Criada pelo Decreto-Lei 27/78, de 27 de janeiro, a Academia da Força Aérea (AFA) surgiu para dar resposta a uma necessidade há muito sentida pela Força Aérea Portuguesa: dispor de uma academia própria para formar os oficiais do quadro permanente.
Com instalações próprias junto à Base Aérea n.º 1, na Granja do Marquês, a norte da serra de Sintra, a AFA iniciou as suas atividades em 1 de fevereiro de 1978 dedicada ao curso de pilotagem aeronáutica. Com o desenvolvimento progressivo das suas instalações foi possível alargar o âmbito da atividade escolar a outros cursos. Assim, no ano letivo de 1991/92, iniciaram-se os cursos de Engenharia Aeronáutica, Engenharia de Aeródromos, Engenharia Eletrotécnica e Administração Aeronáutica. Nesse mesmo ano, a AFA passou ainda a formar Oficiais Técnicos para o quadro permanente, oriundos sobretudo do regime de contrato, ministrando cursos politécnicos.
Já em 2006 foi criado o Centro de Estudos Aeronáuticos com a missão de ministrar cursos e ações de formação complementar a militares, sendo este centro atualmente responsável pelo desenvolvimento do Curso Básico de Comando (curso que confere promoção ao posto de Capitão) e do Curso de Promoção a Sargento-Chefe.
Ainda no ano de 2006, a AFA deu início a uma reestruturação dos cursos universitários, de modo a adaptar os planos de estudo ao Processo de Bolonha.
Enquanto instituição de ensino superior público militar, a AFA destaca-se ainda em diversos projetos de investigação científica nacionais e internacionais, cooperando com diversas instituições públicas e privadas através do Centro de Investigação da Academia da Força Aérea.
Natural e fiel depositária das tradições das escolas de formação militar aeronáutica, a AFA assume-se responsável por perpetuar essas mesmas tradições, assentes em valores como o patriotismo, a honra, a disciplina, a coragem, a destreza e a audácia, que temperam os militares da Força Aérea.