No mesmo livro, Rui Barbosa continua descrevendo a Igreja que se uniu ao Império, e comenta: “de perseguida, tornou-se perseguidora”. Logo, todo o poder do Império estava à disposição dos bispos e, liderados pelos Metropolitanos, não hesitaram em perseguir aquelas igrejas que ainda mantinham fielmente o ensino apostólico. Na medida do possível eles procuravam exterminar os verdadeiros servos de Deus, e juntamente com eles destruíam, quando possível, todos os seus escritos. Esta é a razão da escassez de informações existentes quanto à história das igrejas locais. É necessário também lembrar que a Igreja Católica as difamava injustamente, chamando-as de hereges e dando-lhes nomes, tais como Paulicianos, Cátaros e outros; nomes estes que estas igrejas repudiavam.
Ao prosseguir por esta estrada escura convém lembrar de certos fatos. As acusações feitas pela “Igreja” perseguidora não são de confiança, a não ser quando há evidências para sustentá-las. Além disto, devemos lembrar da tendência de generalizar. As igrejas locais, como mencionamos acima, não reconheceram qualquer nome denominacional, mas os perseguidores as chamavam de Paulicianos, e outros nomes. Não devemos pensar que todos os que a Igreja Católica classificava de Paulicianos compartilhavam as mesmas crenças.
Em nossos dias, o nome de “crente” inclui muitos grupos com pensamentos e práticas diferentes, e foi assim através dos séculos. Qualquer historiador que tentasse escrever sobre o cristianismo no Brasil neste século XX daria destaque aos movimentos pentecostal e carismático, e pouco ou nada teria a dizer das igrejas locais que não fazem parte de organização alguma, porque mantém fielmente os princípios da Palavra de Deus (por exemplo, a autonomia de cada igreja local).