Mais tarde, entre os anos de 2007 e 2008, foi designado como vigário paroquial da Paróquia de Nossa Srª de Boa Viagem, na cidade de Boa Viagem, auxiliando o Mons. Luiz Orlando de Lima.
Algum tempo depois, nos primeiros meses de 2010, por conta da divulgação de alguns escândalos, foi afastado dos quadros pastorais da Diocese de Quixadá pelo bispo diocesano, Dom Ângelo Pignoli.
Depois disso, fora do sacerdócio, passou a lecionar pelas extensões da Universidade Estadual Vale do Acaraú e cursava mestrado em educação no Instituto de Desenvolvimento, Educação e Cultura do Ceará.
Segundo informações do Caderno Regional do jornal O POVO, edição do dia 24 de julho de 2014, foi friamente assassinado no dia anterior na parede do Açude Cedro, tendo depois o seu corpo sido jogado pelo criminoso na represa do açude.
“Um professor que já havia exercido o sacerdócio, de 44 anos, foi assassinado no açude Cedro, na madrugada de ontem, na cidade de Quixadá, a 158 quilômetros de Fortaleza. Segundo informações da Polícia Militar, o corpo de Mário Bertoldo Nunes Neto foi encontrado boiando e apresentava pelo menos nove perfurações a faca. Na noite anterior, a vítima teria sido vista na companhia de outro homem, desconhecido das testemunhas, que é considerado suspeito de ter cometido o homicídio. O rapaz, contudo, não foi localizado. A Polícia Civil investiga o caso. O local onde o corpo de Bertoldo foi encontrado, próximo à parede do açude Cedro, é considerado um dos pontos turísticos da cidade. Funcionários da Delegacia Regional de Quixadá informaram que a vítima foi retirada de dentro do açude por moradores da área, com quatro perfurações no tórax, quatro na cabeça e uma no pescoço. Ainda segundo os funcionários, o professor teria chegado às margens do açude acompanhado de um suspeito. Alguns gritos teriam sido ouvidos e, pouco tempo depois, um homem foi visto fugindo. De acordo com o comandante do 9º Batalhão da Polícia Militar de Quixadá, tenente-coronel Ednardo Calixto, a PM recebeu uma denúncia anônima que pode levar ao autor do crime. Porém, ainda não há confirmação de participação do suspeito no crime. Atualmente, Mário Bertoldo era professor do Instituto de Desenvolvimento, Educação e Cultura do Ceará (IDECC). ‘Os policiais encontraram o carro do professor aberto, sem as chaves. Tinha também alguns salgadinhos, que indicavam alguma comemoração. Uma testemunha nos disse que, quase toda noite, ele ia até o local, acompanhado com pessoas diferentes. Mas a de ontem era desconhecida. Eles teriam subido as pedras do açude, mas só um deles foi visto voltando. Como o local é pouco frequentado à noite, achamos que logo mais iremos identificar o suspeito’, contou o comandante. Mário Bertoldo era filho único. Padre da Diocese de Quixadá, ele estava afastado das atividades religiosas há cinco anos.” (O POVO, 2014: Disponível em https://www20.opovo.com.br/app/opovo/cotidiano/2014/07/26/
noticiasjornalcotidiano,3287963/padre-afastado-da-igreja-e-morto-a-facadas.shtml. Acesso no dia 27 de novembro de 2017)