No EJB 3.0 apareceu a anotação @ApplicationException para indicar a política de roll back para exceção a ser lançada por erro de lógica do negócio em contraposição aos erros do sistema. Antigamente isto era papel das checked exceptions.
No Hibernate anterior a versão 3.0, todas as exceções lançadas eram checked. Isto foi feito influenciado pelo JDBC que somente lança este tipo. Mas exceções em operações de bases de dados em geral são erros fatais e assim muita gente fazia como o Spring e as empacotava como subtipo de RuntimeException que é unchecked. O Hibernate da versão 3.0 em diante só lança unchecked exceptions.