Bolsa 12/11109-0 - Biologia computacional, Cana-de-açúcar - BV FAPESP
Análise in silico do transcriptoma e de sequências genômicas de cana-de-açúcar: identificação de SNPs, análise da expressão alelo-específica e desenvolvimento e caracterização de microssatélites
Processo: 12/11109-0
Assunto(s): Biologia computacional Cana-de-açúcar Transcriptoma Marcador molecular
A cana-de-açúcar está entre as espécies de maior importância econômica no mundo, constituindo uma das principais fontes de produção sucroalcooleira. O desenvolvimento de marcadores genéticos, PCR específicos, como os microssatélites (SSR) e SNPs, pode gerar informações que auxiliarão os programas de melhoramento da cana-de-açúcar. O presente projeto propõe a continuidade de um trabalho que se iniciou com o desenvolvimento de marcadores microssatélites a partir de sequências expressas ESTs (EST-SSR) e genômicas associados a genes. Até o momento, foram desenvolvidos e caracterizados 65 marcadores EST-SSR, os quais já foram publicados (Marconi et al., 2011) juntamente com outros marcadores previamente caracterizados. Além desses, foram desenvolvidos mais 326 marcadores SSR genômicos, os quais foram identificados como sendo associados a algum gene de cana-de-açúcar. Para a continuidade deste projeto, propõe-se a análise do transcriptoma, empregando a técnica de RNA-Seq para seis genitores de três populações de mapeamento do nosso laboratório. Com vistas a identificar transcritos diferencialmente expressos, e posterior identificação de SNPs para estas sequências. Além disso, é proposto um estudo que tem por finalidade a detecção de expressão alelo-específica. Para a execução deste projeto, além de todo suporte oferecido pelo laboratório onde será realizado a pesquisa, o mesmo ainda conta com a coorientação do Dr. Renato Vicentini, que auxilia nas análises de bioinformática. (AU)
BARRETO, M. A.; ROSA, J. R. B. F.; HOLANDA, I. S. A.; CARDOSO-SILVA, C. B.; VILDOSO, C. I. A.; AHNERT, D.; SOUZA, M. M.; CORREA, R. X.; ROYAERT, S.; MARELLI, J.; SANTOS, E. S. L.; LUZ, E. D. M. N.; GARCIA, A. A. F.; SOUZA, A. P. QTL mapping and identification of corresponding genomic regions for black pod disease resistance to three Phytophthora species in Theobroma cacao L.. EUPHYTICA, v. 214, n. 10 OCT 2018. Citações Web of Science: 1.