Nasceu aproximadamente no ano de 360 possivelmente no Império Romano do Oriente, na Cítia Menor (atualmente Romênia). Ainda jovem ingressou no mosteiro de Belém, na Palestina. Depois ele viajou pelo Egito, visitando vários mosteiros. Num deles, em Constantinopla, foi consagrado diácono por João Crisóstomo, o patriarca de Constantinopla, de quem se tornou amigo. Quando Crisóstomo foi exilado, no ano de 404, João Cassiano foi enviado a Roma para pleitear sua causa diante do papa Inocêncio I.
Posteriormente, Cassiano fundou seu próprio mosteiro, no ano de 410, no estilo egípcio perto de Marselha, na França. Conhecido como Abadia de São Vítor, que foi um dos primeiros mosteiros masculinos, e o de São Salvador, feminino, ambos servindo de modelo para o desenvolvimento do período monástico ocidental. Ele é considerado o fundador do monasticismo ocidental.
No mosteiro de Marselha estudaram vários teólogos relativamente brilhantes, dentre eles se destacam Vicente de Lérins e Fausto de Riez e o local se transformou no principal foco de oposição à teoria monergística, defendida por Agostinho. Os três juntos formaram a base de oposição, especialmente contra a crença na predestinação divina sustentada por Agostinho e seus seguidores.