O ministro da Educação comparou a operação desta quarta-feira (27) da Polícia Federal com um episódio brutal do regime nazista e entidades judaicas protestaram com veemência. Numa rede social, Abraham Weintraub escreveu que esta quarta foi o "dia da infâmia, vergonha nacional, e será lembrado como a Noite dos Cristais brasileira". Foi uma referência a um dos momentos mais brutais da perseguição nazista a judeus. Na noite de 9 de novembro de 1938, forças paramilitares nazistas e simpatizantes atacaram, humilharam, mataram e deportaram milhares de judeus. Destruíram mais de 250 sinagogas e depredaram milhares de estabelecimentos comerciais judaicos, espalhando cacos de vidro pelo chão. Entidades judaicas no Brasil e nos Estados Unidos repudiaram, com veemência, a fala do ministro. A Confederação Israelita do Brasil afirmou que "não há comparação possível entre a Noite dos Cristais e as ações decorrentes de decisão judicial no inquérito do STF, que investiga fake news no Brasil", que "as ações do inquérito, por sua vez, se dão dentro do ordenamento jurídico, assegurado o direito de defesa, ao qual as vítimas do nazismo não tinham acesso. A comparação fei ta pelo ministro Abraham Weintraub é, portanto, totalmente descabida e inoportuna, minimizando de forma inaceitável aqueles terríveis acontecimentos, início da marcha nazista que culminou na morte de 6 milhões de judeus, além de outras minorias". O grupo Judeus pela Democracia escreveu que "a ação a mando do STF visa buscar quem financia fake news e evitar novos linchamentos virtuais. A Noite dos Cristais não foi virtual, mas foi o linchamento real de judeus. O objetivo de hoje foi tentar evitar que novas 'Noites dos Cristais' aconteçam com outros povos e pessoas". O Comitê Judaico Americano, a principal entidade judaica dos Estados Unidos, afirmou que "o uso repetido da linguagem do Holocausto como arma política por autoridades do governo brasileiro é profundamente ofensiva aos judeus do mundo e um insulto às vítimas e sobreviventes do terror nazista". A nota conclui dizendo que "isso precisa parar imediatamente". A embaixada israelense no Brasil também pulgou nota. Sem se referir ao ministro da Educação, a embaixada pediu: "em nome da amizade forte entre nossos países, requisitamos que a questão do Holocausto, como também o povo judeu ou judaísmo, fiquem à margem do diálogo político cotidiano e das disputas entre os lados no jogo ideológico. Holocausto nunca mais!"​