Até o momento ainda é preciso ir até o Flathub para adicionar o repositório, mas o Fedora já trás o seu próprio repo flatpak por padrão, porém nenhum flatpak instalado, veja a lista de flatpak’s que você encontrará disponível por padrão no Fedora (também possível verificar via GNOME Software)
Sobre o uso de ram inicial (800mb~) e tempo de boot (13s em VM no SSD) considero ótimo para o que o sistema oferece por padrão, tanto em quantidade de serviços e programas pre carregados, lembrando que o gnome-software sempre fica rodando por em segundo plano, assim como suas atualizações automáticas que são ativadas por default. Também vem com serviços como: abrt para relatar bugs facilmente, firewall, cups, flatpak, fwupd (updates de firmware) entre muitos outros. Lembrando, se você quer um sistema customizado ou mais enxuto, você pode montar da sua maneira com este tutorial, remover/desativar o que você quiser via systemctl (exige cuidado para não quebrar o sistema). O Silverblue também é uma alternativa pois vem mais enxuto que o Workstation.