A pesquisa em arquivos públicos (boa parte deles com acesso limitado por designação legal) e a busca de indícios para localização de restos mortais esteve, portanto, sob responsabilidade exclusiva dos familiares das vítimas. Nos casos em que a circunstância da morte presumida pelos familiares colidia com a versão oficial do óbito, houve ainda maior dificuldade para a reunião de evidências materiais que invalidassem os registros formais. Não havia no texto da lei previsão de iniciativa do Estado para busca de evidências sobre a ação de seus operadores. Ele eximiu-se da investigação dos crimes cometidos por seus agentes e limitou-se ao juízo de plausibilidade das narrativas apresentadas, com as devidas provas materiais. Nesse modelo, que imputa o ônus da prova para as partes vitimadas, o Estado figura como garantidor de direito privado.
As críticas aos resultados desse empreendimento reeditaram ainda as frustrações de praxe com processos que envolvem expectativas de justiça em relação a casos de violência de Estado. Além do recorte temporal, que excluiu vítimas tardias da ditadura, a determinação espacial dos crimes também foi recebida com controvérsia. Ela deixou de lado, por exemplo, os mortos em simulações de acidentes ou em conflito com a polícia fora de suas dependências. Soma-se a essas restrições a crítica ao curto período admitido para solicitações à Comissão (120 dias), a precária divulgação sobre os seus trabalhos e o insucesso em abrir arquivos da repressão política e revelar fontes ainda inexploradas. Por fim, a estratégia da responsabilização difusa, sem nominação individual dos criminosos, e também a ausência de princípio punitivo, conforme os termos da Lei da Anistia, corroboraram sentimentos de impunidade e injustiça.
Passados cerca de sete anos da lei em tela, duas outras modificaram seu conteúdo. Em agosto de 2002, a Lei 10.536/02 expandiu o período de averiguação de mortes e desaparecimentos para setembro de 1961 a outubro de 1988, quando foi adotada a nova Constituição democrática do país. Além disso, previu novo período de aplicação de 120 dias. Em junho de 2004, nova lei (10.875) incluiu a possibilidade de reconhecimento de vítimas que morreram como resultado de violência policial ou militar durante manifestações públicas ou conflitos armados com agentes do Estado.
Por fim, também foram reconhecidos os casos de suicídios cometidos em circunstâncias de prisão iminente ou resultados de danos psicológicos por tortura. As novidades legais superaram importantes fragilidades do texto de 1995, mas não lidaram com o problema fundamental de inversão do ônus da prova para as vítimas. No modelo reeditado, o Estado ainda figura como elemento passivo: apenas reconhece ou não a narrativa de vitimação, e não acrescenta informações a ela.
A mesma limitação aplicou-se aos processos de indenização de vítimas vivas que alegavam prejuízos profissionais em razão de perseguição política. Na mesma altura das leis de ajuste à Comissão de Mortes e Desaparecidos, instituiu-se a Comissão de Anistia (Lei 10.559), em novembro de 2002, também restrita às informações fornecidas pelos pleiteantes.
Quase duas décadas depois da transição formal ao novo regime, os passos dados na direção do reconhecimento e da reparação a vítimas seguiram, portanto, à sombra do paradigma da anistia, com restrições à identificação de torturadores e à postura ativa do Estado na investigação de crimes. Apenas longo tempo depois de promulgada, a Lei de Anistia suscitou controvérsia pública e disputas políticas. Os termos do perdão criminal no país foram questionados em ação proposta pela Ordem dos Advogados do Brasil em outubro de 2008.