Fase final (com semifinais e final): sistema eliminatório, em ida-e-volta. No caso de um mesmo clube ter vencido a sua chave nas duas etapas da fase anterior (abrindo vaga, portanto, para o segundo colocado da segunda etapa), este joga por dois empates na semifinal. Nos demais confrontos, dois empates (ou empate na soma dos placares dos dois jogos) levaria a prorrogação e disputa de pênaltis. Caso duas equipes tenham o mesmo número de pontos e estejam na zona de classificação às semifinais, disputam um jogo de desempate.
No grupo B, se classificaram Sport Recife (vencedor dos dois turnos) e Bangu (vice no 2º turno). O Sport entra na semifinal com um ponto extra.
Após terminar a prorrogação sem gols, a decisão foi para os pênaltis. Quando a disputa estava em 11 x 11, Sport e Guarani entraram num consenso determinando o fim da disputa e a divisão do título do Módulo Amarelo.[102] Para não contrariar o regulamento, sob risco de punição por parte da CBF,[103] o Guarani se dispôs a abdicar do título do Módulo Amarelo. Os jornais Diario de Pernambuco e Jornal do Commercio informam que no dia 22 de janeiro de 1988 o Guarani abriu mão do título. Segundo decisão de primeira instância da 10ª Vara Federal da Seção Judiciária de Pernambuco, a CBF, de posse do regulamento e critérios de desempate, declarou o Sport campeão com base na sua melhor campanha. O Jornal O Estado de S. Paulo de 23 de janeiro de 1988 confirma que no dia anterior a CBF tinha declarado o Sport como campeão do grupo amarelo - "Nabi declara o Sport campeão."[169][104]
O último jogo do quadrangular final por muitos é considerado uma final já que Flamengo e Internacional não disputaram o cruzamento dos módulos, porque cumpriram uma determinação do Clube dos 13 e do regulamento do Módulo Verde que fora criado pela mesma entidade. A CBF (entidade máxima do futebol brasileiro) considerava inválida essa determinação.[80] Nesta fase a CBF estabeleceu que houvesse um quadrangular entre os campeões e vices dos Módulos Amarelo e Verde para decidir qual seria o campeão de 1987. Flamengo e Internacional não participaram desse quadrangular final criado pela CBF porque o Clube dos 13 considerou que o Módulo Amarelo seria a Série B de 1987 e não a série A. No fim do 2º jogo entre Sport e Guarani a torcida do Sport desceu em direção ao campo para comemorar o título.[80]
0' (Concedido 1 – 0 para o Guarani) Público: Bilheterias não funcionaram, após 30 minutos esperando o Flamengo, o Juiz Renato Marsíglia declarou o Guarani vencedor 1 a 0 por W.O.[170]