Assim que começou na empresa, Mary foi escalada para trabalhar em vários projetos que já estavam encaminhados, como o longa Fantasia (1940), no qual ela ficou responsável por uma sequência chamada Baby Ballet. Esse trecho foi descartado antes mesmo de ser produzido. Ela também criou artes para o que se tornaria no futuro A Dama e o Vagabundo (1955).
Mesmo trabalhando em um dos principais estúdios do ramo, Mary estava descontente em seu emprego por dois motivos: primeiramente, porque ela não gostava de ser colocada sempre em projetos que já estavam sendo produzidos, sentia que não havia oportunidade de verdadeiramente criar algo; e em segundo lugar, porque Mary não gostava de receber ordens dos animadores.
Em Junho de 1941, Mary se demitiu e voltou a trabalhar com ilustrações em aquarela, mas não demorou muito para retornar aos estúdios. Durante o período da Segunda Guerra Mundial, o governo dos Estados Unidos e Walt voltaram seus olhos para a América do Sul, em busca de histórias para contar.
Disney então convidou Mary e seu esposo para seu novo projeto: viajar com ele e sua esposa, Lilian, pela América do Sul. Vendo a chance de participar de um projeto desde o início, e de viajar pelo continente estudando arte e desenhando, Mary aceitou a oferta na hora. Assim, em Agosto de 1941, ela era de novo uma artista Disney.