Bolsa 13/08289-0 - Biologia computacional, Plataforma (computação) - BV FAPESP
Active learning para classificação hierárquica de elementos transponíveis
Plasmodium vivax: determinacao do repertorio de genes de virulencia e descoberta d...
Análise de sequências de 1000 genomas humanos
Alinhamento múltiplo de sequências utilizando algoritmos genéticos com multithreading
Processo: 13/08289-0
Pesquisador responsável: Carlos Roberto Valêncio
Beneficiário: Anderson Rici Amorim
Assunto(s): Biologia computacional Plataforma (computação) Algoritmos genéticos Recombinação genética Otimização
A solução de problemas genômicos propostos pelos biólogos tornou-se inviável sem o uso de ferramentas computacionais, o que desenvolveu, de maneira intensa, o campo da bioinformática, aproximando cientistas da computação e biólogos. A evolução da complexidade desses problemas fez com que o refinamento das diversas técnicas existentes de alinhamentos de biossequências e o reconhecimento de padrões fosse necessário, principalmente utilizando estratégias de otimização. Assim, o presente projeto propõe o desenvolvimento de uma ferramenta para alinhamento múltiplo de sequências, utilizando Algoritmos Genéticos, sobre o paradigma de programação multithreading. Com isso, além da eficiência em termos de resultados biológicos amplamente difundidos e obtidos com o uso de Algoritmos Genéticos, principalmente devido ao refinamento de parâmetros de mutação e recombinação gênica, almeja-se explorar a melhora no seu desempenho em termos de tempo de execução computacional, através do particionamento das tarefas realizadas durante o processo de alinhamento, distribuindo as suas operações entre as threads.
AMORIM, ANDERSON RICI; NEVES, LEANDRO ALVES; VALENCIA, CARLOS ROBERTO; ROBERTO, GUILHERME FREIRE; DONEGA ZAFALON, GERALDO FRANCISCO. An approach for COFFEE objective function to global DNA multiple sequence alignment. COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY, v. 75, p. 39-44, AUG 2018. Citações Web of Science: 1.