A partir deste momento todas as atualizações que são feitas em um diretório serão replicadas para o outro e vice-versa. Ou seja, se eu deletar um arquivo em /var/www/site ele também será deletado em /home/codecafe/site (e vice-versa).
Para fazer com que essa configuração seja permanente, você deve incluir a seguinte linha em /etc/fstab:
ATENÇÃO: Este é o passo mais importante a ser seguido para que o seu acesso SFTP funcione corretamente!!!
OBS: No meu caso, como eu tenho o Pool do PHP configurado dentro do servidor, o diretório em /var/www/site já é de propriedade do usuário/grupo codecafe e não do www-data, que é o padrão do NGINX. Neste caso você talvez precise conceder privilégios de acesso a esse diretório para o usuário recém criado para que a configuração funcione corretamente.