Com a crise do café, no idos de 1930, a produção do grão acaba se tornando pouco rentável, o que obriga a migração de cultura em várias partes do Brasil. Na Fazenda Santo Antônio não foi diferente.
As décadas foram passando e aquela cachaça artesanal passou a ser cada vez mais objeto da cobiça dos herdeiros. Então, sob a tutela de Ângelo Bortoleto surge a idéia de se fundar uma indústria de aguardente, desafio aceito pelos irmãos Jocondo, Ângelo e João Zambianco e os cunhados Antônio e Ângelo Bortoleto.
Com os anos as mudanças administrativas foram ocorrendo, hoje em dia a Usina Pederneiras é administrada apenas pela família Zambianco, que foi crescendo a indústria ao longo das décadas.
A primeira grande mudança na indústria ocorreu em 1994, quando a diretoria passou a diversificar o mix, até então voltado 100% para a fabricação de cachaça, passando então a produzir xarope, comercializado para a multinacional Ajinomoto.
Em 1998 é adquirida a primeira coluna de álcool, passando a usina a produzir, além da cachaça e do xarope, álcool hidratado. Em 2002 uma fábrica de açúcar é instalada na unidade fabril, completando o mix da indústria, que em 2003 para de fabricar cachaça para se dedicar exclusivamente a produção de açúcar e álcool.
Inaugurada em 5 de abril de 1957, a então Indústria de Aguardente Pederneiras Ltda, precursora da atual Usina Pederneiras, foi a cristalização de um sonho acalentado pelos irmãos Zambianco e os cunhados Bortoleto. Mas a história da Pederneiras começa ainda no século 19, quando o bisavô da atual geração, Marcos Zambianco, chegou ao Brasil em 1888, imigrante italiano, que trabalhou duro nas fazendas de café, até que em 1923, com suas economias guardadas, adquiriu uma área de 116 alqueires na cidade de Tietê-SP, fundando assim a Fazenda Santo Antônio.
As terras onde hoje brotam cana-de-açúcar, e servem de sede para a Usina Pederneiras, foram inicialmente cultivadas com café. Pequena parte apenas era desviada para a cana a fim de produzir-se a tradicional cachaça, ainda artesanal.