A lenda diz que o “João Antão escravo da Fazenda Campo Alegre, cujo romance com a irmã de seu senhor, o Capitão João Francisco Junqueira, havia sido descoberto, cansado dos maus tratos, refugiou-se em uma gruta no alto da serra, onde passou a viver da pesca, frutos e raízes da região.
Um dia um senhor de vestes brancas apareceu para o escravo lhe entregando um bilhete e dizendo que, se ele o entregasse ao capitão, este o perdoaria.
Ao ler o bilhete, o Capitão lhe ordenou que o levasse até a gruta, onde encontraram uma imagem de São Tomé entalhada em madeira. João Francisco, homem profundamente religioso recolheu a imagem e a levou para casa. A imagem sumiu e reapareceu na gruta por várias vezes.
Acreditando ser um milagre, o Capitão mandou erguer uma capela no local, onde, em 1785, foi construída a Igreja Matriz, originando assim o povoado; dizem que o filho do Capitão, Gabriel Francisco Junqueira, o Barão de Alfenas, título este concedido por D. Pedro II, foi sepultado debaixo do altar da igreja.
A igreja, construída em estilo barroco, abriga em sua nave principal a pintura do mestre Joaquim José da Natividade, altares em estilo rococó e várias imagens de madeira do século XVIII.
A origem do nome da cidade deve-se à aparição do santo e às inscrições rupestres encontradas na entrada da gruta que não se sabe terem sido feitas pelos índios cataguases antigos moradores da região ou se são palavras deixadas pelo santo.
As construções que caracterizam a cidade (Arquitetura de São Thomé das Letras), dezenas delas foram feitas com as próprias pedras extraídas no local, cuidadosamente cortadas e empilhadas uma a uma, sem qualquer tipo de argamassa, oferecem segurança e firmeza, como as construções do século XVIII.
Com base na economia local, que é 60% oriunda da extração de pedras de quartzito (o que é a pedra são thomé), usadas no revestimento de casas, passeios, piscinas, e hoje exportadas para vários países da Europa, a cidade ficou conhecida como “cidade de pedra”.
As lendas, histórias e preceitos iniciáticos formam um clima esotérico na cidade, tornando-a conhecida como a Cidade das Estrelas do Brasil para o mundo. Acredita-se que São Thomé das Letras seja uma das Sete Cidades Sagradas do Sistema Geográfico Sul Mineiro, ligadas ao Governo Oculto do Mundo (GOM) e a Constelação de Órion, segundo as sociedades teosóficas, mas a vida dos seus moradores é bem simples, típica do interior de Minas.