Flávia tem forte ligação com o debate a favor dos direitos humanos da população LGBT. Em seu livro Direitos Humanos e o Direito Constitucional Internacional de 2013, por exemplo, a professora critica o fato de a lei contra tortura no Brasil não incluir o termo orientação sexual. Em toda a obra, sua defesa de reconhecimento da cidadania LGBT.
A doutora em Direito também já se pronunciou a favor do segmento em seminário realizado, em março de 2015, pela Ordem dos Advogados do Brasil, seção São Paulo, que tratou especificamente do tema.
Em artigo no jornal O Globo, publicado em abril deste ano, a nova secretária mostrou a importância de se superar o ódio na sociedade e de se combater a discriminação contra LGBT.
Fundamental é combater o nocivo discurso do ódio em que a palavra carrega a máxima violência do discurso a fomentar a violência multifacetada, física, política, cultural e de aniquilação do “outro”. A intolerância se alimenta de ideologias de superioridade baseadas em diferenças, sejam étnico-raciais, de gênero, idade, nacionalidade, diversidade sexual ou grupo político. É por isso que na democracia tudo se tolera, salvo a intolerância. (trecho do texto intitulado Apelo ao Pluralismo).
Já em entrevista, após ser empossada para o cargo, Flávia disse ter aceito o convite porque precisa lutar para evitar recuos e retrocessos nos Direitos Humanos. Devemos ter esperanças?
A professora de direito constitucional e direitos humanos da PUC-SP Flávia Piovesan aceitou nesta terça-feira (17) convite do presidente em exercício Michel Temer, seu orientador no mestrado, para assumir a Secretaria Nacional de Direitos Humanos. Na nova função, defenderá o respeito ao Estado laico e a inclusão das mulheres no debate sobre o aborto - ao jornal "O Estado de S. Paulo", o ministro da Saúde, Ricardo Barros, afirmou ser preciso ouvir as igrejas.