Após anos de domínio alienígena, a humanidade conseguiu recuperar a Terra. Mas quando os Overlords fugiram do planeta, deixaram os seus antigos soldados para trás. Agora, cinco anos após os eventos do XCOM 2, humanos e alienígenas trabalham em conjunto para forjar uma civilização à base da cooperação e da coexistência.
Bem-vindo à Cidade 31, um modelo de paz num mundo pós-invasão. Contudo, nem todos os habitantes da Terra apoiam esta aliança entre espécies. A Chimera Squad, uma força de elite de agentes humanos e alienígenas, terá de trabalhar em equipa para destruir as ameaças clandestinas que levam a cidade a mergulhar no caos.