Amostras de tecido fresco congelado são seccionadas e colocadas nas quatro áreas de captura da lâmina de expressão gênica do Spatial Visium. Utilizando técnicas padrão de fixação e coloração, incluindo coloração com hematoxilina e eosina (H&E), capture a imagem no microscópio. Em seguida, o tecido é permeabilizado para liberar mRNA das células para ligação dos oligonucleotídeos com barcode espacial de cada spot distribuídos por toda a área de captura da lâmina.
Será feita a reação de transcriptase reversa para síntese de cDNA, a partir de mRNA capturado, e posteriormente os fragmentos são desnaturados. Os cDNAs com o barcode serão então agrupados e amplificados para seguir com a etapa de preparo de biblioteca. Etapas subsequentes serão imprescindíveis para a montagem dos fragmentos de cDNA que seguirão para o sequenciamento utilizando a plataforma Illumina. Com o arquivo FASTq gerado do sequenciamento, será processado e visualizado usando o software 10x Genomics (Figura 2).
Veja na íntegra o artigo: Berglund E, Maaskola J, Schultz N, et al. Spatial maps of prostate cancer transcriptomes reveal an unexplored landscape of heterogeneity.