No dia 13 de agosto de 1933, o esportista Galiano Alves fundou o Esporte Clube São José, nascendo de uma dissidência da Associação Esportiva São José, que naquela época possuía alguns dos principais jogadores do futebol amador da cidade. A equipe se manteve participando de torneios amadores em São José dos Campos durante trinta e um anos até se profissionalizar no dia 8 de março de 1964, ano em que sagrou-se campeão da terceira divisão paulista (equivalente a atual Série B1-A), após passar pela Bancária de Fernandópolis, logo na primeira temporada como time profissional. O jornalista e radialista Alberto dos Santos Simões lembra que naquela época o time também era chado pelos torcedores apenas de "Esporte". "Vamos ao estádio assistir um jogo do Esporte", exemplifica, lembrando a maneira como as pessoas na época chamavam o time. Aliás, Aberto Simões escreveu um livro em 1992 chamado "Esporte, Formigão e Águia", contando a história do clube e aproveitando o vasto material que tem sobre o time, entre fotos, documentos, fichas técnicas de partidas, etc. Em 1965, o Esporte Clube São José conseguiu o segundo título e acesso consecutivo, ao derrotar o Orlândia por 2 a 1 e garantir o título da segunda divisão (equivalente a atual Série A-3 do Campeonato Paulista). Com isso, o "Formigão do Vale", como também era chamado naquela época, pôde participar pela primeira vez em sua história da divisão de acesso do Campeonato Paulista (equivalente a atual Série A-2), em 1966.
Naquele tempo o E.C. São José utilizava um uniforme com camisas pretas, listas verticais brancas e calções pretos (semelhante ao segundo uniforme do Corinthians) e atuava no Estádio da Rua Antônio Saes, onde posteriormente foi construído o prédio do Supermercado Jumbo-Eletro e atualmente funciona um templo da Igreja Universal do Reino de Deus. O atual Estádio Martins Pereira só seria inaugurado em 1970.
Em 1972, a equipe chegou a ser campeã da Primeira Divisão (divisão de acesso), empatando em 0 a 0 com o Garça, na cidade do adversário, mas naquele ano o campeonato não dava direito a acesso à Divisão Especial (divisão de elite e atual Série A-1).
O time profissional da cidade continuou com esse nome até dezembro de 1976 quando, atolado em dívidas, e quase falido, foi obrigado a mudar de nome para fugir das cobranças e ameaças de penhora. Na oportunidade, Altamirando Negrão de Palma assumiu a presidência do clube e, junto de outros três diretores, Geraldo Marcolongo, Sérgio Ângelo e Pedro Yves Simão, procuraram ajuda na Federação Paulista de Futebol que, em uma manobra inteligente, fez com que o Esporte Clube São José se transformasse em São José Esporte Clube, mudando inclusive as cores do uniforme e o distintivo. O alvinegro foi substituído pelo azul, amarelo e branco, que são as cores oficiais da cidade. O distintivo também se tornou semelhante ao brasão da cidade de São José dos Campos e o mascote passou a ser a "Águia do Vale". As dívidas ficaram para o antigo clube, que foi abandonado sem ser extinto.Mesmo assim, a nova equipe manteve sua vaga normalmente na Divisão de Acesso. Muitos dos jogadores foram indenizados e recontratados pela nova diretoria. Nascia, assim, um "Novo São José", que conquistou importantes resultados para o futebol da cidade na década 80.
Em 2003, o clube novamente muda de nome para se livrar de dívidas e passa a se chamar Esporte São José. A mudança dessa vez, porém, se limita apenas ao departamento de futebol, que passou a ser terceirizado. A parte social mantém o nome de São José Esporte Clube e fica responsável pelas dívidas. Essa foi a única maneira juridicamente legal encontrada para a Águia do Vale não fechar as portas.
Com a alteração no nome do time, o distintivo sofre algumas alterações, mantendo a engrenagem, mas ganhando uma Águia em seu interior e uma faixa abaixo do distintivo, com o novo nome do clube.
Em 2005 volta a se chamar São José EC.
Presidentes
????: Wilson Renato da Silva Lima
Hino
Escudos na linha do tempo Clique aqui para ver os escudos e sedes usados por este time na linha do tempo