A Cinemateca Portuguesa-Museu do Cinema é um organismo da administração indireta do Estado, dotado de autonomia administrativa e financeira e património próprio, que funciona sob a tutela do Ministério da Cultura. É atualmente dirigida por um Diretor (José Manuel Costa) e por um Subdiretor (Rui Machado).
Os atuais Estatutos da Cinemateca Portuguesa-Museu do Cinema foram aprovados pela Portaria nº 374/2007 de 30 de março, que cria as unidades orgânicas nucleares (Departamentos) e intermédias (Divisão).