Nos anos 50, a Marvel atravessou tempos difíceis, da mesma maneira que as outras editoras. Goodman começou a publicar sob o nome de Atlas, uma distribuidora de sua propriedade, em Novembro de 1951. Atlas, ao invés de inovar, seguia as tendências populares na televisão e no cinema - faroestes e dramas de guerra em vigor por um tempo, monstros de cinema drive-in em outro - e mesmo outras revistas em quadrinhos, especialmente a linha de terror da EC Comics.[10] A Atlas também publicou uma infinidade de títulos para crianças e humor adolescente, incluindo Homer the Happy Ghost de Dan DeCarlo (fantasma à la Gasparzinho) e Homer Hooper (adolescente à la Archie Andrews). A editora tentou, sem sucesso, ressuscitar seus super-heróis entre 1953 e 1954, como o Tocha Humana (arte de Syd Shores e Dick Ayers, alternadamente), Namor (quase todas histórias escritas e desenhadas por Bill Everett) e Capitão América (escritor Stan Lee e desenhada John Romita Sr.). A Atlas tinha no mínimo cinco escritores oficiais (chamados oficialmente de editores) além de Stan Lee: Hank Chapman, Paul S. Newman, Don Rico, Carl Wessler e o futuro cartunista da Revista MAD, Al Jaffee.
No final dos anos 50 e início dos 60, o sucesso inicial da DC Comics ao reviver o gênero de super-heróis nas histórias em quadrinhos (principalmente com a Liga da Justiça) fez com que a Marvel seguisse o mesmo caminho.[nota 1] Os principais expoentes desta época foram os seus empregados Stan Lee (edição e argumento) e Jack Kirby (arte), responsáveis pela criação do Quarteto Fantástico. A revista foi um enorme sucesso, o que levou a Marvel a publicar outros títulos de super-heróis, entre os quais se destacou a revista do personagem Homem-Aranha, criado por Stan Lee e Steve Ditko.
As histórias da Marvel distinguiam-se das demais pelo fato de que o universo em que se desenvolviam possuía características mais próximas da realidade, sendo muito mais humanizado. A Editora explorava a caracterização dos personagens, principalmente em problemas pessoais. Como no grupo X-Men, que surgiu originalmente para tratar-se sobre os preconceitos na época, ilustrados nos mutantes. No caso do Homem-Aranha, ele era um jovem herói com alguma falta de autoestima e muitos problemas mundanos, semelhantes ao de muitos adolescentes. O Demolidor era cego e enfrentava alguns problemas relacionados à sua deficiência física. Este novo olhar acabou por incentivar uma revolução nas histórias em quadrinhos (banda desenhada) estadunidenses com o passar do tempo.
No início da década de 1970, uma série de novos diretores trabalharam para a empresa em mais uma época não favorável para esta indústria. No entanto, no final dessa década, a Marvel estava novamente com boa saúde, graças a novos números de HQ e principalmente pela renovação do título dos X-Men, arquitetado principalmente por Chris Claremont e John Byrne.
Na década de 1980, Jim Shooter era o diretor. Apesar da sua personalidade controversa, conseguiu eliminar alguns dos males da empresa - como a não publicação das revistas no prazo devido - e promover mais um renascimento criativo na Marvel, fazendo com que seus gibis tornassem-se ainda mais vendidos .
Em 1981, a Marvel comprou os estúdios de animação DePatie-Freleng Enterprises do famoso animador do desenho da A Pantera Cor-de-Rosa, Friz Freleng. A empresa foi rebatizada de Marvel Productions Ltd. e produziu séries de desenhos animados bastante conhecidas, como G.I. Joe, Transformers e Muppet Babies.
Em 1988, a Marvel foi comprada pelo investidor/empresário Ronald Perelman, que colocou a empresa na Bolsa de Nova Iorque e promoveu o aumento do número de títulos publicados. Entretanto, a empresa vendeu o seu catálogo de animação à Saban Entertainment e fechou permanentemente o estúdio de animação, optando por contratar terceiros para produzir seus projetos de animação.
A Marvel ganhou bastante dinheiro no início dos anos 90 devido ao boom das histórias em quadrinhos (desenhos) nos Estados Unidos, mas no meio da década enfrentou graves problemas financeiros, com acusações de que Perelman havia tirado todo o dinheiro da empresa em proveito próprio. Como consequência, a Marvel anunciou que o seu distribuidor exclusivo passaria a ser o Heroes World, que fez com que toda a indústria de distribuição de revistas de histórias em quadrinhos sofresse um grande abalo. A perda potencial da maior empresa da indústria, originou o encerramento das atividades da maioria dos distribuidores. No momento, existe apenas uma grande distribuidora de histórias em quadrinhos nos Estados Unidos: a Diamond Distribution. Muitos peritos julgam que esse fato causou um imenso dano à indústria das histórias em quadrinhos mundial.
No auge da crise, o investidor Carl Icahn tentou obter o controle da Marvel, mas após arrastadas batalhas jurídicas, o controle da empresa foi entregue em 1997 à Isaac Perlmutter, proprietário da Toy Biz, uma das empresas do grupo. Com o seu sócio Avi Arad e os seus nomeados (e controversos) editor Bill Jemas e diretor Joe Quesada, Perlmutter reergueu a Marvel. Além da revitalização das revistas da empresa, alguns dos seus personagens foram licenciados para se tornarem filmes de sucesso, principalmente X-Men, X-Men Origins: Wolverine, Homem-Aranha, Quarteto Fantástico, Hulk, Homem de Ferro, Thor, Justiceiro, Demolidor e Blade.
Cosplays fantasiados de personagens da Marvel (da esquerda para direita: Homem-Aranha, Demolidor, Ms. Marvel e Sr. Fantástico)
Em 2001, a Marvel Comics retirou-se da Comics Code Authority e estabeleceu o seu próprio sistema de classificação para as suas revistas.[11] Criou também novas linhas editoriais, incluindo uma destinada a adolescentes mais velhos (Marvel Knights) e outra a adultos: a (MAX). Outro fator marcante na história da Marvel no início do novo milênio foi sua parceria com Hollywood, que resultou em várias adaptações de sucesso, iniciadas com o filme do Homem-Aranha, em 2002.[12]