Em 1610 sofreu uma queda na qual deu origem a duas feridas que nunca mais cicatrizariam. Próximo de sua morte, seu sangue foi retirado de suas feridas, e colocado em frascos de vidro. Sua saúde declinou em junho de 1616. Em seu leito de morte, os magistrados de Lecce lhe perguntaram duas vezes se ele seria o patrono da cidade quando entrasse no Paraíso. Bernardino não pôde falar, mas assentiu em aprovação e morreu sussurrando: "Jesus... Maria".