Além disso, a Justiça Federal ordenou a interdição do trecho já existente, indicando o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis e Fundação Nacional do Índio como responsáveis pela fiscalização e aplicação da ordem judicial na região.A decisão foi tomada pela magistrada nos autos de uma Ação Civil Pública que vem tramitando há muito tempo na 5ª vara Ambiental e Agrária da Seção Judiciária de Rondônia e que tem por autora a Ecoporé – Ação Ecológica Vale do Guaporé, que pediu à justiça a abstenção pelos requeridos processuais da construção da rodovia com o objetivo de evitar a intrusão em área da Reserva Indígena Karipuna e no Parque Estadual de Guajará-Mirim, onde estaria havendo a presença irregular de posseiros, grileiros e máquinas pesadas dentro das áreas protegidas por lei.
Na sentença a magistrada apontou a negligência do Ibama, da Funai e da Secretaria Estadual do Meio Ambiente do município de Vila Nova Mamoré, destacando que “os requeridos, todos parte do Poder Público, no mínimo, fecharam os olhos para a abertura da estrada de 10 km que passa no interior do Parque Guajará-Mirim, propiciando, assim, que inúmeras espécies florestais fossem retiradas e que pelo menos oito cursos d’água fossem danificados. Sem contar os índios afugentados e os animais possivelmente mortos durante as derrubadas e a intrusão antrópica. Como já dito, uma estrada de 10 km não aparece de repente, sendo que, se houvesse um mínimo de fiscalização, os “construtores clandestinos” não teriam conseguido ir tão longe. Patente, portanto, a omissão dos órgãos que foram criados para promover a fiscalização ambiental e falharam no cumprimento da sua missão. Igualmente, o Estado de Rondônia e o Município de Nova Mamoré são responsáveis pela degradação causada, pois, apesar do mandamento constitucional de que devem proteger o meio ambiente, deixaram com que a Estrada da BR 421 fosse iniciada sem qualquer providência para coibir a atividade ilícita.”