A proibição dos aliados foi permanente fonte de conflitos desde sua entrada em vigor, terminando com a derrubada de alguns aviões dos dois lados, somados aos duros efeitos do embargo econômico que tentaram suavizar com o programa "Petróleo por Comida".
Embora o país ainda estivesse com uma economia em frangalhos no caos pós-Guerra do Golfo, Saddam submeteu seu governo a um plebiscito, em 15 de outubro de 1995, sobre sua continuidade no poder até 2002, obtendo apoio de 99,96% da população (na votação ele concorreu sozinho). Enquanto isso, lideradas pelos seus filhos, Uday e Qusay, as forças de segurança expandiram a repressão política, silenciando dissidentes e matando milhares de opositores (especialmente aqueles ligados a movimentos xiitas).[31]
Saddam também enfrentara a traição dos maridos de duas de suas filhas e íntimos colaboradores, Hussein Kamel e Saddam Kamel, que em agosto de 1995, após se desentenderem com Uday, abandonaram o país e foram para a Jordânia levando os segredos do programa de armas proibidas do Iraque. A recusa dos países ocidentais em conceder asilo político aos dois genros de Saddam, apesar da oferta de informação militar secreta, precipitou o retorno deles, com as filhas e os netos do ditador, a Bagdá em fevereiro de 1996, com a promessa de perdão por parte de Saddam. Três dias depois da chegada, morreram numa invasão que também matou o pai dos traidores e outros parentes.
Com o país mergulhado em graves problemas econômicos e sociais, Saddam buscou aumentar sua popularidade da forma como podia. Ele passou, através da mídia estatal, a se apresentar como um muçulmano devoto (algo que nunca realmente foi), numa tentativa de conquistar simpatia das alas mais conservadoras da sociedade. Alguns aspectos da Sharia (a lei islâmica) foram reintroduzidos e a frase "Allahu Akbar" ("Deus é grande"), na letra de Saddam, foi adicionada à bandeira nacional. O ditador também encomendou um "Qur'an de Sangue", escrito com 27 litros do seu próprio sangue, para agradecer a Deus por sua proteção de vários perigos e conspirações.[32]
Em 2001, como uma resposta aos ataques terroristas do 11 de setembro em Nova York e Washington, o presidente dos Estados Unidos, George W. Bush, incluiu o Iraque no chamado "eixo do mal", o que abria caminho para a nova campanha militar norte-americana contra o país.[33] Após a campanha afegã contra o regime talibã, o presidente dos Estados Unidos, George W. Bush, iniciou a "segunda fase contra o terrorismo internacional".