Em 1707, Frei Agostinho de Santa Maria deu o seu testemunho perante as obras barrocas seiscentistas: a igreja he hum céu aberto; não só pela espiritual consolação que recebem as suas almas todos os que nella entrão, mas ainda nos ornatos, aceyo e riqueza della, que está toda cozida em ouro; e ornada de ricas e excelentes pinturas.
O reinado de D. João V trouxe novas campanhas decorativas ao Mosteiro. Sob a supervisão do Padre José Pacheco da Cunha construiu-se uma nova sacristia 1746-1750 para onde trabalharam o pintor André Gonçalves, o Mestre entalhador Félix Adauto da Cunha, o carpinteiro António da Silva, o Mestre Serralheiro Manuel da Rocha e os lavrantes Luís João e Amaro Gonçalves. Em paralelo, a talha do coro-alto e da igreja (arco do cruzeiro) começou também a ser renovada por estes anos. A este sacristão deve-se também a campanha decorativa da Casa do Ante-coro com pinturas figurando a Vida de Santo António atribuídas à oficina de André Gonçalves.
O Terramoto de 1755 provocou alguma ruína no edifício, em particular a igreja com o desabamento de paredes meias com o coro, a destruição do altar-mor, a queda de pinturas do tecto da igreja e do coro-alto.