A Junta de Energia Nuclear (JEN) teve como principais funções, com maior ou menor destaque durante a sua existência, as seguintes: 1) prospetar e explorar minérios radioativos, particularmente de urânio e afins; 2) investigar técnicas necessárias às aplicações da energia nuclear; 3) produzir, distribuir e fomentar a aplicação de isótopos radioativos; 4) obter conhecimento técnico e económico para aplicar os combustíveis nucleares; fomentar e manter relações com serviços e organismos congéneres estrangeiros e organizações internacionais, com atuação na área da energia nuclear; instalar centrais nucleares em território nacional e assegurar a proteção das populações contra as radiações nucleares; inspeção científica e técnica de atividades nucleares.