A área onde atualmente está a cidade recebia o nome de "Muequetá" ("campo ou savana da lavoura") e o chefe do povoado era chamado "Funza" ("varão poderoso"). Precisamente no território do atual município de Funza, subúrbio de Bogotá, e provavelmente em sua aldeia "El Cacique", se encontrava a sede da povoado de Bacatá, a cidade mais importante do povo chibcha, um dos grupos indígenas mais avançados que os espanhóis encontraram na sua chegada às Índias. O soberano Muisca recebia educação no atual município de Chía. Através da história, Bogotá e seus arredores foi conhecido com diferentes nomes. O nome original, em chibcha, do lugar onde os espanhóis fundariam a cidade era "Thybzacá" ou "Teusacá", do qual se derivou Teusaquillo.[carece de fontes?]
Em 1538, quando o conquistador Gonzalo Jiménez de Quesada fundou a cidade, foi dada o nome de Nuestra Señora de la Esperanza (Nossa Senhora da Esperança). Contudo, um ano mais tarde, em 1539, durante a fundação jurídica da cidade, o nome foi alterado para "Santafé" ou "Santa Fé". O nome Santafé de Bogotá (ou Santa Fé de Bogotá) não foi oficial durante a época colonial, porém, seu uso se tornou comum pela necessidade de distinguir esta Santafé de outras cidades com o mesmo nome, sendo Bogotá o nome indígena da região. Durante esta época se chamava Bogotá a atual povoação de Funza.[carece de fontes?]
Depois da independência em 1819, Santafé recebeu novamente o nome indígena da antiga capital muisca: Bogotá (nome que na época possuía o atual município de Funza e que, devido a esta mudança, foi renomeada de tal forma). Na realidade, desde sempre seu nome oficial foi Santafé de Bogotá, porém, era comumente chamada apenas de Santafé para distingui-la da atual Funza. A constituição de 1991 indiretamente muda o nome da capital para Santafé de Bogotá. A polêmica gerada por esta mudança obriga que em 2000 se aprove uma reforma constitucional para suprimir as palavras «Santafé de», ficando a cidade novamente com o nome de Bogotá.[carece de fontes?]
Desde 10.500 a. C., grupos humanos habitavam a região com atividades de caça e coleta. Desde 3500 a. C., já se registram atividades hortícolas, de cerâmica e a domesticação de porquinho-da-índia por grupos que ainda dependiam da caça e coleta. Em 500 a. C., já estava muito difundido o cultivo do milho e batata. Até o ano 800 da era atual, os muiscas (povo indígena mais importante da família Chibcha) habitavam a região, como resultado de uma migração de origem chibcha, procedente de outro território (provavelmente vindos da América Central), que haviam se misturado com a população anterior.[carece de fontes?]
A cultura muisca carecia de escrita, por este motivo, os cronistas reconstruíram a história aborígene recolhendo informações através de relatos orais que remontam ao ano de 1470, quando Bogotá era governada pelo Zipa Saguamanchica.[16] No topo da escala da organização social muísca estava o monarca absoluto (Zipa), seguido pela classe religiosa dos xeques e mohanes. Depois estavam os guerreiros güechas, seguidos pelos artesãos, mercadores, camponeses, etc.[carece de fontes?]