É possível que durante a sua estadia em Coimbra, Christopher Clavius tenha assistido às aulas de Pedro Nunes, sendo assim influenciado pelo seu trabalho.
Pedro Nunes viveu num período de transição, onde a ciência mudou de uma índole teórica e onde o principal papel dos cientistas era comentar os trabalhos dos autores precedentes, para a provisão de dados experimentais, ambos como forma de informação e método de confirmar as teorias existentes. Nunes foi, acima de tudo, um dos últimos grandes comentadores, como mostra o seu primeiro trabalho publicado, mas também reconhecia a importância da experimentação.
Nunes acreditava que o conhecimento científico devia ser partilhado. Assim, o seu trabalho original foi impresso em três línguas diferentes: Português, Latim - para atingir a comunidade académica Europeia -, e ainda um Livro de algebra en arithmetica y geometria em Espanhol, o que foi considerado surpreendente por alguns historiadores, dado que Espanha era então o principal adversário de Portugal no domínio dos mares.
Muito do seu trabalho está relacionado com a navegação. Foi ele o primeiro a perceber porque é que um navio que mantivesse uma rota fixa não conseguiria navegar através de uma circunferência, o caminho mais curto entre dois pontos na terra, mas deveria antes seguir uma rota em espiral chamada loxodrómica. A posterior invenção dos logaritmos permitiram a Gottfried Leibniz estabelecer a equação algébrica para a loxodrómica.