No Brasil, o processo de democratização foi acompanhado de um crescimento diversificado de organizações dedicadas a múltiplos aspectos do desenvolvimento humano – mulheres, crianças, camponeses sem terra, povos indígenas, comunidades tradicionais, população carcerária, etc.
Assim como em muitas democracias emergentes, a queda do regime autoritário não trouxe soluções imediatas para práticas há muito estabelecidas de violação de direitos humanos, tais como a violência institucional, racial, de discriminação por gênero e acesso desigual à justiça.
A multiplicação de grupos dedicados à defesa de direitos humanos, dispersos sobre o enorme e diversificado território nacional, continua a ter papel central na consolidação do estado de direito. Entretanto, a distribuição sobre a imensidão geográfica do Brasil provoca o isolamento, prejudicando a visibilidade e ameaçando a sobrevivência dos grupos.
Diante dessa constatação, um grupo de defensores dos direitos humanos com longa experiência de luta nessa área assumiu o desafio de encontrar formas alternativas para garantir a sustentabilidade dos trabalhos nesse campo e decidiu levar adiante a proposta de criação de uma fundação - o Fundo Brasil de Direitos Humanos. A fundação foi oficialmente instituída em dezembro de 2005 e implantada ao longo do ano de 2006.