Kakashi recruta Yamato para ajudar no treinamento de Naruto na criação de uma nova técnica. Além de ser capaz de criar dispositivos de treinamento para Naruto, com suas habilidades de Madeira, Yamato foi capaz de subjugar Naruto se ele perdesse o controle do chakra da Nove Caudas. Depois de Naruto concluir os estágios iniciais de seu treinamento, agora mudado para ele aperfeiçoar o seu Rasengan pré-existente. Kakashi, no entanto, não foi capaz de supervisionar Naruto nestas fases finais, devido ao seu trabalho voluntário para ajudar o Time 10 na luta contra a Akatsuki. Como tal, ele deixou Yamato encarregado do aperfeiçoamento da técnica. Yamato foi capaz de dar conselhos na criação da técnica e, eventualmente, testemunhou os frutos do treinamento de Naruto.
Depois que Naruto havia aperfeiçoado sua técnica o suficiente para ser usado em batalha, Yamato, Naruto, e o resto do Time 7 se juntam à Kakashi e ao Time 10. Após a parceria com Naruto para parar um ataque de Kakuzu, Yamato convence Kakashi em permitir que Naruto lute contra Kakuzu sozinho. Depois que Naruto se saiu bem em derrotar Kakuzu, Yamato se junta com todo mundo e volta para Konoha.
No anime, o Time Kakashi foi enviado para fornecer ajuda para Kakashi e o Time 8. Quando localizaram o time, Yamato ajudou no resgate de Hinata. Eles perseguiram o Time Guren até um lago, onde se estava o Sanbi. As duas equipes mudaram seus objetivos e, depois do reforço de Konoha chegar, eles começaram a tentar selar a besta. Yamato foi posto no comando de uma equipe que se destinava a impedir qualquer tentativa de interferência, mas no final não se sairam muito bem. Ele fez um esconderijo para as equipes se reagruparem, e mais tarde facilitado no resgate de Naruto do Sanbi. Depois de mais uma tentativa fracassada de selamento, Yamato volta para Konoha com os outros.
Quando Kakashi recebe a permissão de Tsunade para liderar uma equipe especial para capturar Itachi Uchiha, a fim de usar Sasuke como isca, Yamato se junta a ele como líder do Time 8, deixando para trás Kurenai, que estava grávida. Após um confronto com o grupo de Sasuke, Hebi e membros da Akatsuki, o grupo foi forçado a abandonar a missão e voltar para Konoha.