No dia 15 de abril, Castelo Branco foi investido no poder presidencial, inaugurando uma série de governos militares no país. No dia 17 de julho, com a justificativa de que as medidas de reestruturação política e econômica adotadas ou por adotar não se poderiam concretizar no prazo de vigência do AI-1, o Congresso aprovou por maioria absoluta a prorrogação do mandato de Castelo Branco até 15 de março de 1967, adiando as eleições presidenciais para 3 de outubro de 1966. Esse adiamento desagradou os civis que haviam apoiado a revolução, os quais, sentindo-se alijados e frustrados em sua expectativa de participar das eleições no ano seguinte, passaram a críticos intransigentes do governo. Nesse grupo destacou-se Carlos Lacerda, governador do então estado da Guanabara e candidato virtual da UDN à presidência da República. Essa candidatura foi de fato confirmada na convenção nacional do partido, realizada no dia 8 de novembro de 1964.
Até o fim desse ano o governo prosseguiu em seus expurgos, não admitindo a defesa dos acusados. As listas sucessivas impuseram punições diversas a cerca de 3.500 pessoas — entre as quais o ex-presidente Juscelino Kubitschek, que se exilou voluntariamente em Paris — enquanto centenas de inquéritos policial-militares (IPM) eram instaurados para apurar “as atividades comunistas no Brasil”.