Em 2002 o Cliper voltou a ser competitivo e disputou o título, mas o Nacional mostrava-se difícil de ser batido na competição e levou o campeonato. O Cliper naquele ano ganhou seu único título profissional: a Taça Amazonas, em convênio com o frutífero município de Itacoatiara.
Em 2020, o Cliper conquistou o título de Campeão Amazonense da Série B, ao vencer no pênaltis, o JC Futebol Clube de Itacoaiara. Após o empates sem gols no tempor normal regulamentar, vitória por 4 a 3 nos pênaltis.