A partir de 1908, Rondon propôs que fosse criada uma agência indigenista do Estado brasileiro tendo por finalidades: a) estabelecer de uma convivência pacífica com os índios; b) garantir a sobrevivência física dos povos indígenas; c) estimular os índios a adotarem gradualmente hábitos "civilizados"; d) influir "amistosamente" na vida indígena; e) fixar o índio à terra; f) contribuir para o povoamento do interior do Brasil; g) possibilitar o acesso e a produção de bens econômicos nas terras dos índios; h) empregar a força de trabalho indígena no aumento da produtividade agrícola; i) fortalecer as iniciativas cívicas e o sentimento indígena de pertencer à nação brasileira (Lima, 1987).
As iniciativas do SPI envolviam a intervenção na vida indígena através de um ensino informal, a partir das necessidades criadas, evitando-se influenciar a organização familiar. O objetivo era impedir conflitos entre diferentes povos enquanto o SPI introduzia inovações culturais, prevendo possíveis mudanças nos locais de habitação dos índios. Foram estimuladas mudanças no trabalho indígena com a difusão de novas tecnologias agrícolas e o ensino da pecuária, além da arregimentação de índios para os trabalhos de conservação das linhas telegráficas (Lima, 1987).
A experiência de Rondon no trato com povos indígenas e suas idéias positivistas sobre os índios, convergentes com os projetos de colonização e povoamento definidos na criação do MAIC, originaram o convite que o tornou primeiro diretor do SPI. Dessa forma, foi instaurado um novo poder estatizado que assegurava o controle legal das ações incidentes sobre os povos indígenas. Esse poder foi formalizado na malha administrativa do SPI, a partir de um código legal (regimentos, decretos, código civil, etc.).
Para a administração da vida indígena foi formalizada uma definição legal de índio, através do Código Civil de 1916 e do Decreto nº 5.484, de 1928. Os indígenas tornaram-se tutelados do Estado brasileiro, um direito que implicava num aparelho administrativo único, mediando as relações índios – Estado – sociedade nacional. A terra, a representação política e o ritmo de vida foram administrados por funcionários estatais, com os índios adotando uma indianidade genérica (Oliveira, 2001).
Os indigenistas do SPI trabalharam em diferentes tipos de postos indígenas (de atração, de criação, de nacionalização, etc.), assim como em povoações e centros agrícolas. Dependendo de recursos financeiros e políticos, o SPI adotou um quadro funcional heterogêneo, envolvendo desde militares positivistas a trabalhadores rurais sem qualquer formação. A pedagogia nacionalista empregada por esses agentes controlava as demandas indígenas, mas podia resultar em situações de fome, doenças e depopulação, contrárias aos objetivos do Serviço.
A ação do SPI foi marcada por contradições identificadas como "paradoxos indigenistas" (Oliveira, 1988), pois tinha por objetivo respeitar as terras e a cultura indígena, mas agia transferindo índios e liberando territórios indígenas para colonização, impondo uma pedagogia que alterava todo o sistema produtivo indígena.