A origem do nome "Inajá" se deu em junho de 1952, devido ao patrimônio constituido pela Companhia de Terras Norte do Paraná, hoje chamada de Companhia Melhoramentos Norte do Paraná (CMNP). Essa companhia fundou inúmeras importantes cidades e solicitou para demarcar a área onde surgiu o Patrimônio de Inajá.
Segundo dados históricos, os primeiros moradores ao se estabelecerem na região, encontraram no local uma palmeira conhecida como "Inajá". Então, o lugar que escolheram para morar passou a ter o mesmo nome. Foram construindo-se os fundamentos básicos da povoação, pensão, farmácia, escola e a igreja, que foi dedicada a São Pedro, padroeiro do lugar.
No dia 13 de junho de 1955, por meio da Lei Municipal N.º 106, o núcleo foi elevado à categoria de Distrito Administrativo, com território pertencente ao município de Nova Esperança. No dia 25 de janeiro de 1961, foi criado o município de Inajá, com território desmembrado do município de Paranacity e sua instalação oficial ocorreu no dia 15 de novembro de 1961, ocasião em que foi empossado o primeiro prefeito municipal eleito, Sr. Antônio Henrique Philippi.