Các chương trình cao học tại UEH có 2 hướng: ứng dụng và nghiên cứu. Chương trình ứng dụng phù hợp với người làm thực tiễn, tập trung vào các môn chuyên sâu và luận văn giải quyết vấn đề thực tế. Chương trình nghiên cứu dành cho giảng viên, cán bộ nghiên cứu hoặc học lên tiến sĩ, tập trung vào các môn chuyên ngành, nghiên cứu định tính/định lượng và luận văn hàn lâm. Hầu hết các chuyên ngành Kinh tế, Kinh doanh và Quản lý có thể chuyển từ hướng ứng dụng sang nghiên cứu sau năm nhất. Hàng năm, UEH tuyển sinh 2 đợt vào tháng 4 và tháng 9. Để dự tuyển, cần có bằng cử nhân khối ngành liên quan hoặc học bổ sung các môn cơ sở nếu bằng cử nhân khác ngành.