Nas infecções de trato urinário consideradas graves, chamadas por médicos de complicadas, os pacientes podem apresentar anormalidades anatômicas e funcionais do sistema urinário, como refluxo, obstrução, incontinência urinária e bexiga neurogênica. Além disso, alguns fatores pode facilitar a presença e indicar infecções de trato urinário graves, como diabetes, idade avançada, gravidez, uso recente de antibióticos, manipulação cirúrgica do sistema urinário, imunossupressão, uso de sonda vesical ou de cateteres, internações hospitalares e sintomas que persistam por mais de 7 dias.