Após o fechamento do Congresso, em abril de 1977, pelo presidente Ernesto Geisel (1974-1979), como parte do conjunto de medidas conhecidas como o “pacote de abril”, dom Eugênio Sales tornou-se um dos interlocutores do presidente do Senado, Petrônio Portela, em suas negociações com o que então se chamava de “representantes da sociedade civil”, visando a encontrar pontos de convergência que tornassem possível o encaminhamento do projeto de abertura política do presidente da República e do chefe do Gabinete Civil, general Golberi do Couto e Silva.
Em dezembro de 1977, dom Eugênio Sales negou, através da imprensa, a existência de freiras, padres ou bispos “vermelhos” no seio do clero. Perguntado sobre a posição da Igreja em relação à campanha em prol da anistia política em fevereiro de 1978, ele declarou ao Jornal do Brasil: “Essas campanhas muitas vezes apresentam um rumo e depois tomam outro”. Disse ainda que, pessoalmente, sempre se inclinava para a misericórdia e o perdão, mas acrescentou: “O perdão está condicionado a vários fatores. Assim, quem foi condenado por julgamento injusto tem direito à anistia; quem cometeu crime, dentro dos padrões normais que regem a sociedade, pode merecer essa mercê, mas não tem o direito de exigi-la”.
No fim de março de 1978, o presidente dos Estados Unidos, Jimmy Carter, visitou o Brasil, ocasião em que se encontrou com dom Eugênio e dom Paulo Evaristo Arns, cardeal-arcebispo de São Paulo. A propósito do encontro, em que foi discutida a situação dos direitos humanos no Brasil, o Jornal do Brasil afirmou: “O cardeal-arcebispo do Rio de Janeiro é considerado um moderado. Foi graças a ele que se manteve o entendimento entre a Igreja e o Estado durante o governo do presidente Emílio Garrastazu Médici”. Em dezembro de 1978, pronunciando-se a respeito do projeto de anistia que vinha sendo preparado pelo presidente Ernesto Geisel, dom Eugênio Sales declarou: “A anistia, independentemente da justiça ou injustiça, é uma forma de misericórdia e pode ser uma forma de sabedoria política”. Em agosto de 1979, já no governo do presidente João Batista Figueiredo, quando o projeto da anistia tramitava no Congresso, dom Eugênio declarou que desejava que a anistia fosse a mais ampla possível. Em outubro seguinte, numa palestra de encerramento do IV Seminário Regional Latino-Americano de Teologia e Pastoral do Culto do Coração de Jesus, realizado no Centro de Estudos Teológicos do Sumaré, no Rio de Janeiro, criticou o que chamou de “desvios doutrinários de uma corrente meramente sociopolítica da teologia latino-americana e o uso da análise marxista para a reflexão teológica”.
Em abril de 1980, a CNBB analisou as críticas feitas pelo presidente João Figueiredo e por alguns de seus ministros à atuação da Igreja no campo social. No dia 25 do mesmo mês, foi publicado um documento, aprovado pelos bispos, que afirmava: “A cada bispo em sua diocese cabe cumprir a tríplice e grave tarefa de ensinar e interpretar a verdade, presidir e promover a liturgia e discernir e coordenar as formas de presença e ação de sua igreja particular. Essa missão, o bispo a exerce em nome do próprio Cristo, subordinado ao papa e em comunhão com os demais pastores”. Esse documento foi também uma reação às críticas dirigidas especificamente a dom Ivo Lorscheiter, presidente da CNBB, pelo governo e até por alguns bispos, como dom Vicente Scherer, cardeal-arcebispo de Porto Alegre, em face da atuação de dom Ivo durante as greves operárias no ABC paulista. Pronunciando-se sobre a questão, dom Eugênio Sales afirmou que a reabertura do diálogo entre patrões e empregados era o único caminho, acrescentando esperar que, na solução da crise, os operários não fossem injustiçados. Quanto ao presidente da CNBB e a dom Vicente Scherer, disse não querer julgar nem um, nem outro: “Depende das circunstâncias locais a avaliação de cada fato”, afirmou.
