Voltando à cota mais alta, ganha destaque o hospital com a sua implantação em forma de “U”, marcado por um corpo central de dois pisos, que serve de hall de entrada e enfermaria no rés-do-chão e de enfermaria dos trabalhadores brancos no piso superior. Este corpo serve de charneira entre as duas alas (de um piso, mas com um pé–direito considerável), a masculina e a feminina, que são complementadas com os dois braços que compõem o “U”, onde se instalavam os refeitórios e os balneários.
Nas traseiras do hospital, para além do espaço exterior dos doentes, constata-se a presença de dois corpos, que constituíam a maternidade e o centro de pesquisa de doenças infecto-contagiosas, cuja disposição configurava um enorme pátio (terreiro sanitário).
A preocupação sanitária estava bem patente na configuração dos demais edifícios onde se previsse aglomeração de pessoas, como no hospital, na maternidade, nas senzalas e nos armazéns, com a adopção de lanternins ao longo da cobertura, o que facilitava a circulação de ar e a entrada de luz para o interior dos edifícios.Outro factor que se poderia inserir nessas configurações, com excepção das senzalas, seria o número e o tamanho dos vãos nas fachadas dos edifícios.
Perto do hospital, localizam-se de igual modo as capelas, a mortuária, de que actualmente só resta o piso, e a da Nossa Senhora do Carmo, que foi construída pelo administrador Fonseca, o qual a baptizou com o nome da sua mãe.
Na cota intermédia, a localização da casa grande e da casa de passagem cria certa confusão (a que designo de “paradigma da casa grande”), por tudo indicar que a casa de passagem ser a casa grande, devido à sua destacável localização no eixo da roça, em franco diálogo com o hospital, por ser servida por um grande terreiro avenida, adoptar a forma em “U”, própria das casas barrocas portuguesas. Dispunha, para além disso, nas traseiras, de um grande jardim botânico com gaiolas, onde se situavam o salão de festas e um rico museu, cuja maior parte do espólio foi transferida para o museu nacional.
Por outro lado, a dita casa grande implanta-se fora do eixo organizador da roça, em forma de “L”, ao lado da casa de passagem e defronte aos antigos secadores ao ar livre, actualmente transformados em pequenas hortas dos descendentes dos antigos serviçais da roça.
É um edifício de dois pisos, com varandas nos pontos essenciais da casa, sendo o rés- do-chão marcado por um hall com uma majestosa escadaria, de guardas metálicas, e flanqueada com dois pilares em mármore que se diferenciam em relação a outros materiais presentes, como a madeira do lambrim e do tecto. Havia ainda no rés- do-chão, a copa, os escritórios, a cozinha e uma sala enorme, que se considera ser a do jantar. No piso superior existem as salas, os quartos e a casa de banho.
O que se torna nesse caso patente é que a casa de passagem não tem o programa de uma casa grande, com uma zona de recepção semiaberta, uma enorme sala de jantar, de um lado, e, do outro, vários compartimentos, o que demonstra fidelidade em termos estruturais da roça, mas que difere da actual casa grande, que tem o aspecto de uma casa grande mas com localização errada.
A justificação para este caso tem muito a ver com as mutações organizacionais da roça, a degradação dos edifícios e a mudança do programa dos edifícios. Isso somente foi explicado através dos primeiros registos iconográficos da roça , em que existia apenas um edifício no lugar onde está agora a casa de passagem, o que sugere que a antiga casa grande ficava mesmo no eixo da roça e que, devido à sua degradação, foi construída uma outra, para servir de casa grande.