Foi aos seis anos que Phoenix começou a representar regularmente, tendo tido aulas em casa quando não estava nas gravações. Em declarações à Playboy, o ator revelou que se arrepende de não ter sido mais dedicado à educação. "Ficas mais velho e percebes que havia imenso tempo para investires em ti, em diversas coisas".
Phoenix passou pela reabilitação dveido ao abuso de álcool, cinco meses antes de dar uma entrevista ao The New York Times, em 2005. O ator parecia saudável, tendo revelado que nunca saberia se tinha sido bem sucedido na reabilitação.