A estrutura genética é determinada por tal especificidade obrigatória, que é modulada transcriptionally por FLI-1. Conseqüentemente, o rearranjo genético no sarcoma de Ewing ocorre em t (11; 22) (q24; q12), e igualmente no domínio do amino-terminal de FLI-1 que é substituído pela seqüência de EWS. Isto resulta na presença de uma série de repetições degenerate com índice alto da glutamina. Este ajudas mais adicionais na formação total da proteína da fusão EWS-FLI1.