Apesar do longo histórico de atuação, a URNWA não fica a salvo de críticas. A ausência de uma prestação de contas feita por uma empresa internacional independente fez com que a UNRWA fosse criticada em 2006 pelo Congresso dos Estados Unidos. Embora não se tenha detectado corrupção generalizada, foram denunciados casos de favoritismo e parcialidade nas decisões sobre contração de pessoal.