A característica mais marcante do retorno de Mahathir é sua reconciliação com Anwar Ibrahim, que havia sido seu braço direito quando ele era primeiro-ministro, até que o depôs em 1998 por diferenças políticas.
Depois de se juntar à oposição, Anwar foi condenado e preso ao final de um controverso julgamento por sodomia e corrupção.
Na campanha, Mahathir prometeu que, se fosse eleito, daria o posto para Anwar quando fosse libertado.