Vazamento de informações: o Brasil possui uma tecnologia nuclear muito eficiente, utilizando-se de centrífugas diferenciadas, que sofrem menos desgaste e atrito do que as comuns, pois levitam em um campo magnético ao invés de se apoiarem em um eixo. Como não é possível o registro de patentes na área de tecnologia nuclear, pelo risco das informações vazarem e serem utilizadas para fins bélicos, autoridades argumentam que o acesso irrestrito às instalações brasileiras poderia levar o conhecimento aqui adquirido para outros países, resultando em perda de vantagem competitiva em um possível mercado de energia nuclear. No entanto, é pertinente a observação de que outros países com tecnologia nuclear avançada, como Alemanha, Bélgica e Japão, que poderiam se utilizar do mesmo argumento, já assinaram o Protocolo. Visto que os termos de confidencialidade na área nuclear são bastante rígidos, seria improvável que um vazamento de informações ocorresse.
Fiscalização já é amplamente realizada: o Brasil argumenta que é um dos poucos países fiscalizados por duas agências, a AIEA e a ABACC. Além disso, permite a verificação de suas instalações militares, procedimento não realizado em grande parte dos países. Também é exposto o fato de que qualquer desenvolvimento nuclear para fins não pacíficos seria uma violação à própria Constituição do país. Apesar destes fatos serem verdade, há o contraponto de que a postura brasileira em não assinar o Protocolo incentiva outros países a também não o fazerem, países esses que podem não contar com um sistema de fiscalização tão eficaz quanto o brasileiro, prejudicando o regime de não proliferação como um todo.
Não há contrapartida das potências nucleares: um argumento comum é o de que os países não nucleares estariam realizando muitas concessões – dentre elas, o Protocolo Adicional ao TNP – enquanto as 5 potências nucleares não progrediram em seu objetivo de desarmamento e relutam em colaborar no desenvolvimento da tecnologia nuclear para fins pacíficos em países que ainda não a detêm. Apesar deste ponto estar bem fundamentado, os defensores do Protocolo argumentam que não se pode deixar de avançar em um dos pilares do TNP porque os outros estão mais estagnados, sob risco de fragilizar ainda mais o regime.