Decidir se os riscos são menores que os benefícios na cirurgia é papel do médico. Essa análise sempre leva em consideração a qualidade da equipe médica e do hospital onde ocorrerá o transplante.
Apesar disso, nem todos os pacientes podem passar pelo procedimento. Câncer não curado, ou curado há pouco tempo, infecções e doenças graves podem ser impedimentos e devem ser analisados caso a caso.
Um transplante que ocorra sem complicações dura em torno de três a quatro horas. Basicamente o novo rim é implantado na parte inferior do abdômen, próximo à bexiga, por meio da união dos vasos sanguíneos do órgão com os do receptor. Os rins do paciente não são retirados, ou seja, ele fica com três rins, porém somente o novo funciona normalmente. Além disso, a uretra do paciente é conectada ao rim para que seja possível a eliminação da urina.
Como qualquer cirurgia, existem riscos. Durante a primeira e segunda semana após o transplante, cerca de 10% dos pacientes apresentam algum grau de rejeição. Porém, na maioria dos casos, ela é curada.
Raros são os casos de rejeição aguda atualmente. O que acontece é a rejeição crônica do organismo, que limita a vida útil do novo órgão a algo em torno de 15 a 20 anos após o transplante, sendo necessária uma nova intervenção.