Em 1865 algumas regiões da França estavam sendo castigadas por surtos de cólera que infectavam os aviários e matavam inúmeras galinhas. Como não poderia deixar de ser, Pasteur foi mais uma vez convidado a procurar as causas e a solução que impedisse a mortandade desvairada.
Sua primeira ação foi recolher e guardar amostras de bactérias que contaminavam as galinhas. Observando-as tempos depois, verificou que o número de bactérias havia diminuído, talvez por já estarem velhas. Ele então as pegou e as injetou em duas galinhas que adoeceram mas não morreram. Foi o primeiro passo para a criação das vacinas.
Numa segunda etapa Pasteur voltou a injetar uma quantidade maior de bactérias nas mesmas galinhas e em outras escolhidas aleatoriamente. Todas morreram, com exceção das duas primeiras, que estavam literalmente imunizadas com aquela primeira pequena dose de bactérias. Estava criado o processo de vacinação.