Paraty surgiu em meados de 1500. O povoamento iniciou-se no Morro do Forte. Por volta de 1640 o povoado – em crescente desenvolvimento – transferiu-se para o local atual onde construiu-se a primeira Igreja Nossa Senhora dos Remédios. Outras igrejas foram construídas como: a Igreja de Nossa Senhora das Dores (1800), Igreja de Nossa Senhora do Rosário e São Benedito (1725) e a Igreja Santa Rita (1722).
Seu maior desenvolvimento urbano se deu nos séculos XVII e XVIII em consequência do "Caminho do Ouro", que ligava o Rio de Janeiro a São Paulo e Minas Gerais, no chamado Ciclo do Ouro, onde o porto de Paraty na época chegou a ser o segundo mais importante do Brasil, por ele passavam ouro, café, especiarias.