O país viria a ser assolado pela seca, que deixou vastas áreas desertificadas. A situação complicou-se com a chegada de um milhão de refugiados, quase todos vindos da Etiópia, onde eram vítimas de fome e de guerra.
A economia sudanesa só se tem mantido à custa de subsídios dos países árabes ricos, da União Europeia e dos Estados Unidos. Em 1983, Nimeiri tentou consolidar a sua base de apoio entre os fundamentalistas islâmicos introduzindo a lei de Sharia, com severas punições sob a forma de açoitamentos, mutilações e enforcamentos. Esta política desencadeou revoltas no sul do Sudão entre os não muçulmanos. O exército de libertação do povo sudanês afundou um barco no Nilo, causando centenas de mortes e bloqueando o tráfico fluvial, atacou instalações estrangeiras e minou estradas e linhas-férreas.
As primeiras eleições democráticas realizaram-se em 1986 e colocaram no poder uma coligação de partidos do Norte que tentou negociar com o Sul, mas viu-se confrontada com gravíssimos problemas políticos e económicos.