Em 2001 De acordo com a Securities and Exchange Commission (SEC), Martha evitou uma perda de $ 45.673 com a venda de todas as 3.928 ações de seu estoque ImClone Systems, depois de receber material, informações não públicas de Peter Bacanovic, que era corretor de Martha no Merrill Lynch. No dia seguinte depois dela vender, o valor das ações caiu 16%.
Nos meses que se seguiram, Martha chamou a atenção da mídia, incluindo uma cobertura de Newsweek intitulado "Bagunça da martha".
Em 2003, Martha foi indiciada pelo governo em nove acusações, incluindo acusações de fraude de títulos e obstrução da Justiça. Ela deixou o cargo de CEO e presidente da MSLO, mas permaneceu como chefe de criação.
Em 2004 ela foi a julgamento. Os promotores mostraram que Bacanovic tinha ordenado a sua assistente para dizer a Martha que o CEO da ImClone, Samuel D. Waksal, estava vendendo todas as suas ações com antecedência de um alimento adversa e decisão Drug Administration. se esperava que a ação do FDA para fazer com que as ações da ImClone a declinar.
Depois de um julgamento muito divulgado, de seis semanas, Martha foi considerada culpada, acusações criminais de conspiração, obstrução de um processo agência, e fazer declarações falsas aos investigadores federais, e foi condenada a um mandato de cinco meses em um estabelecimento correcional federal, e um período de liberdade condicional de dois anos (incluindo cinco meses de monitoramento eletrônico). Bacanovic e Waksal também foram condenados por acusações federais e condenados a penas de prisão. Martha também pagou uma multa de US $ 30.000.
Em 2005, Após a sua libertaçãda prisao, Martha lançou um retorno muito divulgado e se envolveu mais uma vez em Martha Stewart Living. As ofertas de Martha Stewart linha diária da empresa na Kmart foram ampliados para incluir uma nova linha de mobiliário doméstico ready-made, e seu interior linha de pintura mercado de massa tornou-se disponível nas lojas maiores Sears. No entanto, o aspecto mais fortemente promovido de seu retorno foi na televisão. Stewart retornou à televisão diurna com The Martha Stewart Show e apareceu em uma versão adaptada do The Apprentice (chamado The Apprentice: Martha Stewart).