O Mestrado em Ciência da Computação é um curso de pós-gradução strictu sensu, com duração típica de dois anos. Para obter o grau de Mestre o aluno deverá cursar disciplinas, preparar um plano de trabalho e ser aprovado no exame de qualificação, demonstrar proficiência em língua inglesa, desenvolver o plano de trabalho, escrever e defender a dissertação.
Especializar profissionais da área de informática para trabalhar na concepção, desenvolvimento, implantação, administração e manutenção de aplicações dinâmicas baseadas na Web através de uma visão global do estado da arte no desenvolvimento de aplicações Web utilizando-se ferramentas e linguagens de programação de última geração.
O objetivo do curso é formar profissionais capazes de desenvolver novas tecnologias e pesquisas que alavanquem a ciência da computação. Isso envolve também a aplicação de ciência da computação no desenvolvimento de sistemas utilizados em outras áreas do conhecimento, tais como engenharias, bioinformática e tecnologia de informação.