O patrimônio cultural tombado pelo Iphan, no Amapá, localiza-se às margens do rio Amazonas, onde estão inúmeras ilhas antes do encontro com o Oceano Atlântico. Nessa região, a Fortaleza de São José de Macapá foi construída pelos portugueses, no século XVIII, para defender o extremo norte do Brasil da cobiça de outros povos europeus. A Superintendência funcionou, durante vários anos, na Casa do Comandante, no interior dessa fortificação. Ainda sobre o patrimônio material, na Vila Serra do Navio está em andamento a regularização fundiária, enquanto em Mazagão Velho ocorrem pesquisas sobre os bens locais. O vasto e diversificado patrimônio arqueológico do Amapá inclui as descobertas em Calçoene e o Forte de Cumaú. A Arte Kusiwa, dos indígenas Wajãpi, é protegida pelo Iphan e reconhecida pela Unesco, e outros bens imateriais estão sendo estudados por meio do Inventário Nacional de Referências Culturais (INRC).