Na fase de operação, realiza-se uma impermeabilização do local, de modo a minimizar riscos de poluição, e a proveniência dos resíduos é devidamente controlada. O biogás é extraído e as águas lixiviantes são tratadas. A deposição faz-se por células que uma vez preenchidas são devidamente seladas e tapadas.
A cobertura dos resíduos faz-se diariamente. Uma vez esgotado o tempo de vida útil do aterro, este é selado, efetuando-se o recobrimento da massa de resíduos com uma camada de terras com 1,0 a 1,5 metro de espessura. Posteriormente, a área pode ser utilizada para ocupações "leves" (zonas verdes, campos de jogos, etc.).
Essa questão merece atenção porque, ao realizar a coleta de lixo de forma ineficiente, a prefeitura é pressionada pela população para melhorar a qualidade de serviço, pois se trata de uma operação totalmente visível aos olhos da população. Contudo ao se dar uma destinação final inadequada aos resíduos poucas pessoas serão diretamente incomodadas, fato este que não gerará pressão por parte da população. Assim, diante de um orçamento restrito, como ocorre em grande número das municipalidades brasileiras, os sistema de limpeza urbana não hesitará em relegar a disposição final para o segundo plano, dando prioridade á coleta e a limpeza pública.
Por está razão, é comum observar nos municípios de menor porte a presença de lixões, ou seja, locais onde o lixo coletado é lançado diretamente poluindo tanto o solo, quanto o ar e as águas subterrâneas e superficiais das vizinhanças.