O gene Merle atua na pigmentação da Eumelanin ( já visto aqui em outra postagem - Leia Aqui! ), levando a uma distribuição e diluição completamente aleatória do pigmento preto e suas variantes, deixando os cães com manchas de tamanhos e tons variados, semelhantes a uma pedra de mármore (daí o nome da cor, Merle). Este gene atua tanto no preto como no marrom e vai além da pelagem, podendo modificar também a cor dos olhos. É muito comum que cães merle apresentem heterocromia (um olho de cada cor, ou mais de uma cor no mesmo olho - marmorizados) ou ambos os olhos azuis (tem postagem sobre isso também - Leia Aqui!)
A cor merle é uma característica dominante, com cães que possuem uma cópia do “gene merle” (Mm) apresenta este padrão, enquanto cães com duas cópias do “gene normal” (mm) teriam a pelagem com qualquer outro padrão de coloração. E, o grande problema é quando a cópia apresenta duplo gene dominante homizigoto (MM).