O dia amanheceu ensolarado naquela manhã de 08 de agosto de 1968 indicando que seria mais um daqueles dias quentes e com pouca circulação de ar, típico da região semiárida nordestina. No entanto, o calor e a ansiedade visível na fisionomia daquelas mulheres e homens, que pareciam não acreditar na grande obra que estavam ajudando a construir, não eram empecilhos para os preparativos para a Aula Inaugural da Faculdade de Filosofia Dom Aureliano Matos, ministrada pelo historiador Raimundo Girão, Secretário de Cultura do Estado do Ceará.
Em sua sala o diretor da FAFIDAM, Cônego Misael Alves de Sousa, percorria em suas reminiscências a trajetória para a consecução daquele projeto educacional, a primeira faculdade do interior do estado do Ceará, localizada na região do Vale do Jaguaribe. Lamentou a ausência de Dom Aureliano Matos, primeiro bispo da Diocese de Limoeiro do Norte, o grande articulador do projeto. Dom Aureliano faleceu cerca de um ano antes da inauguração da FAFIDAM, no dia 19 de agosto de 1967.
Em 19 de agosto de 1966, através da Lei n. 8.557, foi criada a Faculdade de Filosofia Dom Aureliano Matos. Estruturada como Autarquia Estadual em janeiro de 1967, pela da Lei nº. 8.716, a FAFIDAM possuía autonomia administrativa, financeira, pedagógica e disciplinar, comum a outras instituições de ensino superior à época, no Ceará, como a Faculdade de Filosofia do Ceará, a Escola de Administração e a Escola de Veterinária do Ceará.
A criação da FAFIDAM foi objeto de apreciação da Comissão Verificadora do antigo Ministério da Educação e Cultura no ano de 1973, quando do reconhecimento de seus cursos de graduação. No relatório da referida comissão há a seguinte passagem que destaca muito bem o que representa a FAFIDAM para o povo cearense: "Causou-me viva impressão o que os nossos olhos viram e o que o nosso espírito sentiu, ao contemplarmos o milagre de uma semente sã, lançada em fértil solo, cultivada por mãos de peritos da causa da Educação, germinar no sertão cearense (...)."
Em 1983 foi criado o Curso de Licenciatura Curta em Ciências como uma extensão do Curso de Ciências ministrado no Centro de Ciência e Tecnologia da UECE. Em 1994 foi criado o Curso de Ciências com Habilitações para o Ensino Fundamental, nas áreas de Matemática/Ciências, e para o Ensino Médio, nas áreas de Física/Matemática e Química/Biologia.
Posteriormente o Curso de Licenciatura em Ciências desdobrou-se em quatro novos cursos de licenciatura: Ciências Biológicas, Matemática, Física e Química.