A tramitação dos processos, no entanto, não ocorre sem entreveros. Uma das denúncias do MP contra o ex-executivo da Siemens Marco Missawa foi arquivada pelo juiz Rodolfo Pellizari. Especialistas consultados pelo EL PAÍS afirmam que é bastante raro que o juiz peça o arquivamento de uma denúncia robusta do Ministério Público. No final de 2015 o Ministério Público recorreu da decisão, e o Tribunal de Justiça de São Paulo determinou em dezembro passado que o magistrado aceite a denúncia: "Da mesma forma como não se aceita condenação precipitada, desrespeitando-se os princípios do contraditório e da ampla defesa, também não se aceita decisão prematura", disseram os juízes.
O promotor Marcelo Mendroni, responsável pelo processo, questiona a isenção deste juiz para julgar um caso que ele já mandou arquivar. “Fica difícil não dizer que haverá uma certa suspeição, uma vez que o juiz achava que a evidência não era suficiente nem para aceitar a denúncia, dificilmente vai achar suficiente para condenar”, afirma. “Mas não há o que fazer”. Mendroni diz também que não é possível comparar as investigações do cartel de trens em São Paulo com a Lava Jato, uma vez que as operação que apura corrupção na Petrobras conta com uma força-tarefa com vários promotores: "Aqui nós vamos nos desdobrando". O promotor acredita que ainda neste semestre terá início o julgamento.
A figura mais emblemática da suposta impunidade tucana é o ex-governador de Minas Gerais Eduardo Azeredo (PSDB). Ele foi condenado em dezembro de 2015 a 20 anos e dez meses de prisão em regime fechado por peculato e lavagem de dinheiro no caso conhecido como mensalão tucano, ocorrido há 17 anos. Os crimes, supostamente ocorridos em 1998, foram denunciados pela Procuradoria-Geral da República apenas em 2007. No ano passado, após a PGR pedir pena de 22 anos para o então deputado federal, ele renunciou ao mandato. Com isso, ele perdeu o foro privilegiado mas ganhou tempo, pois o julgamento do seu caso voltou para a Justiça comum, em primeira instância. Entre o Supremo Tribunal Federal –que o julgaria se mantivesse o foro– enviar o processo de volta à Vara correspondente e a juíza Melissa Pinheiro Costa Lage emitir sua decisão nesta quarta, se passaram 21 meses. Como a decisão foi de primeira instância, ele poderá aguardar a tramitação de seus recursos em liberdade, e existe a expectativa de que os crimes atribuídos a ele tenham prescrito antes de acabarem os recursos. Neste caso, Azeredo não chegará a cumprir pena alguma.