No século XVI, com a colonização do Brasil pelos portugueses, o rei português dom João III doou vasta extensão de terra, 7 mil léguas quadradas, ao donatário Jorge de Figueiredo Correia, escrivão da corte real. A carta de doação foi foi assinada em Évora a 26 de junho de 1534. Ainda que se falasse da terra as maiores maravilhas, o donatário da capitania preferiu o luxo e o fausto da corte, e enviou o espanhol Francisco Romero para cuidar de suas terras e representá-lo na administração da capitania. De acordo com o historiador Vargnhagem, Francisco Romero era considerado um homem bravo e circunspecto e, para defender as terra a ele delegadas, enfrentou e pacificou os índios tupiniquins que se revoltaram diante da carta de doação da Capitania de Ilhéus a Jorge de Figueiredo Correia.
Francisco Romero se instalou primeiro na ilha de Tinharé, atual Morro de São Paulo; depois, descobriu a Baía do Pontal, se encantou e lá fundou a sede da capitania, dando-lhe o nome de São Jorge dos Ilhéos: São Jorge, uma homenagem ao donatário Jorge e Ilhéus, devido à quantidade de ilhas (ilhéos) encontradas no seu litoral (além das que, ainda existem hoje, como a Pedra de Ilhéus, Ilheusinho, Pedra de Itapitanga e a Ilha dos Frades), além dessas, a paisagem da baía também se caracterizava pelos morros do Pernambuco, Outeiro de São Sebastião, Rapa, grande e Itapins. Hoje, estes morros são conhecidos como Morro de Pernambuco, Morro do Outeiro de São Sebastião, Morro da Conquista e Morro do Pacheco . Instalada em 1535 na Ilha de Tinharé, antigo domínio da Capitania de Ilhéus, a sede administrativa logo se mudou para a região da Foz do Rio Cachoeira, a chamada Baía de Ilhéus.