- Casa de Nossa Senhora da Conceição, destinada a preparar cridas de servir, prestando-lhes depois um apoio adequado.
Um das suas primeiras iniciativas neste dominio foi a criação em Junho de 1789, de acordo com o reitor da Universidade de Coimbra, de um Colégio destinado aos religiosos hospitalários de São João de Deus, para aí ministrarem conhecimentos de medicina e cirurgia, mas que só efectivamente só ocorreu em 1789, quando este se instalou no antigo Colégio das Artes confiscado aos Jesuítas por Marques de Pombal. Neste, 46 alunos, recrutados entre diversas partes do pais frequentavam as cadeiras de medicina e ciências naturais.
No colégio de S. Lucas, no Castelo, funda ainda a aula de Anatomia especulativa, cuja regência foi entregue ao professor Francisco Luis de Assis Leite, sendo as aulas praticas realizadas no Hospital de S. José. Em simultâneo, funcionava também na Casa Pia a uma aula de partos, frequentada por alunos de ambos os sexos, mas em horas desencontradas, estando este ensino a cargo de médico-parteiro José Antònio do Couto. Equipando-se estas aulas com os melhores instrumentos da época.
A Farmacologia foi outros dos importantes dominios a que Pina Manique se entregou a promover o seu ensino. Em 1791, instalava na Casa Pia uma vasta farmácia, que fornecia medicamentos não apenas aos indigentes, mas também as boticas dos regimentos, dos arsenais e postos coloniais, com preços inferiores aos do mercado. A montagem deste vasto laboratório, exigiu naturalmente a formação de boticários, que Pina Manique ordenava em 1794 que seguissem os métodos da Universidade de Coimbra, preparando-se os remédios segundo as prescrições da "Pharmacopea Geral".
- Academia do Nu. O projecto tinha abortado em 1779, quando Vieira Portuense e André Gonçalves procuraram, sem exito fundá-la. Primeiro porque não encontraram modelos masculinos disponíveis, depois porque a reacção da população a estas aulas de nu tal não permitiu. A tentativa no ano seguinte de Cirilo Wollkemar Machado e Joaquim Manuel da Rocha, também não conseguiu sobreviver[2]. Apenas Pina Manique, a inaugura no dia 17 de Outubro de 1785, sob a Designação de "Régia Academia Olissiponense de Pintura, Escultura e Arquitectura", sob o patrocínio de S. Lucas . As sessões preparatórias e inaugural, como escreve F. A. Oliveira Martins [3], tiveram lugar no próprio palácio do Intendente, para talvez evitar novos apedrejamentos da população. Nesta Academia, que não se restringiu aos alunos da casa Pina, ensinou Machado de Castro. Integrado no Colégio de S. Lucas, Pina Manique criou em 1781, ainda aulas de Desenho, que atingiram assinalável exito ao tempo.