Contudo, a aproximação de Nóbrega em relação a Sepúlveda apenas pode ter como argumento o método de ação missionária, não o fundamento doutrinário, que o próprio Sepúlveda tem dificuldade em conciliar com as formulações escolásticas. A servilidade de que fala Nóbrega resulta sempre do costume, supondo principalmente uma pragmática de conversão, e não a concepção teológica de que o índio seja essencialmente incapaz de inteligência da fé, falto de razão ou destituído de humanidade. Para Nóbrega, trata-se de constituir as bases da ação missionária eficaz imediata, no âmbito de um estado de coisas vicioso, cujos maus hábitos criam uma espécie de segunda natureza, esta sim, ruim, que é preciso atacar inclusive com a ação pronta e severa do governo civil, a fim de franquear a potência favorável que reside na primeira. Exatamente por isso, Nóbrega tende a negar, ou ao menos a ignorar, nas cartas, a maioria das consequências que mais interessa a Sepúlveda extrair da caracterização jurídica de uma situação de “guerra justa” contra os índios, a saber: o confisco de pessoas e bens dos vencidos;[142] a legitimidade da escravidão civil, que impede a morte do vencido e conserva a sociedade;[143] a distinção entre vassalos livres do império “civil” ou “régio” e servos bárbaros sujeitos ao império “heril”[144] etc. E mesmo o “repartimento” dos bárbaros submetidos aos cristãos “honrados” para que sejam educados em “costumes retos e humanos” e iniciados na religião cristã,[145] sistema aplicado pelos castelhanos e justificado pelas teses de Sepúlveda, Nóbrega julga inoportuno, em nome da mesma “experiência” do Novo Mundo. O mesmo critério prático que usa para defender o senhoreamento prévio do indígena, aplica igualmente para justificar sua preferência por mantê-los juntos dos padres e apartados dos moradores, nos aldeamentos jesuíticos:
Bem me pareceria a mim conquistar-se a terra e repartir-se os indios por os moradores obrigando-se a doutrina-los, que ha hi muitos que podem sujeitar, mas não ha hi homem que por isso queira levar uma má noite, e si o governador por segurança da terra quer fazer alguma cousa ou castigar algum indio todos lh’o estorvam e ninguem o ajuda; e agora que vêm os indios sujeitos sem custar sangue de christão nenhum, nem guerra (posto que da passada ficaram amedrontados); agora que estão juntos com egrejas para se doutrinarem; agora os querem repartidos, e assim não falta quem vá tirar nossos indios que temos juntos com muito trabalho e leval-os ás suas roças a viver; e muitos vão por fugir á sujeição da doutrina e viverem como seus avós e comerem carne humana como de antes.[146]