Em 1966, Arouca forma-se, inicia a residência médica em Ribeirão e vai para Campinas, com intenção de fazer pós-graduação. Lá, participaria da montagem do Departamento de Medicina Preventiva da Universidade de Campinas (Unicamp). Seu ciclo em Ribeirão acabara. Dali seguiria para Brasília, Rio de Janeiro, Nicarágua e novamente Rio, onde finalmente se instalaria na Fiocruz.
Ainda em Campinas, Arouca segue a resolução que vinha da direção do PCB, que optava por uma via política no enfrentamento da ditadura. A maioria de seus colegas de Ribeirão, no entanto, segue dissidências que partem para a clandestinidade e a luta armada. Amigos como Totó, Lepera, Nacarato, Normanha, Cidinha e antigos líderes do PCB, como Índio e Pura e muitos outros, comunistas ou não, acabam presos pelo país, covardemente torturados e até assassinados. Os que sobreviveram carregam traumas e tristezas desse período até hoje.
O recrudescimento da ditadura fez com que muitos comunistas mudassem de militância. Surgiram os maoístas, os trotskistas, a linha de Prestes no PCB, o PC do B e a dissidência de Marighela. Geralmente, por causa das divisões, velhos amigos chegavam até a tornarem-se inimigos. Arouca não deixou isso ocorrer. Não poderia nunca romper os laços com os amigos que deixara em Ribeirão. "O Arouca poderia ter rachado comigo. Em princípio, se fosse outra pessoa teria feito isso. Ele não. Continuou com essa relação afetiva com todos nós", lembra Barbieri.
"Essa é uma característica que talvez ele traga lá do berço. A gente olha para dona Alzira e pro seu Zé [os pais de Arouca] – sei porque almocei muito em sua casa – e vê que ele traz essa afetividade dentro dele. E foi isso que o permitiu ser o grande negociador que ele sempre foi no bom sentido". Mais tarde, como presidente da Fiocruz, chama Barbieri, já pediatra e professor da USP, para montar a pós-graduação do Instituto Fernandes Figueira.
"O fundamental é a simplicidade, o companheirismo e a solidariedade que ele sempre teve, e que eu senti em vários momentos. Por exemplo, eu estava meio distante do Arouca, mas fui à Secretaria de Saúde quando ele era secretário no Rio. Cheguei e liguei para casa dele: 'Arouca, estou na rodoviária'. 'Vai lá na Secretaria e me espera', ele respondeu. Pensei que seria chato entrar na Secretaria, porém quando chego, tinha um monte de gente da Baixada, pessoas bem simples e dentro da sala do secretário! Eu nunca vi isso na minha vida! E aí ele chega, cumprimenta todo mundo e pergunta para mim: 'e aí já te deram água, café e tal? Isso aqui está ficando uma bagunça. Olha, não repara não, é que veio um pessoal da Baixada, temos que discutir umas coisas'. Incrível, não é? E o máximo de diferença em outras ocasiões era o fato dele usar gravata", lembra um emocionado Nacarato. "Tirando a parte da poesia, o Arouca era como o Vinícius de Moares. Por quê? Ora, você já conheceu alguém que não gostasse do poetinha?"