João III preocupou-se efetivamente com o pleno domínio do Brasil, que dividiu em capitanias-donatárias, as conhecidas capitanias hereditárias, estabelecendo um governo central em 1548. "Foi o verdadeiro criador do Brasil, que rapidamente se tornou o elemento fundamental do império português, assim o sendo até o início do século XIX" (Paulo Drumond Braga, op. cit, pg 145).
Houve, sem dúvida, renovação cultural no seu reinado, preponderante na afirmação do renascimento português. Na literatura surgiu não apenas Camões, mas também Garcia de Resende, Sá de Miranda, Bernardim Ribeiro, João de Barros. Na matemática e astronomia, surgiu Pedro Nunes, na botânica Garcia da Orta, nas artes plásticas e arquitetura Francisco de Holanda, Miguel de Arruda, João de Castilho. Destacam-se ainda outros nomes no reinado de João III, como André de Resende, Damião de Góis, João de Ruão, Nicolau de Chanterene, Luís Vives, e António de Mariz, notável impressor régio da Universidade de Coimbra. Erasmo de Roterdão dedicou uma das suas obras a João III e o rei teria pensado em contratá-lo para professor da universidade de Coimbra, transferida para esta cidade, definitivamente, em 1537. No seu reinado, a conselho de Diogo de Gouveia, criou numerosas bolsas de estudo no estrangeiro, enviando cerca de 300 bolseiros para França,[3] e fundou o Real Colégio das Artes e Humanidades em Coimbra. Foi também o responsável pela vinda dos missionários Jesuítas, uma ordem recém formada, que teria um papel determinante no contexto do padroado português em todo o império português.
João III era, no entanto, extremamente religioso, o que o tornou subserviente ao poder da igreja e permeável à introdução da Inquisição em 1536. As consequências económicas e sociais foram desastrosas, pois provocou insegurança nos cristãos novos, obrigando à fuga muitos mercadores judeus e forçando o recurso a empréstimos estrangeiros.