NFCe - Nota Fiscal ao Consumidor Eletrônica. Utilizado para empresas de varejo, que trabalham diretamente com o consumidor final. Neste caso há a preocupação da nota ser emitida em poucos segundos. Existe um padrão nacional. O documento é de competência do estado.
NFSe - Nota Fiscal de Serviços Eletrônica. Utilizado para a maioria dos prestadores de serviços. É aceitável a nota demorar vários minutos para ser autorizada. Esta nota é de competência da prefeitura. Existe uma recomendação nacional que cada prefeitura implementa como bem entender.
CTe - Conhecimento de Transporte Eletrônico. Usado para prestadores de serviços de transporte. Existe um padrão nacional. Documento de competência do estado.
Existe algumas exceções no país, por exemplo Brasília pode utilizar NFe para serviços e Manaus utiliza NFCe em alguns casos para notas de serviços. Na dúvida, consulte o contador da sua empresa.