Os fungos anaeróbios são integrantes da microbiota ruminal de animais alimentados com dietas fibrosas e seu crescimento é estimulado por aminoácidos, ácidos graxos voláteis, carboidratos fermentáveis, baixas concentrações de ácidos graxos de cadeia longa e por várias vitaminas. O estabelecimento dos fungos na microbiota ruminal ocorre com o contato entre animais jovens e adultos. A transferência desses microrganismos se dá através da saliva, ar, alimentos contaminados, esterco do curral e contato bucal com as tetas das vacas, com o solo e pastagem. Com todas estas formas de contágio a colonização precoce é possível, pois tais fungos podem utilizar lactose como fonte de carbono, além disso, a ingestão e sobrevivência de poucas células de uma espécie são suficientes para a colonização do ambiente ruminal, pois a zoosporulação é uma eficiente forma de reprodução.
Diversos autores constataram a população de diferentes espécies de fungos em animais com duas semanas de vida. Esta microbiota torna-se estável em nível de população em animais com 6 a 8 semanas de vida. Theodorou et al. (1993) sugere a possibilidade de elevada transferência de fungos ruminais entre espécies (bovinos, ovinos), pois cultivou fungos anaeróbios a partir de amostras da digesta de cada compartimento do trato digestório posterior de bovinos e ovinos, e cultivou também a partir das amostras de fezes obtidas das áreas de pastagens. O sucesso no cultivo de fungos anaeróbios a partir destas amostras comprovou a presença de zoósporo em todas as amostras analisadas.
O papel dos fungos no rúmen foi descoberto recentemente. Os fungos atuam, sobretudo, na digestão da fibra, pois a biomassa de fungos aumenta substancialmente em dietas ricas em volumosos e estão praticamente ausentes em dietas ricas em concentrados à base de grãos de cereais. Isto pode ser em função do baixo ph observado no rúmen de animais com dietas a base de concentrado, os fungos são sensíveis ao baixo ph ruminal. Animais alimentados com dietas fibrosas e de baixa qualidade nutritiva apresentam expressiva população de fungos no rúmen, podendo representar até 8% da biomassa ruminal. Recentes experimentos têm mostrado que ao remover os fungos do conteúdo ruminal, ocorre significante redução na produção de gases e degradação da fibra in vitro de dietas fibrosas.
Há evidências de que os fungos Neocallimastix patriciarum, Sphaeromonas communis e Piromonas communis participam ativamente no rompimento físico da fibra por meio de rizóides ou hifas. A ação dos fungos na parede celular diminui a rigidez estrutural das forragens e aumenta a superfície acessível para a ação das bactérias. Wilson e Mertens (1995) desenvolveram uma hipótese que relata a ação das bactérias sobre a digestão da parede celular, mas realçam que, certamente, a presença de alta população de fungos anaeróbicos no rúmen poderia reduzir algumas limitações estruturais da parede celular, por causa dessa capacidade de se fixarem na parede secundária do esclerênquima por introdução dos rizóides, possibilitando uma ação sinérgica com as bactérias. Além disso, os fungos anaeróbios produzem uma variedade de enzimas, as quais possuem atividades celulolíticas, xilanolíticas e amilolíticas. Um estudo feito por Lee et al. (2000) indicou que a adição de fungos, com capacidade fibrolítica elevada, pode aumentar a utilização de nutrientes pelos ruminantes (Tabela 2).