x86 indica que foi compilado em um processado "32bit" assim como x64 indica que foi compilado em um processado "64bit"
ThreadSafe (TS) trabalha com servidores multi-thread (Apache2 no Windows por exemplo) e Non ThreadSafe (NTS) indica se foi compilado.
Thread Safety funciona criando uma cópia local em cada thread, de modo que os dados não colidirão com outra thread.
Então você terá que fazer extensões muito mais do que só compatível com o tipo de versão do PHP. Esse build (20131226) é mesmo voltado para evitar problemas.
O ambiente de compilação para qualquer tipo de software pode ser um pouco complicado mesmo, o que você pode fazer para facilitar é distribuir o source (muitos desenvolvedores fazem isto) e compilar ele direto na máquina que vai ser instalado, criando um arquivo .bat (no windows é provável que precise instalar um compilador) ou um bash no Linux (esse é o lado bom do linux, geralmente ele já vem com compilador).
Um exemplo é o proprio PHP, ele é distribuido em source também http://php.net/downloads.php (os arquivo .gz), as versões binarias na verdade acho que só existem pra windows, quem mantem as versões binarias em sistemas linux são os repositórios (acho que existe distros que compilam só depois de baixar pra máquina o php, ou seja trabalham com o source).
Compilar os sources diretamente nos servidores (se você pode instalar .so ou .dll em um servidor é bem provável que possa compilar algo nele também).
Esta não é a resposta que você está procurando? Pesquise outras perguntas com a tag php-cpp extension ou faça sua própria pergunta.

A resposta do mestre foi tão simples que parece até piada. Mas essa resposta esconde muita sabedoria. Esconde a essência da nossa vida, o que nos faz tomar as rédeas da vida ou ser marionetes do destino.