No entanto, essa facilidade de acesso pode representar alguns problemas em casos de má utilização: as informações confidenciais dos pacientes podem ser expostas a um número maior de indivíduos e o paciente pode se ver em situações embaraçosas: doenças graves podem ser reveladas sem que o paciente deseje ou uma condição crônica pode ser exposta e interferir na admissão de um plano de saúde ou em entrevista de emprego.
O paciente também pode sentir que sua autonomia foi violada caso seus dados sejam usados para fins de pesquisa médica sem o seu consentimento.
Na Inglaterra, os pacientes têm a possibilidade de registrar ou não os seus dados durante o atendimento médico. Além disso, nesse país as pessoas podem não autorizar que seus dados médicos sejam utilizados em pesquisas.
No Brasil, apesar de pesquisas médicas serem extremamente necessárias para melhorar as políticas voltadas aos cuidados com a saúde, os sistemas de informação de clínicas e hospitais ferem diversos princípios éticos como a confidencialidade e a autonomia do indivíduo ao usarem dados médicos em estudos sem o consentimento dos pacientes.