1579 - É lançada a 1ª pedra do Colégio de Santo Antão-o-Novo, nos terrenos doados pela Condessa de Linhares. Foi mandado construir pelo Cardeal D. Henrique sob a traça de Baltazar Alvares; 1655 - Conclusão das obras; 1706 / 1750 - Durante o reinado de D. João V o Convento recebeu várias obras de grande sumptuosidade; 1755 - O terramoto provocou enorme ruína no edifício que teve que ser reedificado; 1759 - Com a expulsão dos Jesuítas o Convento passou para a coroa; 1769 - Por carta régia foi instalado no edifício do convento o Hospital Real de São José, que sucedeu ao Hospital Real de Todos os Santos (então situado na actual Praça da Figueira e destruído por um incêndio); 1775 - Entram os primeiros doentes, após obras de adaptação; 1811 - D. Francisco de Almeida, então Enfermeiro-Mor, ordena a construção do pórtico exterior e do muro. Colocação na fachada S. de 8 das 12 esculturas dos apóstolos (que tinham vindo de Roma), provenientes da antiga igreja do convento, que ficaram assentes em pedestais de cantaria proveniente da torre E. da igreja, que ameaçava ruir. A partir desta altura e até hoje, foram feitas várias remodelações interiores e exteriores, alterando a fisionomia primitiva do edifício.