Parece que Tiago, irmão de Jesus, preside o concílio. 39 Este fato, juntamente com outras referências a Tiago como "apóstolo" e "coluna da igreja" (Gl 1.19; 2.9), tem convencido alguns de que Tiago exercia autoridade de bispo. Por outro lado, os defensores do sistema presbiteriano acham que Tiago parece mais estar agindo como moderador (presidente do concílio) que como uma figura de autoridade e que os demais parecem estar no papel de líderes escolhidos para representar suas respectivas igrejas. Há, ainda, referências neotestamentárias que favorecem o sistema congregacional sugerindo que a Igreja Primitiva elegia seus próprios líderes e delegados (por exemplo, At 6.2-4; 11.22; 14-23), 40 e que a congregação local tinha a responsabilidade de manter a sã doutrina; cabia-lhe também disciplinar (por exemplo, Mt 18.15-17; 1 Co 5.4,5; 1 Ts 5.21,22; 1 Jo 4-1). Portanto, obviamente, nenhum modelo completo de governo eclesiástico é oferecido pelo Novo Testamento. Os múltiplos modelos vinham a satisfazer as necessidades, e assim foram estabelecidos princípios para o exercício da autoridade e oferecidos exemplos que possivelmente dão apoio a qualquer um dos três tipos históricos de governo eclesiástico. Hoje, a maioria das igrejas segue o modelo essencial de um desses três tipos, mas não sem modificações, que visam a adaptação ao modo específico de cada grupo definir e exercer o ministério. E, embora nenhum desses sistemas seja inerentemente certo ou errado, pode-se ver que cada um apresenta tanto aspectos positivos quanto negativos.
Seja qual for o tipo de governo eclesiástico que escolhermos, merecem destaque vários princípios bíblicos, que devem servir de alicerce a qualquer estrutura desse tipo. Cristo deve ser sempre reconhecido e honrado como Cabeça suprema da Igreja. Se os cristãos perderem de vista essa verdade absoluta, nenhuma forma de governo será bem-sucedida. W. D. Davies declara, com muita razão: "O critério neotestamentário ulterior de qualquer ordem eclesiástica... é que não usurpe a coroa real do Salvador dentro da sua Igreja". 41 Outro princípio fundamental deve ser o reconhecimento da união básica da Igreja. Sem dúvida, há muita diversidade entre as crenças e práticas das várias denominações (e até mesmo dentro de uma única denominação). Os valores culturais e tradicionais variam grandemente entre si. Mesmo assim, e levando-se em conta todas as diferenças, o corpo de Cristo não deixa de ser uma "unidade na multiplicidade", 42 e é necessário muito cuidado para manter a harmonia e união de propósitos entre o povo de Deus. Antes de finalizarmos esta seção, é oportuno dizer algo a respeito da estrutura organizacional das Assembleias de Deus.
Muitos dos pioneiros desta comunhão reagiram, desde o início, contra uma forte autoridade central a governá-la. Isto porque as denominações às quais antes pertenciam haviam excluído os crentes que receberam o Espírito Santo como ameaças ao situacionismo (entre outras coisas). Alguns dos primeiros pentecostais não estavam mais dispostos a servir uma religião "organizada" - conforme eles a identificavam. No decurso do tempo, entretanto, muitos dos primeiros líderes pentecostais perceberam a necessidade de algum tipo de estrutura através da qual a mensagem moderna do Pentecostes pudesse ser promovida. Consequentemente, as Assembleias de Deus foram organizadas como uma "comunhão" ou "movimento" (muitos ainda repudiavam o termo "denominação"), que enfatizava a liberdade dos membros dirigidos pelo Espírito. À medida que as Assembleias de Deus têm crescido e amadurecido, no decurso do século XX, é reconhecida também a necessidade de uma organização ainda melhor para manter-se à altura das exigências cada vez maiores impostas ao ministério. Há diferenças de opinião no tocante a qual dos três tipos de governo eclesiástico é aceito pelas Assembleias de Deus. Talvez se possa sugerir que, de alguma forma, foram adotados os três.