Para ir de avião, lembre-se que o ideal é incluir o trecho doméstico no trecho internacional da sua passagem, isto é, incluir o trecho Lima - Cuzco na passagem Brasil - Peru. Normalmente, fica mais barato que comprar os trechos em separado e você tem garantia de embarque caso haja algum atraso em um dos vôos.
Se não tem jeito e você precisa comprar as passagens para Cuzco em separado, há três companhias que fazem o trajeto: LAN, TACA e Star Perú
Costuma ter um preço proibitivo. Fiz uma simulação de passagem saindo dia 17/abril e voltando dia 23/abril. Resultado: US$ 486! Por outro lado, como já falei, ela pode ter um preço ótimo no trecho Brasil - Cuzco!
Quem deu a dica da TACA foi a Jackie (do Viaje sim!) lá no Viaje na Viagem. Na simulação que fiz, o preço mais baixo encontrado foi US$ 218. Atenção: antes de efetuar a compra, o site da TACA avisa que a tarifa promo é restrita a residentes no Peru. Caso você compre uma passagem da tarifa promo e não comprove ser residente, será cobrada uma multa (não especificam de quanto) no aeroporto. O resultado da simulação corresponde ao valor da tarifa access, a mais barata para não residentes no Peru.