O edifício do Colégio dos Jesuítas, onde hoje se encontra instalada a Reitoria da Universidade da Madeira, foi construído em 1599 com o objetivo de albergar o Seminário Diocesano. Com a extinção da Companhia de Jesus, em 1768, "este edifício, passou para posse do Estado, e, aí, funcionaram várias instituições ligadas ao Ensino, à Educação e às Forças Armadas".
A Secretaria de Estado do Ensino Superior e a Secretaria Regional da Educação, através de despacho conjunto, criam, em 1983, uma comissão com vista ao estudo de viabilidade de criação e funcionamento de uma universidade na Região.
Em 1985, a comissão supramencionada apresenta um Estudo sobre a Viabilidade da Universidade da Madeira.
Três anos mais tarde, através do Decreto-Lei no 319-A/88, de 13 de setembro de 1988, é criada a Universidade da Madeira. A primeira Comissão Instaladora era composta pelo Vogal Presidente Prof. Doutor Raúl de Albuquerque Sardinha, os Vogais Prof. Doutor Fernando Santos Henriques e Prof. Doutor José Luís Morais Ferreira Mendes e a Administradora Dra. Ana Isabel de Portugal Almada Cardoso.
Em 1989/90, começa a funcionar o 1º curso da UMa com a licenciatura em Educação Física e Desporto.
Em 1992, através do Protocolo de Integração de 30 de setembro, o Instituto Superior de Artes Plásticas da Madeira (ISAPM) passou a estar integrado na Universidade da Madeira sob a denominação de Instituto Superior de Arte e Design (ISAD/UMa).
A 13 de maio de 1996, no Anfiteatro do Edifício do Colégio, são homologados, pelo Ministro da Educação, o Professor Doutor Marçal Grilo, os estatutos da Universidade.
A partir de 1997/98, e com a instalação da Reitoria no edifício do Colégio dos Jesuítas, os cursos da Universidade passaram a ser ministrados no complexo da Penteada – Campus Universitário da Penteada.