Em junho de 1980, o papa João Paulo II iniciou uma visita de 12 dias ao Brasil, o que se transformou no maior acontecimento religioso da história do país. No Rio de Janeiro, onde foi recebido por dom Eugênio Sales e cumpriu extensa agenda, sua santidade visitou a favela do Vidigal, preparada pela Cúria Metropolitana para recebê-lo. Na ocasião, dirigindo-se aos bispos brasileiros, João Paulo II afirmou: “A Igreja em todo o mundo quer ser a Igreja dos pobres. A Igreja em terras brasileiras quer ser também a Igreja dos pobres, isto é, quer extrair toda a verdade contida nas bem-aventuranças de Cristo”. Comentando a preferência pelos pobres indicada pelo papa, dom Eugênio Sales afirmou ser ela “um sinal da autenticidade do trabalho evangélico dos bispos e do conjunto dos católicos”, mas observou: “A Igreja, porém, não se identifica com uma classe social, ela é essencialmente mediadora”.
No início de setembro de 1980, dom Eugênio celebrou na igreja da Candelária a missa de sétimo dia pela alma de Lida Monteiro da Silva, secretária do Conselho Federal da Ordem dos Advogados do Brasil (OAB), morta num atentado terrorista da extrema direita à sede da entidade. Em novembro seguinte, recusou-se a receber a Medalha do Pacificador, que lhe fora conferida pelo Exército, declarando que, embora tivesse apreço pela condecoração, “quanto à recepção da mesma, deixo o assunto para posterior apreciação”. Em dezembro do mesmo ano, manifestou-se preocupado com “a infiltração de ideologias contrárias ao cristianismo” nas comunidades eclesiais de base, declarando, em janeiro do ano seguinte, que na Nicarágua a Igreja vinha sendo “utilizada de forma astuciosa pelos sandinistas para disfarçar seus verdadeiros objetivos políticos e, dessa forma, impedir que haja oposição ao estabelecimento de um regime marxista no país”.
Em abril de 1981, realizou-se em Itaici (SP) o IV Encontro Intereclesial das Comunidades de Base, com a presença de cerca de trezentos participantes, que debateram a atuação das comunidades nos bairros. Argumentando que não se tratava de uma reunião oficial da Igreja e que a atuação das comunidades eclesiais de base ainda não havia sido regulamentada pela CNBB, dom Eugênio não compareceu, nem enviou representante de sua arquidiocese ao encontro.
Em julho seguinte, integrou um grupo de 15 cardeais chamados a Roma para resolver problemas administrativos da Santa Sé, principalmente um déficit de milhões de dólares. Em setembro do mesmo ano celebrou, a missa pelo Dia da Independência na catedral metropolitana, no Rio de Janeiro, defendendo em seu sermão o uso da força “contanto que baseada no direito e visando à manutenção da ordem pública”.
No início de outubro do mesmo ano, visitou, em Brasília, o presidente da República em exercício, Antônio Aureliano Chaves de Mendonça, que assumira o governo durante a viagem do presidente João Figueiredo aos Estados Unidos para se submeter a exames médicos. Aureliano se recusara a decretar a expulsão do país de dois padres franceses — Aristides Camio e François Gouriou — acusados de incitar posseiros a cometerem crimes contra agentes policiais no limite norte de Goiás com o Pará. A expulsão era exigida por setores radicais das Forças Armadas, mas Aureliano fez questão de que os padres fossem submetidos a julgamento. À saída desse encontro, dom Eugênio Sales declarou que “mais importante do que os dois padres franceses são as milhares de pessoas expulsas de suas terras”.
Em meados de 1985, numa conjuntura de escândalos financeiros e políticos, defendeu em seu programa radiofônico semanal a necessidade de uma cruzada pela moralidade pública, “a exemplo do imenso clamor que se fazia ouvir pelos quadrantes de nossa pátria quando da campanha política das Diretas Já”. Segundo dom Eugênio, no âmago de todos os problemas que então abalavam o país estava a crise de autoridade, esterilizando todo e qualquer esforço de reconstrução de uma nova sociedade. “Estamos pagando um preço incalculável por essa falta de pudor que encobre uma imensa injustiça social”, disse o arcebispo.
