Conhecido apenas pelo numeral romano que lhe foi atribuído, XIII (Stuart Townsend) é um agente hábil e letal, com um segredo, que escapa de uma prisão na Europa Oriental com um rosto cirurgicamente alterado e uma identidade entregue a ele por um estranho misterioso.
Recrutado para uma organização secreta empenhada em derrubar o governo dos Estados Unidos, XIII não tem memória do seu passado, como ele foi treinado ou por quê. Caçado por uma sombria organização anti-governamental, ele rapidamente percebe que quanto mais perto está de desvendar seu enigma, mais complexa e mais mortal a missão se torna.
Embora vivendo em uma conspiração de governo, XIII busca descobrir sua verdadeira identidade a qualquer custo.