Configure uma máquina dedicada para trabalhar, com criptografia de disco completo. A máquina pode ser uma VM se você não tiver uma reserva disponível, contanto que tudo esteja criptografado. Certifique-se de que ninguém tenha acesso a essa máquina, exceto você. Escolha senhas strongs.
Bloqueia o acesso à rede: sua máquina de desenvolvimento deve ter um conjunto muito restrito de regras de firewall (e um bom firewall). Mais importante ainda, bloqueie todo o tráfego de entrada, exceto o que você realmente precisa: não há razão para permitir tráfego HTTP de entrada, por exemplo. Se for uma VM em execução na sua estação de trabalho local, você não precisará de nenhum acesso à rede, exceto para baixar atualizações de software.
Copie o arquivo RAR para a máquina de desenvolvimento, descompacte-o e coloque os arquivos descompactados no repositório git.
Sempre que você precisar enviar um RAR, exporte a versão HEAD do repositório do git e RAR com uma senha adequada, depois copie-a da máquina de desenvolvimento.
Este método tem algumas vantagens sobre sua abordagem atual: os arquivos descompactados nunca são gravados em disco não criptografados (porque todo o disco da máquina de desenvolvimento é criptografado), e como a máquina de desenvolvimento serve apenas esse propósito, você pode aplicar medidas de segurança mais restritivas - por exemplo, você não precisa executar um navegador da web (você pode fazer isso em sua máquina 'normal'), você não precisa ler nenhum e-mail, você não precisa de coisas como flash, Java, etc. E se em algum momento você parar de trabalhar nesse projeto, você pode simplesmente limpar a chave de criptografia, e tudo que você já sabia sobre o projeto desapareceria. Além disso, a criptografia fornecida pelo TrueCrypt e por soluções de criptografia de disco inteiro semelhantes é muito melhor do que qualquer coisa que o RAR tem a oferecer.
De qualquer maneira, você precisa decidir sobre um modelo de ameaça para se defender e ver qual estratégia funciona melhor.
Se tudo o que você está fazendo é sobrescrever arquivos, não é realmente o controle de versão. Você usa o Controle de Versão para diferentes versões, releases, compilações, etc. de um projeto.
Eu acho que você está olhando para isso da maneira errada. Existe alguma razão pela qual o arquivo rar não pode ser descompactado e os arquivos enviados para um projeto protegido por senha em qualquer número de hosts git / subversion que oferecem um projeto livre?
Isso deve permitir que você configure um repositório local do Subversion no Windows. Qualquer integração com o Subversion IDE deve funcionar. Eu sei ANKSVN para VS faz. Você pode controlar o acesso e solicitar login para acessá-lo. Isso permitirá um controle de versão real para você, mas ainda permitirá que você mantenha tudo local e seja seguro.
Editar # 2: apenas sobrescrever arquivos não é uma prática recomendada. Você não tem nada em que voltar se destruir a funcionalidade ao tentar melhorá-la.
btw ... O RAR pode manipular o controle de versão nativamente (não em conluio com o pessoal do RAR apenas um usuário satisfeito). Consulte este link para obter detalhes.