Como sucede, em muitas obras de arte, este túmulo é uma obra muito complexa, com várias linhas interpretativas possíveis e paralelas. Existem assim várias interpretacoes possiveis, desde a Historica, Artistica e, claro, sem esquecer, a Esoterica ou Alquímica.
Dom Fernando não escolheu Lisboa para local do seu túmulo (onde hoje se encontra, mais especificamente, no Convento do Carmo), mas o convento de São Francisco de Santarém. Esta escolha permite compreender melhor a iconografia do túmulo e exprime a devoção pessoal do monarca pela ordem franciscana e na sua capacidade para contribuir para a salvação da sua alma.
Em 1844, o convento de São Francisco foi transformado em local de acolhimento para o Regimento de Cavalaria número 4 e então, todos os túmulos são violados, incluindo-se nestes o de Dom Fernando. Foi nessa época que desapareceu a ossada do monarca, provavelmente atirada com a do vice-rei Dom Francisco de Almeida para a cerca do quartal. Na altura (segundo Ramalho Ortigão) o túmulo de Dom Fernando seria tornado num bebedouro para os cavalos do regimento.