A nossa dependência de Espanha cessou após o Grande Cisma do Ocidente (1378-1417), em que Portugal continuou a obedecer ao Papa de Roma, e a Espanha passou a obedecer ao antipapa de Avinhão. Surgiu então a Província de Portugal.
Como a Regra franciscana é mais inspiracional do que normativa, muito própria do génio liberal do Fundador, surgiram ao longo dos tempos múltiplos ramos dentro do mesmo carisma fundamental, expresso num único Ministro Geral. O sistema manteve-se até Maio de 1517, quando, pela “Bula da União” Ite vos in vineam meam, o selo da Ordem passou dos Conventuais ou Claustrais para o Ministro Geral dos Frades Menores Observantes, e à frente daqueles se pôs um “Mestre Geral” sob certa dependência do Ministro Geral. Bem depressa o “Mestre” assumiu o título de “Ministro” e cessou a dependência; poucos anos depois, havia de surgir o ramo dos Frades Menores Capuchinhos, também com um Ministro Geral. Ainda hoje subsistem em Portugal estes três ramos da I Ordem Franciscana.