Os primeiros passos do Projeto foram dados ainda em 1991, quando as ACIs de Joinville, Brusque e Blumenau começaram, com apoio da Câmara de Artes e Ofícios(HWK) de Munique e Alta Baviera, a fazer as primeiras reuniões com empreendedores da região. Logo a idéia foi encampada por 17 ACIs do norte e nordeste de Santa Catarina, criaram a Fundação Empreender em 1996.
O objetivo inicial foi melhorar o gerenciamento e aumentar a competitividade das empresas. Por causa do sucesso no desenvolvimento das ACIs do norte/nordeste de Santa Catarina, de seus núcleos e empresas participantes, a FACISC(Federação das Associações Comerciais e Industriai de Santa Catarina) e o SEBRAE/SC lançaram o Projeto Empreender, a nível estadual em 1997, para disseminar esta experiência para outras regiões do Estado.
A partir do ano 2001, com apoio do Sebrae Nacional e da CACB (Confederação das Associações Comerciais do Brasil), o Projeto Empreender começou a ser ampliado para 18 estados brasileiros e o Distrito Federal. Nesta etapa estão sendo ampliadas as parcerias, visando maior engajamento entre entidades do comércio, indústria, serviço e agricultura, por meio de sindicatos.