À frente da Arquidiocese do Rio de Janeiro, dom Eugênio manifestou em muitas ocasiões sua discordância com a linha progressista, assumida pela CNBB, que considerava “excessivamente voltada para as coisas do mundo”. Foi um crítico contumaz da Teologia da Libertação, cujos ensinamentos, “de corte marxista”, seriam, segundo ele, “contrários à santidade da família”, entrando em conflito direto com seus adeptos. Sua disputa com o frade franciscano Leonardo Boff, um dos expoentes da Teologia da Libertação, teria levado ao desligamento do frade da Igreja Católica, por decisão da Comissão de Doutrina e Fé do Vaticano.
Em dezembro de 1985, dom Eugênio participou do Sínodo Extraordinário dos Bispos, convocado pelo papa João Paulo II, para celebrar, verificar e promover o Concílio Vaticano II no seu 20º aniversário e, em março do ano seguinte, integrou um encontro dos bispos brasileiros com João Paulo II e cardeais da Cúria Romana, em que se buscou dirimir as divergências reinantes no episcopado brasileiro e conclamá-lo a seguir os rumos indicados pelo Vaticano.
Em maio de 1986, solidarizou-se com o arcebispo de Manágua, cardeal Obando y Bravo, no protesto contra as restrições impostas à Igreja e a outros setores da sociedade nicaraguense pelo governo sandinista, que expulsara do país vários sacerdotes e invadira e ocupara os escritórios da arquidiocese local.
Dom Eugênio foi também o primeiro signatário da mensagem pastoral do episcopado fluminense, que definiu a posição da Igreja acerca das eleições de novembro de 1986. Embora salientando que a Igreja não tem partido, nem apoia candidatos, os bispos das dioceses do estado do Rio ponderaram: “Ninguém pode ignorar que a elaboração de uma nova Constituição para o Brasil torna este momento verdadeiramente crucial para o presente e o futuro do país. Daí a necessidade premente de escolher, com grande senso crítico, com acerto, os candidatos [...] Antes de ser uma simples questão de política partidária, é uma questão de respeito e apreço pela dignidade fundamental da pessoa humana e preservação dos princípios cristãos”.
Criador da Campanha da Fraternidade, em 1964, dom Eugênio foi responsável também pela sua primeira dissidência, em 1987, ao promover em sua arquidiocese uma campanha própria, com uma mensagem diferente do texto-base nacional preparado pela CNBB para discutir a questão dos negros no Brasil. O tema da campanha de 1988 foi uma homenagem ao centenário da Abolição, fundada no slogan “Ouvi o clamor deste povo”. Enquanto o texto da CNBB, assumindo de forma mais radical as teses e reivindicações dos movimentos de luta contra o racismo, fazia uma autocrítica quanto à responsabilidade da Igreja na legitimação da escravatura no Brasil e falava em “organização da população em vista da transformação do sistema vigente a partir das experiências comunitárias concretas”, a campanha da Arquidiocese do Rio, que teve como lema a mensagem “Várias raças, um só povo”, buscou relativizar o papel da Igreja no processo escravocrata e priorizou a tese da miscigenação e da integração racial, defendendo que a discriminação sofrida pelo negro no Brasil era mais social e econômica do que racial. Em seu texto-base, afirmava também que “a promoção social do negro dificilmente se dará através da exacerbação do sentimento de classe, do uso de sua condição social para acirrar conflitos”. Dom Eugênio posicionou-se também contrário à organização de encontros ou de entidades de seminaristas ou de padres negros, assim como à criação da Pastoral do Negro, reivindicada por alguns religiosos.
Ainda em 1987, no mês de abril, dom Eugênio foi homenageado pelo Exército com a Medalha do Pacificador, “pelos relevantes serviços prestados ao país”.