Em Roma, Francisco de Xavier sente-se muito abalado pela conquista do Reino de Navarra pelo Reino de Castela.
É nesse momento que Dom João III, Rei de Portugal, depois dos sucessivos apelos ao Papa Paulo III para que este lhe envie missionários para espalhar a fé cristã pelos territórios descobertos pelos portugueses, é aconselhado entusiasticamente pelo diretor do Colégio de Santa Bárbara, Diogo de Gouveia, a chamar para os Reino de Portugal os jovens cultos e inteligentes da Companhia de Jesus, que este lhe recomenda. Dom João III pede assim ao embaixador de Portugal em Roma que sonde o grupo e é aí que Francisco de Xavier descobre um caminho para por em prática à sua vocação missionária. É escolhido por Inácio de Loyola e chega à Portugal em 1540.
Em Agosto ancoraram junto da ilha de Moçambique. Nessa altura do ano, os ventos adversos impediram a continuação regular da viagem, tendo a nau invernado ali durante seis meses. Francisco dedicou o seu tempo ao auxílio e tratamento dos doentes. Tendo-se feito de novo ao mar, a nau voltou a aportar em Melinde. Aí, Francisco de Xavier conseguiu de imediato converter alguns africanos, e desejou por força lá permanecer, ao que não foi autorizado por Martim Afonso de Sousa, por essa decisão ser contrária às instruções do Rei.
Sabe-se, através das cartas à Inácio de Loyola, que as primeiras impressões de Francisco de Xavier sobre Goa foram muito favoráveis, tendo ficado entusiasmado com a quantidade de indianos que falava português, com a quantidade de igrejas e de convertidos. No entanto, à medida que foi conhecendo melhor a cidade, apercebeu-se de que muitos dos convertidos praticavam ainda paralelamente cultos hindus e que muitos portugueses davam também a eles mau exemplo, defendendo as virtudes cristãs mas não as praticando. Estrategicamente, decidiu assim dedicar-se numa primeira fase a reencaminhar os portugueses para a verdadeira fé, tendo só posteriormente iniciado o seu trabalho de conversão.
À 20 de setembro de 1543, parte na sua primeira ação missionária para a costa a que os portugueses chamavam “Costa de Pescaria”, na costa oeste do Sul da Índia, a norte do Cabo Comorim, território dos paravás. Nesta região, a prática da pesca era muito popular, prática essa que não era bem encarada pela religião hindu, que reprova a morte de animais. Os pescadores da região foram, portanto, muito receptivos à religião cristã, que não os criticava pela profissão que levavam, usava um peixe como um dos seus símbolos e cujos primeiros apóstolos eram pescadores de peixe tornados “pescadores de homens”.
Ficou a viver numa gruta nas rochas junto ao mar em Manapad, catequizando às crianças paravás intensivamente durante três meses em 1544. Concentrou-se então em converter o rei de Travancore ao Cristianismo, tendo visitado também o Ceilão (atual Sri-Lanka). Insatisfeito com os resultados da sua atividade, partiu ainda mais para o oriente em 1545, planeando uma viagem missionária a Macáçar, na ilha de Celebes (atual Indonésia). Francisco levou alguns destes paravás consigo até Goa, onde os pôs a estudar no seminário, tendo-se eles tornado por sua vez missionários.
Sendo o primeiro jesuíta na Índia, Francisco cometeu alguns erros que levaram às suas missões a não serem mais bem sucedidas. Não respeitando a religião hindu, não tentou fazer a transição desta para o Cristianismo de forma gradual, caindo na tentação de apostar em fazer uma conversão demasiado rápida e brusca. Também não tentou converter primeiro as classes altas para depois chegar aos pobres. Pelo contrário, procurou converter os pobres diretamente, como Jesus Cristo.