A história do aeroporto de São Paulo, como era chamado na época, remete a 1947, quando o Aeroporto de Congonhas registrou um imenso movimento para sua capacidade operacional de passageiros e carga. Por isso, o então secretário de Viação e Obras Públicas do estado nomeou em 1951 uma comissão para levantar as possíveis áreas capazes de receber um aeroporto. Foram identificadas e catalogadas 23 e a escolha recaiu sobre o antigo distrito de Santo Ângelo na cidade de Mogi das Cruzes, mas nada de fato foi realizado.
A partir da década de 1960, políticas voltadas à industrialização do país forçavam o processo de criação de uma infra-estrutura aeroportuária que motivasse a fundação de empresas nacionais e multinacionais, condições imprescindíveis ao desenvolvimento econômico no período.
O surgimento de aviões de grande porte exigiu pistas maiores, motivando várias reformas no antigo Campo de Aviação de Viracopos, em Campinas, transformando-o em 1960 no Aeroporto Internacional de Viracopos/Campinas com 3240 metros de pista. As pistas de Congonhas ficaram limitadas, capazes apenas de receber voos domésticos e alguns poucos internacionais procedentes da América do Sul. Diante das demandas do crescimento nacional, o Ministério da Aeronáutica promove a criação da Comissão Coordenadora do Projeto Aeroporto Internacional (CCPAI), presidida pelo tenente-brigadeiro e futuro ministro da Aeronáutica Araripe Macedo. O comitê foi designado para arquitetar as diretrizes de implantação de uma nova infra-estrutura aeroportuária, pois a aviação comercial a jato impunha transformações que não poderiam ser resolvidas com simples ajustes. A CCPAI confiou os estudos à empresa brasileira Hidroservice, consorciada às canadenses Acres e Parkin. Entre as diversas conclusões deste estudo, destacou-se que o Rio de Janeiro teria um potencial de tráfego de passageiros maior que São Paulo, devido à metrópole oferecer melhores condições econômicas de operação das aeronaves. Na época, as duas cidades sozinhas concentravam 55% do tráfego aéreo doméstico e 90% do tráfego internacional do país. Mediante os fatos, era importante a construção de dois aeroportos internacionais nas duas cidades e o Rio de Janeiro sediaria o principal complexo aeroportuário internacional do país. Dos locais analisados, a Base Aérea do Galeão no Rio de Janeiro e a Base Aérea de São Paulo eram os que ofereciam maiores benefícios, pois naquele período para o Governo Militar era conveniente aliar os interesses da aviação comercial e militar. O novo Aeroporto de São Paulo/Guarulhos deveria ser, portanto, implantado o mais quanto antes, visando possibilitar o desenvolvimento econômico-operacional do principal aeroporto internacional do Brasil. Embora o estudo reconhecesse que o aeroporto de Campinas possuía melhores condições meteorológicas e topográficas, foi considerada a distância de 95 km de São Paulo, (uma séria restrição ao conforto dos usuários) e a crise do petróleo na época. Ainda foram realizados estudos de viabilidade para a construção de uma ferrovia para trens de alta velocidade. No entanto o investimento se provou inexeqüível na época, pois não haveria densidade de tráfego suficiente para justificá-lo. Esta perspectiva hoje foi revista e o projeto do Expresso Bandeirantes está em andamento. As obras para construção do Aeroporto Internacional do Rio de Janeiro iniciaram-se após aprovação do estudo feito pela comissão e inaugurado em 20 de janeiro de 1977. Ao contrário do que ocorreu no Rio de Janeiro, em São Paulo o Ministério da Aeronáutica avaliou ser essencial envolver o Governo do Estado. Em quatro de maio de 1976 o então governador Paulo Egídio Martins firmou um acordo no qual constava que em todas as etapas de instauração do novo aeroporto – da escolha do lugar à construção – o estado de São Paulo seria responsável. Também ficou acordado que as obras seriam financiadas pelo Ministério da Aeronáutica (55%) e Governo do Estado de São Paulo (45%). Mas desde a escolha do local onde seria erguido o aeroporto, o assunto mostrou-se polêmico. Campinas estava certa para abrigar o aeroporto, mas o governador decidiu que era preciso reexaminar a escolha, pois ele pensava que a região estava urbanizada demais. Novos estudos e levantamentos executados indicavam que a cidade de Ibiúna abrigava as condições ideais. Em 15 de setembro de 1975, Paulo Egídio assina um decreto declarando de utilidade pública para fins de desapropriação cerca de 60 quilômetros quadrados de áreas de terra em Ibiúna. Contudo uma série de disputas envolvendo a escolha da região iniciou-se, e só foi amenizada em março de 1977, quando Paulo Egídio decretou que uma nova área de 60 quilômetros quadrados, situada em Caucaia do Alto, distrito da cidade de Cotia sediaria o aeroporto. Isso foi o estopim para que protestos iniciassem. A Reserva Florestal do Morro Grande, um dos últimos vestígios da Mata Atlântica, seria parcialmente desmatada. Surgiu a Comissão de Defesa do Patrimônio da Comunidade, reunindo quase setenta entidades preocupadas com o meio ambiente. O governo prometeu reflorestar a região, argumentou os benefícios do novo terminal, levantou fundos para a obra, mas ela não saiu do papel.