De acordo com o tipo de protocolo solicitado, o procedimento de solicitação e análise pode sofrer modificações. Seguem alguns tipos:
Autônomo
Protocolos de autônomo devem ser solicitados e acompanhados através dos endereços abaixo:
Cadastro de Viabilidade para autônomos
Acompanhar a solicitação de Cadastro de Viabilidade
Protocolos de autônomos de municípios que utilizam o CIGA CIM solicitados através do Portal da Jucesc não serão encaminhados ao município.
Regularização Municipal
São protocolos de empresas já constituídas e em funcionamento, porém ainda sem regularização junto ao município, geralmente empresas mais antigas.
Viabilidade do MEI
São protocolos de viabilidade do MEI. São solicitadas via Portal da Jucesc, porém o alvará (MEI) é solicitado via Portal do Micro Empreendedor, que não exige a vinculação de uma viabilidade na hora da solicitação. Assim, cabe ao município exigir ou não a apresentação deste tipo de protocolo, de acordo com a sua respectiva legislação municipal. Pode ser solicitado posteriormente à solicitação do alvará (MEI).
Alvará do MEI
Protocolo do Micro Empreendedor Individual. É solicitado através do Portal do Micro Empreendedor, onde o solicitante já sai com CNPJ e o protocolo é posteriormente encaminhado ao município para análise. Por problemas de integração da RFB, no caso de indeferimento a Jucesc deve ser notificada via ofício, não bastando apenas indeferir no sistema CIGA-CIM.
Viabilidade
Protocolo que visa fazer uma pré-análise (consulta) sobre a viabilidade do prosseguimento da solicitação. Não possui custo.
Alvará
Protocolo definitivo (solicitação), que é o prosseguimento do protocolo de análise de viabilidade.
Alteração cadastral
Protocolo que solicita eventos não analisados pelo município (alteração de nome fantasia, por exemplo), mas que é encaminhado ao mesmo apenas à título de atualização das informações (somente na fase de alvará).
Baixa
Protocolo semelhante ao anterior, que visa informar apenas os dados das empresas que solicitaram baixa no município, à título de informação. Aplica-se a Lei Complementar 123 de 14 de dezembro de 2006:
Art. 9o O registro dos atos constitutivos, de suas alterações e extinções (baixas), referentes a empresários e pessoas jurídicas em qualquer órgão dos 3 (três) âmbitos de governo ocorrerá independentemente da regularidade de obrigações tributárias, previdenciárias ou trabalhistas, principais ou acessórias, do empresário, da sociedade, dos sócios, dos administradores ou de empresas de que participem, sem prejuízo das responsabilidades do empresário, dos titulares, dos sócios ou dos administradores por tais obrigações, apuradas antes ou após o ato de extinção. (Redação dada pela Lei Complementar nº 147, de 2014)
§ 4o A baixa do empresário ou da pessoa jurídica não impede que, posteriormente, sejam lançados ou cobrados tributos, contribuições e respectivas penalidades, decorrentes da falta do cumprimento de obrigações ou da prática comprovada e apurada em processo administrativo ou judicial de outras irregularidades praticadas pelos empresários, pelas pessoas jurídicas ou por seus titulares, sócios ou administradores.
§ 5o A solicitação de baixa do empresário ou da pessoa jurídica importa responsabilidade solidária dos empresários, dos titulares, dos sócios e dos administradores no período da ocorrência dos respectivos fatos geradores.