Foi priorado da apresentação do Cabido da Sé de Coimbra. É povoação muito antiga, sendo já mencionada nas inquirições de D. Afonso III, nas quais se diz que é detentor do padroado da sua igreja Estêvão Joanes, alcaide da Covilhã. Foi outrora designada por S. Paio de Codeço. Pelo decreto de 28 de Julho de 1919 passou a ter a designação actual.
Ao livro M1 desta freguesia foi cosido um livro misto de baptismos, casamentos e óbitos da paróquia de São Paio de Farinha Podre (Penacova) com as datas extremas de 1594 -1720, o qual está devidamente inventariada no respectivo fundo a que pertence.

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