Desde a institucionalização do SINAES, pela Lei 10.861/2004, a UFF teve seis composições de CPA. A primeira foi nomeada pela Portaria 33.712/2005, para um mandato de um ano. Essa comissão teve a incumbência de propor um regimento para a CPA/UFF e encaminhá-lo ao Conselho Universitário para aprovação, elaborar um projeto de avaliação institucional para a Universidade; e conduzir o primeiro processo avaliativo, nos termos determinados pelo SINAES, e de acordo com os princípios do Projeto de Avaliação Institucional da UFF, aprovado pelo Conselho Universitário, em 28 de setembro de 2005.
O período correspondente à vigência do mandato da segunda CPA/UFF, nomeada pela Portaria 39.941/2009, foi marcado pela tentativa de sensibilização da comunidade universitária em torno da importância da condução autônoma de um processo de avaliação, bem como da aprovação, pelo Conselho Universitário (CUV) em 30 de julho de 2008, do Regimento da CPA/UFF, através da Resolução 153/2008, e conduzir o processo de avaliação institucional da UFF, referente ao 2º ciclo de avaliação do SINAES.
Em 30 de março de 2009, foi designada a terceira composição da CPA/UFF, por meio da Portaria 39.941/2009, para um mandato de quatro anos, em obediência à disposição existente no seu Regimento. Sua incumbência foi a de conduzir o terceiro ciclo avaliativo do SINAES, propondo e promovendo modificações nos processos anteriores, visando a alcançar melhores resultados, principalmente no que se referia ao envolvimento dos segmentos acadêmicos na avaliação institucional.
Pela Portaria 48.355/2012 foi designada a quarta composição da CPA/UFF, para um mandato de 4 (quatro) anos. Essa composição, no entanto, não contemplava a representação do segmento discente, que não havia indicado seu representante, naquele momento. Em vista disso, a vigência da referida portaria foi cessada com a publicação da quinta composição da CPA/UFF, pela Portaria 51.442/2014.
A quinta composição da CPA teve como desafio concluir o processo de constituição das CAL (Comissões de Avaliação Local), nas unidades acadêmicas, aperfeiçoar o sistema de avaliação institucional, implantado em 2005, e ampliar a participação dos segmentos acadêmicos no processo de avaliação, consolidando práticas de análise, intervenção e publicização das ações realizadas a partir dos resultados obtidos.
A atual composição da CPA tem como objetivo alinhar os processos de avaliação externa (tanto para recredenciamento institucional como para reconhecimento e renovação do reconhecimento dos cursos de graduação, presencial e EaD), em face dos novos instrumentos de avaliação do INEP/MEC, posto que a gestão do curso e da instituição, a partir dos resultados da avaliação cobra um protagonismo importante neste novo cenário. Além disto, a CPA pretende contribuir para a implementação do PDI UFF 2018-2022, no qual participou ativamente para a sistematização do documento, assessorando os setores, em matéria de avaliação institucional, na elaboração de seus Planos de Desenvolvimento da Unidade (PDU), seja administrativa ou acadêmica.