O Centro Educacional Nossa Senhora de Fátima adota uma metodologia de ensino- aprendizagem através de projetos de estudo, onde o aluno tem a oportunidade de expor seus interesses e curiosidades acerca de um determinado assunto.
Desenvolve-se o senso democrático e participativo no momento em que cada aluno expõe o tema de interesse para o grupo trazendo uma justificativa, para, a partir disso, realizarem a votação entre os temas sugeridos.
O aluno participa ativamente do seu processo de ensino aprendizagem norteado pelos questionamentos levantados acerca do tema escolhido. Com isso o ensino torna-se algo do seu interesse. Os momentos de investigação, descoberta e apropriação, fazem parte do caminho para que o aluno participe ativamente da construção dos conceitos, vindo de encontro com os conteúdos estabelecidos para cada ano escolar, respeitando a grade curricular de cada turma.
Porém, as disciplinas, por serem tratadas de maneira interdisciplinar, desprendem-se da linearidade, não permanecendo apenas nos limites do programa de ensino sugerido pela proposta curricular do estado ou os Parâmetros Curriculares Nacionais. Formam uma rede de possibilidades que os professores tecem com os alunos. A metáfora da rede cria uma visualização interdisciplinar de conhecimento como um todo, não fragmentado.
No ensino por projetos respeita-se a dinâmica natural de crescimento na construção dos conhecimentos e busca do desenvolvimento da autonomia de pensamento. O processo passa a ser mais valorizado que o produto pronto e acabado.
Alunos e professores, de uma turma escolhem ou elegem um tema para ser estudado. Enquanto participam da proposta de escolha entre as opções e da tomada de decisões, eles aprendem numerosas lições de democracia. Os alunos aprendem que todas as vozes têm uma chance de ser ouvidas, que nenhuma opinião tem mais peso que outra e que podem decidir o que ocorrerá em sua classe. Praticam o respeito e a cooperação mútua enquanto trabalham juntos, escutam uns aos outros, trocam opiniões, negociam problemas e votam para tomar decisões que afetam todo o grupo.
O grupo elabora coletivamente, em forma de perguntas ou itens, os chamados questionamentos ou problematizações, que nada mais é do que o registro do que pretendem estudar a respeito do tema. Nesse momento o aluno revela o seu conhecimento sobre o tema, o que não conhece, suas crenças, suas hipóteses... Os questionamentos também indicam a direção e abrangência que determinado estudo seguirá.
Também não é o professor que obriga o aluno à pesquisar. Muito menos ameaça-o com nota baixa se não o fizer. Como a escolha do tema parte dos alunos, a pesquisa passa a ser uma consequência. Rubem Alves afirma que "é do prazer que surge a disciplina e a vontade de aprender. É justamente quando o prazer está ausente que a ameaça se torna necessária" (ALVES, 1995, p.156).
A pesquisa é uma atitude presente no professor, que deve desenvolvê-la também no aluno e tem por objetivo a construção contínua de conhecimentos destinados à aplicação na sociedade, buscando uma relação harmônica entre o saber e o fazer, entre o teórico e o prático. Pesquisar exige a capacidade de observar, questionar, duvidar, supor, refletir, analisar, propor mudanças. Exige aprender a buscar o que não se sabe e se necessita saber, a levantar hipóteses, a testá-las, reafirmando assim o conhecimento e criando novas alternativas e paradigmas. De todas as atividades da sala de aula, a hora da troca de pontos de vista pode ser a mais importante, em termos de atmosfera sócio-moral. Em alguns casos pode ser a hora mais difícil e desafiadora do dia. Os professores comprometem gradualmente os alunos ao autogoverno, isto é, a autonomia.