito. É a deficiência do hormônio tireoidiano ao nascimento e representa uma das principais causas tratáveis de retardo mental, com incidência de 1:4.000 a 1:3.000 nascidos vivos. É determinado, em geral, por alguma forma de disgenesia tireoidiana, sendo que 85% dos casos são esporádicos, existindo diversas etiologias. A triagem é feita com dosagens do hormônio tireóide-estimulante (TSH) e da tiroxina livre. O tratamento é a reposição oral de levotiroxina, com monitorização clínica do desenvolvimento e do crescimento, e dos níveis sangüíneos dos hormônios. Em pequeno percentual de casos, o hipotireoidismo congênito pode se dever a defeitos na síntese hormonal, de natureza autossômica recessiva.
Doença falciforme. É um grupo de doenças caracterizadas pela produção anormal de cadeias β da hemoglobina, o que determina anemia por hemólise crônica, além de episódios intermitentes de oclusão vascular, acompanhados de dor intensa e outras complicações. A incidência é de 1:2.500 a 1:1.000 nascidos vivos, e a etiologia é autossômica recessiva. A triagem neonatal pode identificar indivíduos com outras hemoglobinopatias e também portadores. Profilaxia de infecções, imunizações, educação da família para identificação e procura de tratamento rápido para as principais complicações reduzem a morbidade e a mortalidade.