A organização também foi relacionada ao complô para assassinar o Papa João Paulo II durante sua visita a Manila em 1994, aos atentados contra vôos americanos transatlânticos em 1995, e a um plano para assassinar o ex-presidente americano Bill Clinton durante sua visita a Manila no mesmo ano.
Em fevereiro de 1998, teve início um novo processo no plano teológico, que se traduziu na legitimação da guerra santa, a Jihad, contra o ocidente. Em Londres, a organização Azzam, que reúne mujahedin afegãos e bósnios, divulgou instruções para a oração das sextas-feiras, “dua”, que relacionava todos os desafios da guerra santa a inimigos comuns: Estados Unidos e Israel.