No Contrato 03/2009, firmado pela Ufam com a Construtora Ponctual Corporation Ltda., ficou estabelecida a responsabilidade da empresa contratada em obter junto aos órgãos competentes todos os registros, licenças e autorizações necessárias à execução da obra, o que não ocorreu. Conforme a decisão judicial, mesmo alegando ter sido informado pela Prefeitura do Campus de que a universidade possuía todos os documentos necessários para a obra, o responsável pela construtora estava ciente da necessidade de obter a licença para desmatar a área onde o prédio foi construído.
O desmate ilegal de mais de 8 mil metros quadrados de cobertura florestal nativa no terreno da Ufam foi constatado por peritos criminais do setor técnico-científico da Polícia Federal no Amazonas, durante diligência no local.
Como a pena aplicada ao réu, fixada inicialmente em dois anos de prisão em regime aberto, é inferior a quatro anos e o crime foi cometido sem violência, a Justiça decidiu substituir a restrição de liberdade pelo pagamento de 40 cestas básicas no valor de um salário mínimo cada, a serem entregues a instituição a ser definida em nova audiência.