Os problemas enfrentados pela prefeita foram de toda ordem, com destaque para o déficit habitacional do município. Não raras vezes os terrenos da cidade, públicos e privados eram ocupados, com a conivência e incentivo da prefeitura. Com problemas financeiros, a administração popular atrasou por vários meses o baixo salário dos servidores públicos, praticamente paralisando a gestão. Juntou-se a isso o desgaste das relações políticas dentro do Partido dos Trabalhadores e a resistência de setores da população, contrários ao modelo de gestão petista.
As montanhas de lixo espalhadas pela cidade passou para a posteridade como a melancólica marca da administração Maria Luiza Fontenele.
Ainda mais crítica era a situação política de Maria Luiza. Em 1987, o PT rompeu com a administração, expulsou a prefeita e os cargos do partido na Prefeitura foram entregues. Na Câmara, os vereadores a ameaçavam de impeachment por falta de repasses de verbas. Em 1988, o PT lançou a candidatura de Mário Mamede. Maria apoiou Dalton Rosado, do Partido Humanista (PH). Foi eleito Ciro Gomes, então no PMDB. Foi o triste fim da conturbada administração popular em Fortaleza.
É como foi citado, a construção dos Conselhos foi iniciativa da Gestão Popular, e estão até hoje sendo utilizados como instrumento de luta do Controle Social, só isso já é o suficiente para parabenizar a gestão, Maria Luiza, que lutou também pela municipalização e construção do SUS.