Bolsa 17/14748-8 - Equinos, Genótipo - BV FAPESP
Estudo da eficiência da imputação e painéis de menores densidades de SNPs na raça Quarto de Milha
Processo: 17/14748-8
Beneficiário: Estevam Rodrigues de Souza
Assunto(s): Equinos Genótipo Técnicas de genotipagem Genômica Melhoramento genético animal Imputação objetiva
O investimento em painéis de genotipagem ainda é elevado, sendo que o nível de informação do painel influencia seu custo comercial. A imputação de genótipos tem sido explorada como estratégia na redução dos custos da implementação de ferramentas moleculares no melhoramento genético animal. Desta forma, o objetivo do presente trabalho será estudar a eficiência da imputação obtida de análises de painéis de baixas densidades de SNPs (1k, 3k, 6k e 9k) e painéis comerciais de alta densidade, com finalidade de verificar a possibilidade do uso de painéis de baixa densidade no melhoramento genético da raça Quarto de Milha. Serão utilizados total de 356 equinos da linhagem de corrida da raça Quarto de Milha, de ambos os sexos, genotipados com painel de alta densidade de SNPs. Os SNPs para composição dos painéis de baixas densidades serão selecionados considerando espaçamento ao longo do cromossomo e alta frequência do alelo menor. A imputação dos genótipos será realizada por meio do programa FImpute v.2.2. A eficiência de imputação será avaliada de acordo com os seguintes critérios: 1) porcentagem de genótipos não imputados (PGNI); 2) porcentagem de genótipos imputados corretamente (PGIC); 3) correlação entre o genótipo observado e o genótipo imputado (CORR). (AU)