A expectativa geral era de que a intervenção militar na política fosse breve e que, em pouco tempo, o regime democrático seria restabelecido. Mas isso não ocorreu. Os militares se sucederam no governo e consolidaram sua posição no poder por meio de atos institucionais, que foram decretos promulgados para sustentar todas as mudanças e medidas políticas colocadas em prática durante o período.
Em comparação com outras ditaduras militares que se estabeleceram em toda a América Latina, nas décadas de 1960 e 1970, a ditadura militar brasileira procurou se legitimar politicamente por meio de atitudes pseudodemocráticas. O fato de o Congresso Nacional ter sido mantido em funcionamento fez parte da estratégia dos militares de permanecerem no poder e mascararem a feição autoritária do regime.
Depois de terem expurgado do Legislativo todos os políticos vinculados ao governo de Jango, os militares fizeram algumas articulações políticas que possibilitaram que o Congresso Nacional referendasse o nome do marechal Humberto Castello Branco como presidente da República, em 11 de abril de 1964.
Indicado como presidente da República pela junta militar golpista, o marechal Humberto Castello Branco era considerado um militar de tendência moderada. Em seu governo, porém, Castello Branco foi pressionado por militares direitistas radicais para realizar uma série de Inquéritos Policiais Militares (IPMs).
Os IPMs tiveram por objetivo punir todos os cidadãos que tivessem vínculos políticos com o governo deposto de Jango ou que passaram a fazer parte dos movimentos de oposição ao novo regime. As greves foram proibidas e houve intervenção governamental em praticamente todos os sindicatos trabalhistas.
Importantes organizações, como a União Nacional dos Estudantes (UNE) e várias outras entidades da sociedade civil, também sofreram intervenção ou foram completamente desarticuladas. Milhares de funcionários públicos ligados à burocracia militar e civil foram aposentados. Na área política, houve centenas de cassações de mandatos de parlamentares e suspensão dos direitos políticos.
É recorrente nos estudos sobre o período inicial da ditadura militar, a interpretação das ações governamentais no campo da política institucional como reações diante da reorganização das oposições políticas. Assim, a vitória de políticos da oposição nas eleições para governador (nos estados de Minas Gerais e Guanabara), em 1965, é apontada como o principal motivo da adoção de novas medidas repressivas por parte do governo.
Em outubro de 1965, Castello Branco assinou o Ato Institucional nº 2 (AI-2), que ampliou significativamente o poder do Executivo Federal, estabeleceu eleições indiretas para presidente da República e extinguiu todos os partidos políticos. Com essas medidas, tem início o estabelecimento do bipartidarismo, com a criação de duas agremiações políticas: Arena (Aliança Renovadora Nacional) e MDB (Movimento Democrático Brasileiro). A seguir, com o AI-3, estabeleceram-se eleições indiretas, realizadas por colégios eleitorais, para os cargos de governador e vice-governador.
A Arena foi o partido da situação, ou seja, congregou políticos que apoiavam o governo e o regime ditatorial. Já o MDB foi o partido que atuou como oposição consentida. A adoção do bipartidarismo foi mais um artifício da ditadura militar brasileira a fim de dotar de feições democráticas o regime autoritário vigente.
Desse modo, existiu oposição, mas ela atuou dentro dos estritos limites impostos pelo governo dos generais. Ou seja, o tipo de oposição que era praticado pelo MDB não ameaçou o poder dos militares nem a manutenção da ditadura.
Castello Branco também promulgou o AI-4, obrigando o Congresso a discutir e aprovar uma nova Constituição com características autoritárias. No último ano de seu mandato, em 1967, o presidente ainda editou uma nova Lei de Segurança Nacional (LSN). Com o pretexto de defesa da soberania, essa lei se transformou em um poderoso instrumento de controle e vigilância política sobre todos os setores da sociedade civil. Severas punições foram estabelecidas aos transgressores da LSN.
No governo Castello Branco, o ministro do Planejamento, Roberto Campos, adotou uma política econômica anti-inflacionária que, causou desemprego e provocou arrocho salarial (diminuição dos salários). De 1964 a 1967, centenas de pequenas empresas decretaram falência. No longo prazo, a política econômica da ditadura militar, iniciada parcialmente no governo Castello Branco, atendeu aos interesses das classes e grupos sociais que integravam a aliança golpista (burguesia industrial, elites rurais).
O governo incentivou os investimentos estrangeiros no país, as exportações e a produção interna de bens duráveis (imóveis, automóveis, eletrodomésticos). O mercado consumidor se ampliou, mas só quem se beneficiou do consumo da produção industrial de bens duráveis foram as classes médias e os mais ricos. A concentração de renda impediu que as classes populares se beneficiassem do crescimento econômico.
O general Arthur da Costa e Silva, quando ocupava o cargo de ministro da Guerra, em 1965, durante o governo Castello Branco