O número apenas cresceu nas temporadas seguintes: 36 (1997) e 29 (1998). A partir de 1999, porém, Juan passou a ser titular incontestável da equipe carioca e já somava passagens pelas categorias de base da seleção brasileira. Em 2001, foi convocado pela primeira vez para a equipe principal do Brasil.
Sua primeira passagem pelo Flamengo teve títulos estaduais (1996, 1999 e 2001) e a Copa Mercosul, em 1999. O sucesso na equipe carioca chamou atenção de clubes do exterior, como a Lazio. Contudo, foi o Bayer Leverkusen, da Alemanha, que desembolsou cerca de 6 milhões de euros para contratar o defensor. De 2002 a 2007, o zagueiro defendeu a equipe alemã, na qual chegou a fazer dupla com Lúcio. O mesmo dueto que marcou época pela Seleção: vestindo verde e amarelo, jogaram juntos 49 vezes, com um saldo de 34 vitórias, 10 empates e cinco derrotas. Foram apenas 28 gols sofridos pelo Brasil quando os dois jogaram juntos – média de 0,57 por partida.
Quando foi contratado pela Roma, na temporada 2007-08, Juan já tinha currículo vencedor e era um jogador consolidado na sua posição – ainda assim, custou apenas 6,4 milhões de euros, mas só porque exigira uma cláusula rescisória baixa ao firmar contrato com o Leverkusen. Não foi campeão na Alemanha, mas se tornou ídolo dos aspirinas e cresceu como jogador antes de vestir o manto giallorosso. Ao desembarcar na capital italiana, Juan já tinha no currículo, contudo, una conquista da Copa das Confederações e duas da Copa América, além de uma campanha como titular do Brasil na Copa do Mundo de 2006.
Por isso, não demorou para ter chances como titular na Roma. Na época da sua contratação, os veículos de comunicação na Itália noticiavam que Juan seria o substituto do zagueiro Cristian Chivu, que poderia deixar a Loba para acertar com a Inter. Dito e feito. Em seu primeiro ano, após a saída do romeno, Juan atuou em 32 jogos pela equipe giallorossa, formando dupla de zaga com Philippe Mexès. Algumas lesões musculares o atrapalharam em seu primeiro biênio na Cidade Eterna e ele não ficou disponível para a utilização de Luciano Spalletti durante todo o período.
Em 2007-08, Juan não era o único brasileiro da Roma. A equipe que conquistou a Supercopa Italiana e a Coppa Italia, últimos títulos da Loba, tinha no elenco os goleiros Doni e Júlio Sérgio, o lateral direito Cicinho e os meias Mancini e Rodrigo Taddei. Como já chegou “pronto” na Itália, o defensor cresceu como líder. Seja por Flamengo, Bayer, Roma, Internacional ou Seleção, o defensor deixou imagem de liderança. No seu período que defendeu as cores aurirrubras, conviveu com líderes como Daniele De Rossi, David Pizarro, Simone Perrotta e Francesco Totti. De alguma forma, o defensor foi influenciado pelos companheiros.