Toda a região do vale do Lis, no que se refere à documentação histórica, sofre de uma pobreza confrangedora, fruto, quer da incúria dos homens, quer de vicissitudes várias, que destruíram grande parte dessa documentação. Foi o que aconteceu, por exemplo, com as invasões francesas, que atingiram a cidade e a diocese de forma verdadeiramente trágica, privando-a de parte da sua população e de arquivos, que foram em vários casos, pasto das chamas atiçadas pela fúria e o vandalismo dos invasores.
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Com o real e o hipotético:
Relativamente à paróquia de Leiria propriamente dita, juntando o pouco que nos resta dos documentos com hipóteses mais ou menos verosímeis, pode dizer-se o seguinte: Quando foi criada a diocese, em 1545, havia na cidade cinco igrejas paroquiais; de 1714, data da extinção da paróquia de São Pedro, cuja sede fora, em 1713, transferida para a ermida de Nossa Senhora do Desterro, no lugar dos Pousos, até ao ano de 2005, existiu em Leiria apenas uma paróquia, a da Sé. Quanto à criação desta, pode considerar-se como ano da fundação, 1574: de facto, em tal data, terminada a construção da nova catedral, nela se instala o cabido, até aí sediado na igreja de S. Pedro, para a qual se transferira da de Nossa Senhora da Pena, pouco tempo depois da criação da diocese. E, segundo nos informa o Couseiro, por determinação de D. Frei Gaspar do Casal, ao tempo bispo de Leiria, “ficou com a cidade, somente, por Paróquia, e os moradores dela por fregueses”. Mas a grande remodelação é feita na primeira metade do século XVIII, por D. Álvaro Abranches, que criou novas paróquias nos vastos territórios dependentes das igrejas sitas na cidade; estas perderam a sua categoria de paroquiais, acabando algumas por desaparecer, como foi o caso de São Martinho, ou ser desafectadas do culto, como Santo Estêvão, São Pedro e Senhora da Pena. A de Santiago, sita na margem direita do rio Lis, arruinada pelas cheias e pelo assoreamento delas resultante, foi substituída por novo templo, construído mais acima, no local onde hoje se encontra a igreja paroquial dos Marrazes. Assim se mantiveram as coisas até 2005, ano em que D. Serafim de Sousa Ferreira e Silva, ao tempo bispo de Leiria-Fátima, erigiu a paróquia de Santa Isabel de Portugal, na Cruz da Areia, quase totalmente desmembrada da de Leiria. Por decisão da Câmara Municipal, os limites da zona urbana haviam sido consideravelmente alargados, algumas décadas antes, sem que se tocasse na divisão administrativa; isso veio a redundar em graves confusões, tanto no civil como no religioso, com muitos habitantes, sobretudo dos recém-chegados, a julgarem-se de Leiria sem, de facto, o serem. Entretanto, podemos dizer que na área da freguesia de Leiria há duas paróquias com as respectivas igrejas: a da Sé, que abrange grande parte da paróquia delimitada por Frei Gaspar do Casal; e a de Santa Isabel de Portugal, com sede na Cruz da Areia, desmembrada da paróquia da Sé e de uma pequena faixa da paróquia da Barreira.