Em uma missa especial em St Peters para as vítimas da guerra, realizada em novembro de 1940, logo após o início daBlitz de Londresbombardeio pelaLuftwaffe, Pio pregou em sua homilia: "Que os turbilhões, que, à luz do dia ou da o escuro da noite, dispersão terror, fogo, destruição e do abate na impotente cessar folk. justiça e caridade Maio de um lado e do outro estar em perfeito equilíbrio, de modo que toda a injustiça ser reparado, o reinado de direito restaurado ... . "Mais tarde, ele apelou aos Aliados para poupar Roma de bombardeio aéreo, e visitou feridos vítimas do bombardeio aliado de 19 de julho de 1943.
Sem sucesso, Pio tentou dissuadir o italiano ditador Benito Mussolini de se juntar Hitler na guerra. Em abril de 1941, Pio XII concedeu uma audiência privada de Ante Pavelic, o líder do estado croata recém-proclamada (em vez de o público diplomática Pavelić queria). Pio foi criticado por sua recepção de Pavelić: um unattributed britânico ". o maior covarde moral de nossa época" memorando Ministério das Relações Exteriores sobre o assunto descrito como Pio O Vaticano não reconheceu oficialmente o regime de Pavelic. Pio XII não condenou publicamente as expulsões e conversões forçadas ao Catolicismo perpetrado em sérvios por Pavelić; no entanto, a Santa Sé fez expressamente repudiar as conversões forçadas em um memorando datado de 25 de janeiro de 1942, a partir da Secretiat de Estado do Vaticano à Legação jugoslavo. O papa estava bem informado de envolvimento clero católico com o regime Ustaše, mesmo possuindo uma lista de clergymembers que tinha "se juntaram no abate", mas decidiu contra condenando o regime ou tomar medidas contra o clero envolvidos, temendo que isso levaria a cisma na igreja croata ou minar a formação de um futuro Estado croata. Pio XII elevou Aloysius Stepinac-a arcebispo croata condenado por colaborar com o Ustaše-ao cardinalato. Phayer concorda que Stepinac de era um "julgamento-espetáculo", mas afirma que "a acusação de que ele [Pio XII] apoiou o regime Ustaša era, naturalmente, é verdade, como todos sabiam", e que "se Stepinac tinha respondido às acusações contra ele , sua defesa teria inevitavelmente desvendado, expondo apoio da do Vaticano Pavelić genocida ".
Em 1941, Pio XII interpretado Divini Redemptoris , uma encíclica do Papa Pio XI, que proibia os católicos para ajudar comunistas, que não se aplica à assistência militar para a União Soviética . Esta interpretação assuaged americanos católicos romanos que tinha anteriormente se opôs arranjos Lend-Lease com a União Soviética.
Em março de 1942, Pio XII estabeleceu relações diplomáticas com oImpério Japonês e recebeu o embaixadorKen Harada, que permaneceu nessa posição até o fim da guerra.
Em junho de 1942, foram estabelecidas relações diplomáticas com o governo nacionalista da China. Esta etapa foi previsto anteriormente, mas foi adiado devido à pressão japonês para estabelecer relações com o governo Wang Jingwei pró-japonês. O primeiro-ministro chinês ao Vaticano, Hsieh Shou-kang, só foi capaz de chegar ao Vaticano em janeiro de 1943, devido a dificuldades de viagem resultantes da guerra. Ele permaneceu nessa posição até o final de 1946.
O Papa empregada a nova tecnologia de rádio e uma série de mensagens de Natal para pregar contra o nacionalismo egoísta e os males da guerra moderna e oferecer condolências às vítimas da guerra. 1942 endereço de Natal de Pio XII via Rádio Vaticano expressou preocupação com as violações dos direitos humanos e o assassinato de inocentes com base na raça. A maior parte do discurso falou sobre os direitos humanos em geral ea sociedade civil; no final do discurso, Pio XII mencionou "as centenas de milhares de pessoas que, sem qualquer responsabilidade da sua parte, às vezes apenas por causa da sua nacionalidade ou raça, foram expedidos à morte ou a um declínio lento". De acordo com Rittner, o discurso continua a ser um "pára-raios" nos debates sobre Pio XII. Os próprios nazistas respondeu ao discurso, afirmando que era "um longo ataque a tudo o que representamos .... Ele está claramente falando em nome dos judeus .... Ele é praticamente acusando o povo alemão de injustiça para com os judeus , e faz-se porta-voz dos criminosos de guerra judeus ". O New York Times escreveu que "A voz de Pio XII é uma voz solitária no silêncio e na escuridão que envolve a Europa neste Natal .... Em pedindo uma" nova ordem real 'com base em "liberdade, justiça e amor,' .. .o papa colocou-se abertamente contra o hitlerismo ". O historiador Michael Phayer afirma, no entanto, que "ainda não está claro cujo genocídio ou que o genocídio que ele estava se referindo a ". Falando por ocasião do 50º aniversário da morte de Pio XII, em 2008, o alemão Papa Bento XVI recordou que a voz do Papa foi "quebrada pela emoção", como ele "deplorou a situação" com uma "clara referência à deportação e ao extermínio dos judeus. "