Não podia, certamente, faltar a visita à Basílica de Nazaré, já que toda a peregrinação parece ter sido organizada ao redor do fato da Anunciação. A acolhê-lo na entrada estavam o Padre Custódio Giovanni Battistelli e o Ministro geral da Ordem dos Frades Menores, Frei Giácomo Bini.
Entre os gestos não esperados, que passaram à História, encontra-se a Visista ao Muro Ocidental (das Lamentações) e a oração deixada numa de suas frestas. A última visita do Sumo Pontífice foi a do Santo Sepulcro, no último dia de sua peregrinação jubilar. Depois de ter celebrado a missa de manhã e ter almoçado na sede do Patriarcado Latino, surpreendentemente, pediu para retornar, de forma privada, ao Santo Sepulcro para subir ao Calvário, o qual, na visita matinal, havia apenas visto, ao deixar o Santo Sepulcro.
"Uma peregrinação, ou melhor a peregrinação por excelência às fontes da fé; e, ao mesmo tempo, uma visita pastoral à Igreja que vive na Terra Santa: uma comunidade de especial importância, porque representa a presença viva lá onde tudo teve origem".